<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 31, 2015 at 5:29 PM, Justin Chang <span dir="ltr"><<a href="mailto:jchang27@uh.edu" target="_blank">jchang27@uh.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">How do I invoke this command into my program? When I add "-vec_view hdf5:sol.h5" my program says this has been left out.</div></blockquote><div><br></div><div>You can call VecView() directly with an HDF5 Viewer, or I think its easier to call</div><div><br></div><div>  VecViewFromOptions(U, NULL, "-vec_view");</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 31, 2015 at 5:13 PM, Matthew Knepley <span dir="ltr"><<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><span>On Tue, Mar 31, 2015 at 5:06 PM, Justin Chang <span dir="ltr"><<a href="mailto:jchang27@uh.edu" target="_blank">jchang27@uh.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi all,<br><br></div>So in my DMPlex FEM (serial) simulations, I want to output the solution U to a binary file. I have the following:<br><br></div>ierr = PetscViewerBinaryOpen(PETSC_COMM_WORLD,"sol.dat",FILE_MODE_WRITE,&viewer);CHKERRQ(ierr);<br>ierr = VecView(U,viewer);CHKERRQ(ierr);<br>ierr = PetscViewerDestroy(&viewer);CHKERRQ(ierr);<br><br></div>The mesh I am solving has 13368 nodes, and 404 of them are constrained using the DMPlexAddBoundary(...)  function. However, when I output the vector I only get 12964 values, which I believe is leaving out the 404 constrained ones. How do I get all dofs in the vector U (both free and constrained) printed?<br></div></div></blockquote><div><br></div></span><div>I would use HDF5 which will do this automatically:</div><div><br></div><div>  -vec_view hdf5:sol.h5</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><span><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div></div>Thanks,<span><font color="#888888"><br><br clear="all"><br>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div><div>Justin Chang<br></div>PhD Candidate, Civil Engineering - Computational Sciences<br></div>University of Houston, Department of Civil and Environmental Engineering<br></div>Houston, TX 77004<br><a href="tel:%28512%29%20963-3262" value="+15129633262" target="_blank">(512) 963-3262</a><br></div></div></font></span></div>
</blockquote></span></div><span><font color="#888888"><br><br clear="all"><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div>-- <br><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</font></span></font></span></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
</font></span></blockquote></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br clear="all"><br>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div><div>Justin Chang<br></div>PhD Candidate, Civil Engineering - Computational Sciences<br></div>University of Houston, Department of Civil and Environmental Engineering<br></div>Houston, TX 77004<br><a href="tel:%28512%29%20963-3262" value="+15129633262" target="_blank">(512) 963-3262</a><br></div></div>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>