<div dir="ltr"><div style="font-size:12.8000001907349px">You can either use <span class="">elemental</span> directly, or use petsc-<span class="">elemental</span> interface. An example can be found at </div><div style="font-size:12.8000001907349px">~petsc/src/mat/examples/tests/ex145.c </div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">You may use petsc KSP interface instead. I just modified ~petsc/src/ksp/ksp/examples/</span><span style="font-size:12.8000001907349px">tutorials/ex2.c </span><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">so this example can be run with </span><span class="" style="font-size:12.8000001907349px;background-color:rgb(255,255,255)">elemental</span><span style="font-size:12.8000001907349px"> with runtime options</span><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px"><div style="font-size:12.8000001907349px">mpiexec -n 3 ./ex2 -pc_type lu -pc_factor_mat_solver_package elemental -mat_type elemental</div><div style="font-size:12.8000001907349px">Norm of error 2.81086e-15 iterations 1</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">Please using petsc-dev (master branch) for petsc-</span><span class="" style="font-size:12.8000001907349px;background-color:rgb(255,255,255)">elemental</span><span style="font-size:12.8000001907349px"> interface.</span><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">Hong</span></div></span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Apr 12, 2015 at 6:57 PM, Preyas Shah <span dir="ltr"><<a href="mailto:shah.preyas@gmail.com" target="_blank">shah.preyas@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(32,18,77)"><div class="gmail_default"><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:15px;line-height:21px">Hi,</span></div><div class="gmail_default"><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:15px;line-height:21px"><br></span></div><div class="gmail_default"><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:15px;line-height:21px">I have been recently investigating the use of Petsc for solving a PDE related to my research and web search suggests that I should use petsc with elemental.</span><br style="color:rgb(51,51,51);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:15px;line-height:21px"><br style="color:rgb(51,51,51);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:15px;line-height:21px"><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:15px;line-height:21px">So far, I was required to solve a matrix equation Ax=b where A was dense (with number of non zeros =0) but the size of the matrix was order 5000x5000. I employed the standard serial LU solver from Gnu Scientific Library and obtained a decent runtime that served my needs.</span></div><div class="gmail_default"><br style="color:rgb(51,51,51);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:15px;line-height:21px"><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:15px;line-height:21px">Now I am investigating the same problem in a particularly singular limit of one parameters in my PDE. As a result, to obtain grid convergence on the physical domain, I am forced to go to sizes of A beyond 30000x30000. I am trying to find a good library that can solve such dense systems in **parallel**. Petsc says its capable of doing dense linear algebra but my web search hasn't shown me any examples where dense equations are solved in **parallel**. A webpage showing a minimum working example would be enough. Or any other advice :)</span><br style="color:rgb(51,51,51);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:15px;line-height:21px"><br style="color:rgb(51,51,51);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:15px;line-height:21px"><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:15px;line-height:21px">Thanks for your time!</span></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(32,18,77)">​~Preyas</div><br></div>
</font></span></div>
</blockquote></div><br></div>