<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px"><div id="yiv5324483118"><div id="yui_3_16_0_1_1428534300627_41055"><div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px;" id="yui_3_16_0_1_1428534300627_41054"><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871">Thanks, Barry! I patched the master, modified src/mat/examples/tests/ex190.c to suit my data, and the fix works.</div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871"><br></div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871">I need to execute MatMult and I am assigning  vectors on each rank using MatCreateVecs(A, &x, &y). However, I don't think multiplication is happening at all. (I inserted a few printf statements inside MatMult_MPIBAIJ and inside MatMult_SeqBAIJ1 to check).   VecSum(&ysum) is always zero. Maybe I'm assigning data incorrectly? </div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871"><br></div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871">Code snippet in ex190.c after partitioning the matrix unequally</div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871"><br></div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871"><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871" class="" style="">  ierr = MatLoad(A,fd);CHKERRQ(ierr);</div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871" class="" style="">  ierr = MatCreateVecs(A, &x, &y);CHKERRQ(ierr);</div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871" class="" style="">  </div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871" class="" style="">  ierr = VecSet(x,one);CHKERRQ(ierr); //PetscScalar one = 1.0;</div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871" class="" style="">  ierr = VecSet(y,zero); CHKERRQ(ierr); //PetscScalar zero = 0.0;</div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871" class="" style="">  ierr = MatMult(A,x,y); CHKERRQ(ierr);</div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871" class="" style="">  ierr =  VecSum(y,&ysum);CHKERRQ(ierr); //ysum is always zero. </div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871" class="" style=""><br></div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871" class="" style="">Data is a 20x20 matrix and block size is 1.</div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871" class="" style=""><br></div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871" class="" style="">Any thoughts?</div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871" class="" style=""><br></div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871" class="" style="">Thanks,</div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871" class="" style="">Steena</div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871" class="" style="">  </div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871" class="" style=""> </div></div><div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871">. <br></div>  <div dir="ltr" id="yiv5324483118yui_3_16_0_1_1428534300627_6871" class="yiv5324483118" style=""> </div><br><div class="yiv5324483118qtdSeparateBR" id="yui_3_16_0_1_1428534300627_49234"><br><br></div></div></div></div><div class=".yiv5324483118yahoo_quoted"> <div style="font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px;"> <div style="font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px;"> <div dir="ltr"> <font size="2" face="Arial"> On Friday, April 3, 2015 4:17 PM, Barry Smith <bsmith@mcs.anl.gov> wrote:<br> </font> </div>  <br><br> <div class="yiv5324483118y_msg_container"><br>  Steena,<br><br>   Sorry for all the delays. Our code was just totally wrong for a user provided decomposition for two reasons 1) the logic in MatLoad_MPIXAIJ() was too convoluted to work in all cases and 2) we didn't have a single test case.<br><br>   I have attached a patch that fixes it for petsc-3.5.3 <br>.  The fix is also in the branch barry/fix-matload-uneven-rows<br>and I'll put it into next then after testing it will got into maint and master and the next PETSc patch release.<br><br>   Please let us know if the patch doesn't work for you<br><br>   Thanks for your patience,<br><br>   Barry<br><br>> On Apr 1, 2015, at 3:10 PM, Steena M <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:stm8086@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:stm8086@yahoo.com">stm8086@yahoo.com</a>> wrote:<br>> <br>> Thanks Barry. Attached is the driver program, the binary mat file, and the corresponding mtx file.<br>> <br>> Runtime command used:<br>> <br>> <a rel="nofollow" ymailto="mailto:sierra324@monteiro" target="_blank" href="mailto:sierra324@monteiro">sierra324@monteiro</a>:time srun -n 2 -ppdebug ./petsc-mpibaij-unequalrows -fin trefethen.dat -matload_block_size 1<br>> <br>> <br>> <br>> <br>> On Wednesday, April 1, 2015 12:28 PM, Barry Smith <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank" href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>> <br>> <br>> <br>>   Send a data file you generated and your reader program and we'll debug it.<br>> <br>>   Barry<br>> <br>> > On Apr 1, 2015, at 2:18 PM, Steena M <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:stm8086@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:stm8086@yahoo.com">stm8086@yahoo.com</a>> wrote:<br>> > <br>> > Thanks Barry. I removed the Preallocation calls. It is still complaining about the malloc and incorrect data in the matrix file. I generate binary matrix files using PETSc's pythonscript to loop through a set of UFL sparse matrices. For this use case:<br>> > <br>> > mtx_mat = scipy.io.mmread('trefethen.mtx')<br>> > PetscBinaryIO.PetscBinaryIO().writeMatSciPy(open('trefnew.dat','w'), mtx_mat)<br>> > <br>> > <br>> >  <br>> > <br>> > <br>> > <br>> > On Tuesday, March 31, 2015 9:15 PM, Barry Smith <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank" href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>> > <br>> > <br>> > <br>> >  You should not need to call any preallocation routines when using MatLoad()<br>> > <br>> > <br>> >  How did you generate the file? Are you sure it has the correct information for the matrix? <br>> > <br>> >  Barry<br>> > <br>> > <br>> > <br>> > > On Mar 31, 2015, at 11:05 PM, Steena M <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:stm8086@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:stm8086@yahoo.com">stm8086@yahoo.com</a>> wrote:<br>> > > <br>> > > Thanks Matt. I'm still getting the malloc error <br>> > > <br>> > > [0]PETSC ERROR: Argument out of range!<br>> > > [0]PETSC ERROR: New nonzero at (2,18) caused a malloc!<br>> > > <br>> > > and <br>> > > <br>> > > a new incorrect matrix file error:<br>> > > <br>> > > [0]PETSC ERROR: Unexpected data in file!<br>> > > [0]PETSC ERROR: not matrix object!<br>> > > <br>> > > Maybe the order of calls is mixed up. This is the code snippet:<br>> > > <br>> > >    if (rank ==0)<br>> > >    {<br>> > >    PetscPrintf (PETSC_COMM_WORLD,"\n On rank %d ", rank);<br>> > >      <br>> > >        CHKERRQ(MatSetSizes(A, 15, PETSC_DETERMINE, 20, 20));<br>> > >        CHKERRQ(MatSetType(A, MATMPIBAIJ));<br>> > >        CHKERRQ( MatMPIBAIJSetPreallocation(A,1,1,NULL,1,NULL));<br>> > >        CHKERRQ( MatLoad(A,fd)); <br>> > >    CHKERRQ(MatSetOption(A,MAT_NEW_NONZERO_ALLOCATION_ERR,PETSC_FALSE));<br>> > >    }<br>> > >    <br>> > >    else<br>> > >    {<br>> > >        PetscPrintf (PETSC_COMM_WORLD,"\n On rank %d ", rank);<br>> > >        <br>> > >        CHKERRQ( MatSetSizes(A, 5, PETSC_DETERMINE, 20, 20) );<br>> > >        CHKERRQ(MatSetType(A, MATMPIBAIJ));<br>> > >        CHKERRQ( MatMPIBAIJSetPreallocation(A,1,1,NULL,1,NULL));<br>> > >        CHKERRQ(MatLoad(A,fd));<br>> > >    CHKERRQ(MatSetOption(A,MAT_NEW_NONZERO_ALLOCATION_ERR,PETSC_FALSE));<br>> > >        }<br>> > > <br>> > > Is there something I'm missing? <br>> > > <br>> > > Thanks,<br>> > > Steena<br>> > >    <br>> > > <br>> > > <br>> > > <br>> > > <br>> > > On Tuesday, March 31, 2015 6:10 PM, Matthew Knepley <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank" href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>> > > <br>> > > <br>> > > On Tue, Mar 31, 2015 at 6:51 PM, Steena M <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:stm8086@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:stm8086@yahoo.com">stm8086@yahoo.com</a>> wrote:<br>> > > Thanks Barry. I'm still getting the malloc error with NULL. Is there a way to distribute the matrix without explicit preallocation? Different matrices will be loaded during runtime and assigning preallocation parameters would mean an additional preprocessing step.<br>> > > <br>> > > 1) MatSetOption(MAT_NEW_NONZERO_ALLOCATION_ERR, PETSC_FALSE)<br>> > >  <br>> > > 2) Note that this is never ever ever more efficient than making another pass and preallocating<br>> > > <br>> > >  Thanks,<br>> > > <br>> > >      Matt<br>> > > --------------------------------------------<br>> > > On Sun, 3/29/15, Barry Smith <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank" href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>> > > <br>> > >  Subject: Re: [petsc-users] Unequal sparse matrix row distribution for MPI MatMult<br>> > >  To: "Steena M" <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:stm8086@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:stm8086@yahoo.com">stm8086@yahoo.com</a>><br>> > >  Cc: "Matthew Knepley" <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank" href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>>, <a rel="nofollow" ymailto="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank" href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a><br>> > >  Date: Sunday, March 29, 2015, 9:26 PM<br>> > > <br>> > > <br>> > >  > On<br>> > >  Mar 29, 2015, at 11:05 PM, Steena M <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:stm8086@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:stm8086@yahoo.com">stm8086@yahoo.com</a>><br>> > >  wrote:<br>> > >  ><br>> > >  > Thanks<br>> > >  Matt. I used PETSC_DETERMINE but I'm now getting an<br>> > >  allocation-based error:<br>> > >  ><br>> > >  > [0]PETSC ERROR: ---------------------<br>> > >  Error Message ------------------------------------<br>> > >  > [0]PETSC ERROR: Argument out of range!<br>> > >  > [0]PETSC ERROR: New nonzero at (2,18)<br>> > >  caused a malloc!<br>> > >  > [0]PETSC ERROR:<br>> > >  ------------------------------------------------------------------------<br>> > >  ><br>> > >  > I tried<br>> > >  preallocating on each rank for the diagonal and off diagonal<br>> > >  section of the matrix as the next step  My current<br>> > >  approximations for preallocation<br>> > >  ><br>> > >  > CHKERRQ(<br>> > >  MatMPIBAIJSetPreallocation(A,1,5,PETSC_DEFAULT,5,PETSC_DEFAULT)); <br>> > > <br>> > > <br>> > >    These<br>> > >  arguments where you pass PETSC_DEFAULT are expecting a<br>> > >  pointer not an integer. You can pass NULL in those<br>> > >  locations. Though it is better to provide the correct<br>> > >  preallocation rather than some defaults.<br>> > > <br>> > >    Barry<br>> > > <br>> > >  ><br>> > >  > are throwing segmentation errors.<br>> > >  ><br>> > >  > [0]PETSC ERROR: <br>> > >  Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation,<br>> > >  probably memory access out of range<br>> > >  ><br>> > >  > Any insights into what I'm doing<br>> > >  wrong?<br>> > >  ><br>> > >  > Thanks,<br>> > >  > Steena<br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  > On Sun, 3/29/15, Matthew Knepley <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank" href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>><br>> > >  wrote:<br>> > >  ><br>> > >  > Subject:<br>> > >  Re: [petsc-users] Unequal sparse matrix row distribution for<br>> > >  MPI MatMult<br>> > >  > To: "Steena M"<br>> > >  <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:stm8086@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:stm8086@yahoo.com">stm8086@yahoo.com</a>><br>> > >  > Cc: "Barry Smith" <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank" href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>>,<br>> > >  <a rel="nofollow" ymailto="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank" href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a><br>> > >  > Date: Sunday, March 29, 2015, 10:02 PM<br>> > >  ><br>> > >  > On Sun, Mar 29, 2015<br>> > >  at<br>> > >  > 9:56 PM, Steena M <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:stm8086@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:stm8086@yahoo.com">stm8086@yahoo.com</a>><br>> > >  > wrote:<br>> > >  > Hi<br>> > >  > Barry,<br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  > I am trying to partition a 20 row and 20<br>> > >  col sparse matrix<br>> > >  > between two procs<br>> > >  such that proc 0 has 15 rows and 20 cols<br>> > >  > and proc 1 has 5 rows and 20 cols. The<br>> > >  code snippet:<br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  >    <br>> > >    CHKERRQ(MatCreate(PETSC_COMM_WORLD,&A));<br>> > >  //<br>> > >  > at runtime: -matload_block_size 1<br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  >    <br>> > >    if (rank ==0)<br>> > >  ><br>> > >  >        {<br>> > >  ><br>> > >  >            <br>> > >    CHKERRQ( MatSetSizes(A, 15, 20, 20,<br>> > >  > 20) ); //rank 0 gets 75% of the rows<br>> > >  ><br>> > >  >            <br>> > >    CHKERRQ( MatSetType(A, MATMPIBAIJ)<br>> > >  > );<br>> > >  ><br>> > >  >                CHKERRQ(<br>> > >  MatLoad(A,fd) );<br>> > >  ><br>> > >  >          }<br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  >        else<br>> > >  ><br>> > >  >    <br>> > >    {<br>> > >  ><br>> > >  > <br>> > >                CHKERRQ( MatSetSizes(A, 5,<br>> > >  20, 20,<br>> > >  > 20) ); //rank 1 gets 25% of the<br>> > >  rows<br>> > >  ><br>> > >  >      <br>> > >          CHKERRQ( MatSetType(A, MATMPIBAIJ)<br>> > >  > );<br>> > >  ><br>> > >  >                CHKERRQ(<br>> > >  MatLoad(A,fd) );<br>> > >  ><br>> > >  >      }<br>> > >  ><br>> > > <br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  > This throws the following error (probably<br>> > >  from psplit.c):<br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  [1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>> > >  > ------------------------------------<br>> > >  ><br>> > >  > [1]PETSC ERROR:<br>> > >  Nonconforming object sizes!<br>> > >  ><br>> > >  > [1]PETSC ERROR: Sum of local lengths 40<br>> > >  does not equal<br>> > >  > global length 20, my<br>> > >  local length 20<br>> > >  ><br>> > >  >  likely a call to<br>> > >  VecSetSizes() or MatSetSizes() is<br>> > >  ><br>> > >  wrong.<br>> > >  ><br>> > >  > See<br>> > >  http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#split!<br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  > This error printout<br>> > >  doesn't quite make sense to me.<br>> > >  ><br>> > >  I'm trying to specify a total matrix size of 20x20...<br>> > >  I<br>> > >  > haven't yet figured out where the<br>> > >  '40' comes<br>> > >  > from in the error<br>> > >  message.<br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  > Any thoughts on what<br>> > >  might be going wrong?<br>> > >  ><br>> > >  > Its the column specification. Just<br>> > >  > use PETSC_DETERMINE for the local columns<br>> > >  since all our<br>> > >  > sparse matrixformats are<br>> > >  row divisions<br>> > >  > anyway.<br>> > >  > <br>> > >  > Thanks,<br>> > >  >  <br>> > >  >  Matt<br>> > >  > Thanks in advance,<br>> > >  ><br>> > > <br>> > >  > Steena<br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  --------------------------------------------<br>> > >  ><br>> > >  > On Sun, 3/22/15,<br>> > >  Barry Smith <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank" href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>><br>> > >  > wrote:<br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  >  Subject: Re: [petsc-users] Unequal<br>> > >  sparse matrix row<br>> > >  > distribution for MPI<br>> > >  MatMult<br>> > >  ><br>> > >  >  To:<br>> > >  "Steena M" <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:stm8086@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:stm8086@yahoo.com">stm8086@yahoo.com</a>><br>> > >  ><br>> > >  >  Cc: <a rel="nofollow" ymailto="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank" href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a><br>> > >  ><br>> > >  >  Date: Sunday,<br>> > >  March 22, 2015, 3:58 PM<br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  >  <br>> > >  ><br>> > >  >  Steena,<br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  >    I am<br>> > >  ><br>> > > <br>> > >  >  a little unsure of your question.<br>> > > <br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  >    1)<br>> > >  you can create a MPIBAIJ<br>> > >  ><br>> > >  >  matrix with any distribution of block<br>> > >  rows per process<br>> > >  > you<br>> > >  ><br>> > >  >  want, just set the<br>> > >  local row size for each process to<br>> > >  ><br>> > >  be<br>> > >  ><br>> > >  >  what you<br>> > >  like.  Use MatCreateVecs() to get<br>> > >  ><br>> > >  correspondingly<br>> > >  ><br>> > >  > <br>> > >  laid out vectors.<br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > > <br>> > >  ><br>> > >  > <br>> > >    or 2) if you have a MPIBAIJ<br>> > >  ><br>> > >  >  matrix with<br>> > >  "equal" row layout and you want a<br>> > >  > new<br>> > >  ><br>> > >  >  one with uneven row layout you can<br>> > >  simply use<br>> > >  ><br>> > >  > <br>> > >  MatGetSubMatrix() to create that new matrix.<br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  >    Barry<br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  >  Unless you have<br>> > >  another reason to have the<br>> > >  ><br>> > >  >  matrix with an equal number row layout I<br>> > >  would just<br>> > >  > generate<br>> > >  ><br>> > >  >  the matrix with<br>> > >  the layout you want.<br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  >  > On Mar 22, 2015, at 5:50 PM, Steena<br>> > >  M<br>> > >  ><br>> > >  >  <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:stm8086@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:stm8086@yahoo.com">stm8086@yahoo.com</a>><br>> > >  ><br>> > >  >  wrote:<br>> > >  ><br>> > >  >  ><br>> > >  ><br>> > >  >  > Hello,<br>> > >  ><br>> > >  >  ><br>> > >  ><br>> > >  >  > I need to<br>> > >  distribute<br>> > >  ><br>> > >  >  a<br>> > >  sparse matrix such that each proc owns an unequal<br>> > >  > number<br>> > >  ><br>> > >  >  of blocked rows before I proceed with<br>> > >  MPI MatMult. My<br>> > >  ><br>> > >  > <br>> > >  initial thoughts on doing this:<br>> > >  ><br>> > >  >  ><br>> > >  ><br>> > >  >  > 1) Use  MatGetSubMatrices() on the<br>> > >  test<br>> > >  ><br>> > >  >  MATMPIBAIJ<br>> > >  matrix to produce a new matrix where each<br>> > >  > proc<br>> > >  ><br>> > >  >  has an unequal number of rows.<br>> > >  ><br>> > >  >  ><br>> > >  ><br>> > >  >  > 2) Provide<br>> > >  scatter context for vector X<br>> > >  ><br>> > >  >  (for MatMult )using IS iscol from<br>> > >  MatGetSubMatrices()<br>> > >  > while<br>> > >  ><br>> > >  >  creating the<br>> > >  vector X.<br>> > >  ><br>> > >  > <br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  >  > 3)<br>> > >  Call MatMult()<br>> > >  ><br>> > >  > <br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  >  > Will<br>> > >  MatMult_MPIBAIJ continue to scatter<br>> > >  ><br>> > >  >  this matrix and vector such that each<br>> > >  proc will own an<br>> > >  > equal<br>> > >  ><br>> > >  >  number of matrix<br>> > >  rows and corresponding diagonal vector<br>> > >  ><br>> > > <br>> > >  >  elements? Should I write my own<br>> > >  MPIMatMult function to<br>> > >  ><br>> > >  >  retain my redistribution of the matrix<br>> > >  and vector?<br>> > >  ><br>> > >  > <br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  >  ><br>> > >  Thanks in<br>> > >  ><br>> > >  > <br>> > >  advance,<br>> > >  ><br>> > >  >  ><br>> > >  Steena<br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  ><br>> > >  > --<br>> > >  > What most<br>> > >  experimenters<br>> > >  > take for granted before<br>> > >  they begin their experiments is<br>> > >  ><br>> > >  infinitely more interesting than any results to which<br>> > >  their<br>> > >  > experiments lead.<br>> > >  > -- Norbert<br>> > >  > Wiener<br>> > > <br>> > >  ><br>> > > <br>> > > <br>> > > <br>> > > <br>> > > -- <br>> > > What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>> > > -- Norbert Wiener<br>> > > <br>> > > <br>> > <br>> > <br>> <br>> <br>> <trefethen.mtx><trefethen.dat><petsc-unequalrows-mpibaij.c><br><br><br></div>  </div> </div>  </div></div></body></html>