<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 14, 2015 at 9:20 PM, Justin Chang <span dir="ltr"><<a href="mailto:jchang27@uh.edu" target="_blank">jchang27@uh.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div>Hello everyone,<br><br></div>My program runs fine, with debug mode, on my Ubuntu laptop, but when I run the same code on my iMac (Yosemite) with no debug, I get this error:<br></div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>So it appears that this SEGV happens in your code, which likely means your pointwise function. You can confirm by</div><div>getting a stack trace from gdb or lldb.</div><div><br></div><div> Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[0]PETSC ERROR: Caught signal number 10 BUS: Bus Error, possibly illegal memory access<br>[0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>[0]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind</a><br>[0]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors<br>[0]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run <br>[0]PETSC ERROR: to get more information on the crash.<br>[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>[0]PETSC ERROR: Signal received<br>[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>[0]PETSC ERROR: Petsc Development GIT revision: v3.5.3-2687-g3beb275  GIT Date: 2015-04-14 12:56:30 -0500<br>[0]PETSC ERROR: ./main on a arch-darwin-c-debug named <a href="http://CAML-03.CIVE.UH.EDU" target="_blank">CAML-03.CIVE.UH.EDU</a> by jychang48 Tue Apr 14 21:09:31 2015<br>[0]PETSC ERROR: Configure options --download-chaco --download-ctetgen --download-exodusii --download-fblaslapack --download-hdf5 --download-metis --download-mumps --download-netcdf --download-openmpi --download-parmetis --download-scalapack --download-triangle --with-cc=gcc --with-cmake=cmake --with-cxx=g++ --with-debugging=0 --with-fc=gfortran --with-valgrind=1 CFLAGS= CXXFLAGS= PETSC_ARCH=arch-darwin-c-debug<br>[0]PETSC ERROR: #1 User provided function() line 0 in  unknown file<br>--------------------------------------------------------------------------<br>MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD <br>with errorcode 59.<br><br>NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.<br>You may or may not see output from other processes, depending on<br>exactly when Open MPI kills them.<br>--------------------------------------------------------------------------<br>-------------------------------------------------------<br>Primary job  terminated normally, but 1 process returned<br>a non-zero exit code.. Per user-direction, the job has been aborted.<br>-------------------------------------------------------<br>--------------------------------------------------------------------------<br>mpiexec detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing<br>the job to be terminated. The first process to do so was:<br><br>  Process name: [[11164,1],0]<br>  Exit code:    59<br>--------------------------------------------------------------------------<br><br></div>Can someone explain what this error means to me? Basically, I have an FEM code (using DMPlex), with auxiliary field coefficients, and this error occurs when I compute the Jacobian via SNESComputeJacobian(...). This error doesn't happen on my Ubuntu laptop. <br><br></div>Thanks,<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div><div>Justin Chang<br></div>PhD Candidate, Civil Engineering - Computational Sciences<br></div>University of Houston, Department of Civil and Environmental Engineering<br></div>Houston, TX 77004<br><a href="tel:%28512%29%20963-3262" value="+15129633262" target="_blank">(512) 963-3262</a><br></div></div></font></span></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>