<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Mon, Mar 23, 2015 at 7:41 AM, Khai Pham <span dir="ltr"><<a href="mailto:khaipham@utexas.edu" target="_blank">khaipham@utexas.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>Dear Petsc-Users,<br><br></div>I received the below error message. There could be some error in the matrix assembly and I try to find it out. Based on the error message, could you give me any hint where should I focus on for finding the bug ? Thanks<br></div></div></blockquote><div><br></div><div>If you want to use ILU, we require that a diagonal element exists in the matrix. If it is 0, you must explicitly</div><div>set the 0.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div></div>Khai <br><div><div><div><br><br>[2]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>[2]PETSC ERROR: Object is in wrong state<br>[2]PETSC ERROR: Matrix is missing diagonal entry 1<br>[2]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>[2]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.5.1, Jul, 24, 2014 <br>[2]PETSC ERROR: ./3DMMF on a arch-linux2-c-debug named khp by khp Mon Mar 23 08:24:40 2015<br>[2]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --download-fblaslapack --download-mpich --download-hdf5 --download-metis --download-parmetis<br>[2]PETSC ERROR: #1 MatILUFactorSymbolic_SeqAIJ() line 1738 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/mat/impls/aij/seq/aijfact.c<br>[2]PETSC ERROR: #2 MatILUFactorSymbolic() line 6203 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/mat/interface/matrix.c<br>[2]PETSC ERROR: #3 PCSetUp_ILU() line 206 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/ksp/pc/impls/factor/ilu/ilu.c<br>[2]PETSC ERROR: #4 PCSetUp() line 902 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/ksp/pc/interface/precon.c<br>[2]PETSC ERROR: #5 KSPSetUp() line 305 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>[2]PETSC ERROR: #6 PCSetUpOnBlocks_BJacobi_Singleblock() line 651 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/ksp/pc/impls/bjacobi/bjacobi.c<br>[2]PETSC ERROR: #7 PCSetUpOnBlocks() line 935 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/ksp/pc/interface/precon.c<br>[2]PETSC ERROR: #8 KSPSetUpOnBlocks() line 166 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>[2]PETSC ERROR: #9 KSPSolve() line 418 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>[2]PETSC ERROR: #10 SNESSolve_NEWTONLS() line 232 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/snes/impls/ls/ls.c<br>[2]PETSC ERROR: #11 SNESSolve() line 3743 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/snes/interface/snes.c<br>[2]PETSC ERROR: #12 PF_solver() line 63 in src/PF_solver.cpp<br>[1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>[1]PETSC ERROR: Object is in wrong state<br>[1]PETSC ERROR: Matrix is missing diagonal entry 0<br>[1]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>[1]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.5.1, Jul, 24, 2014 <br>[1]PETSC ERROR: ./3DMMF on a arch-linux2-c-debug named khp by khp Mon Mar 23 08:24:40 2015<br>[1]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --download-fblaslapack --download-mpich --download-hdf5 --download-metis --download-parmetis<br>[1]PETSC ERROR: #1 MatILUFactorSymbolic_SeqAIJ() line 1738 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/mat/impls/aij/seq/aijfact.c<br>[1]PETSC ERROR: #2 MatILUFactorSymbolic() line 6203 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/mat/interface/matrix.c<br>[1]PETSC ERROR: #3 PCSetUp_ILU() line 206 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/ksp/pc/impls/factor/ilu/ilu.c<br>[1]PETSC ERROR: #4 PCSetUp() line 902 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/ksp/pc/interface/precon.c<br>[1]PETSC ERROR: #5 KSPSetUp() line 305 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>[1]PETSC ERROR: #6 PCSetUpOnBlocks_BJacobi_Singleblock() line 651 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/ksp/pc/impls/bjacobi/bjacobi.c<br>[1]PETSC ERROR: #7 PCSetUpOnBlocks() line 935 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/ksp/pc/interface/precon.c<br>[1]PETSC ERROR: #8 KSPSetUpOnBlocks() line 166 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>[1]PETSC ERROR: #9 KSPSolve() line 418 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>[1]PETSC ERROR: #10 SNESSolve_NEWTONLS() line 232 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/snes/impls/ls/ls.c<br>[1]PETSC ERROR: #11 SNESSolve() line 3743 in /home/khp/bin/petsc-3.5.1/src/snes/interface/snes.c<br></div></div></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>