<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 26, 2015 at 6:23 PM, Matthew Knepley <span dir="ltr"><<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><span>On Thu, Mar 26, 2015 at 5:10 PM, David Knezevic <span dir="ltr"><<a href="mailto:david.knezevic@akselos.com" target="_blank">david.knezevic@akselos.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 26, 2015 at 4:21 PM, Matthew Knepley <span dir="ltr"><<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><div><div>On Thu, Mar 26, 2015 at 1:48 PM, David Knezevic <span dir="ltr"><<a href="mailto:david.knezevic@akselos.com" target="_blank">david.knezevic@akselos.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I'm trying to configure PETSc using Intel's MKL and with --download-ml. Here is my configure line:</div><div><br></div><div>./configure --with-blas-lapack-dir=/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64 --download-ml<br></div><div><br></div><div>I get an error when ML does "checking for dgemm". The configure.log is attached. I was wondering if anyone has any suggestions about how I can get this to work?</div></div></blockquote><div><br></div></div></div><div>We will need $PETSC_ARCH/externalpackages/ml-*/config.log to see where their test failed.</div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div><br></div><div>I've attached this file.</div></div></div></div></blockquote><div><br></div></span><div>I do not understand the error:</div><div><br></div><div><div>configure:10865: mpicxx -o conftest  -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -Wno-unknown-pragmas -g -O0   -fPIC   -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX -I/usr/lib/openmpi/include -I/usr/lib/openmpi/include/openmpi -g -O2 -I/usr/lib/openmpi/include -I/usr/lib/openmpi/include/openmpi  conftest.cpp -Wl,-rpath,/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64 -L/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread -lm -Wl,-rpath,/usr/lib/openmpi/lib -L/usr/lib/openmpi/lib -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8 -Wl,-rpath,/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-rpath,/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/x86_64-linux-gnu -lmpi_f90 -lmpi_f77 -lgfortran -lm -Wl,-rpath,/usr/lib/openmpi/lib -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8 -Wl,-rpath,/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-rpath,/lib/x86_64-linux-gnu -lgfortran -lm -lquadmath -lm   -L/usr//lib -L/usr/lib/openmpi/lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8/../../.. -lmpi_f90 -lmpi_f77 -lmpi -ldl -lhwloc -lgfortran -lm -lquadmath -lpthread >&5</div><div>/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so: undefined reference to `logf'</div><div>/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so: undefined reference to `atan2'</div><div>/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so: undefined reference to `sin'</div><div>/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so: undefined reference to `fabs'</div><div>/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so: undefined reference to `exp'</div><div>/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so: undefined reference to `cos'</div><div>/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so: undefined reference to `sqrt'</div><div>/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.so: undefined reference to `log'</div><div>/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so: undefined reference to `pow'</div><div>/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so: undefined reference to `log10'</div><div>/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so: undefined reference to `ceil'</div><div>/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so: undefined reference to `expf'</div><div>collect2: error: ld returned 1 exit status</div></div><div><br></div><div>Clearly these symbols should be in -lm, which is in the link line, and it linked when we tried in our configure. Can</div><div>you run this link line manually and figure out what is wrong?</div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div><br></div><div>I didn't get to the bottom of this issue with ML+MKL yet, but I have another case that's more pressing right now, and I was wondering if you might be able to help me out with it. The configuration I'm trying is as follows:</div><div><br></div><div>./configure --with-scalar-type=complex --with-clanguage=cxx --download-metis --download-parmetis --download-superlu_dist --with-blas-lapack-dir=/path/to/mkl<br></div><div><br></div><div>So I'm still trying to use MKL for the time being (though I certainly appreciate your input about the drawbacks of this!), along with SuperLU_dist in complex mode. This configuration fails for me. I don't see any configuration log file in $PETSC_ARCH/externalpackages/SuperLU_DIST, is it supposed to be there somewhere?</div><div><br></div><div>The error in the PETSc configure.log is pasted below. Interestingly if I configure in real mode (by removing "--with-scalar-type=complex --with-clanguage=cxx") then it works fine.</div><div><br></div><div>If anyone has any suggestions about what I might be able to do to fix this, that'd be most appreciated.</div><div><br></div><div>Thanks!<br>David</div><div><br></div><div><br></div><div><div>*******************************************************************************</div><div>         UNABLE to CONFIGURE with GIVEN OPTIONS    (see configure.log for details):</div><div>-------------------------------------------------------------------------------</div><div>Downloaded superlu_dist could not be used. Please check install in /home/dknez/software/petsc-3.5.2/arch-linux2-cxx-debug</div><div>*******************************************************************************</div><div>  File "./config/configure.py", line 272, in petsc_configure</div><div>    framework.configure(out = sys.stdout)</div><div>  File "/home/dknez/software/petsc-3.5.2/config/BuildSystem/config/framework.py", line 935, in configure</div><div>    child.configure()</div><div>  File "/home/dknez/software/petsc-3.5.2/config/BuildSystem/config/package.py", line 606, in configure</div><div>    self.executeTest(self.configureLibrary)</div><div>  File "/home/dknez/software/petsc-3.5.2/config/BuildSystem/config/base.py", line 126, in executeTest</div><div>    ret = test(*args,**kargs)</div><div>  File "/home/dknez/software/petsc-3.5.2/config/BuildSystem/config/package.py", line 536, in configureLibrary</div><div>    for location, directory, lib, incl in self.generateGuesses():</div><div>  File "/home/dknez/software/petsc-3.5.2/config/BuildSystem/config/package.py", line 273, in generateGuesses</div><div>    raise RuntimeError('Downloaded '+self.package+' could not be used. Please check install in '+d+'\n')</div><div>================================================================================</div><div>Finishing Configure Run at Wed Apr  1 23:09:45 2015</div><div>================================================================================</div></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div></div></div>