<div dir="ltr">Dear Petsc --<div><br></div><div>There is a "--download-netcdf" configure option that seems to work for me.  The petscviewer.h (in petsc-maint) has a PetscViewerNetcdfOpen() declaration, but that seems to not be linkable, perhaps because it has no implementation of it:</div><div><br></div><div><div>$ make mahaffy</div><div>/home/ed/petsc-maint/linux-c-opt/bin/mpicc -o mahaffy.o -c -fPIC -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -Wno-unknown-pragmas -O   -I/home/ed/petsc-maint/include -I/home/ed/petsc-maint/linux-c-opt/include    `pwd`/mahaffy.c</div><div>/home/ed/petsc-maint/linux-c-opt/bin/mpicc -fPIC -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -Wno-unknown-pragmas -O  -o mahaffy mahaffy.o  -Wl,-rpath,/home/ed/petsc-maint/linux-c-opt/lib -L/home/ed/petsc-maint/linux-c-opt/lib  -lpetsc -Wl,-rpath,/home/ed/petsc-maint/linux-c-opt/lib -lflapack -lfblas -lX11 -lpthread -lnetcdf -lm -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8 -Wl,-rpath,/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-rpath,/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/x86_64-linux-gnu -lmpichf90 -lgfortran -lm -lgfortran -lm -lquadmath -lm -lmpichcxx -lstdc++ -Wl,-rpath,/home/ed/petsc-maint/linux-c-opt/lib -L/home/ed/petsc-maint/linux-c-opt/lib -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8 -Wl,-rpath,/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-rpath,/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-rpath,/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -ldl -Wl,-rpath,/home/ed/petsc-maint/linux-c-opt/lib -lmpich -lopa -lmpl -lrt -lpthread -lgcc_s -ldl  </div><div>mahaffy.o: In function `ReadThicknessFromNetCDF':</div><div>mahaffy.c:(.text+0x2cbb): undefined reference to `PetscViewerNetcdfOpen'</div><div>collect2: error: ld returned 1 exit status</div><div>make: [mahaffy] Error 1 (ignored)</div><div>/bin/rm -f mahaffy.o</div><div><br></div><div>In particular, src/sys/classes/viewer/impls/ does not have a netcdf/ case.</div><div><br></div><div>So what is the recommended way to read a netcdf file into a petsc vec?  Should I go via python and netcdf4-python or something, using bin/pythonscripts/PetscBinaryIO.py to write a petsc binary, and then read that?</div><div><br></div><div>Dump to ascii and read that?--yes, this is a taunt.</div><div><br></div><div>Thanks for help!</div><div><br></div>Ed</div><div><br></div><div><br>--<br>Ed Bueler</div><div><div class="gmail_signature">Dept of Math and Stat and Geophysical Institute<br>University of Alaska Fairbanks<br>Fairbanks, AK 99775-6660<br>301C Chapman and 410D Elvey<br>907 474-7693 and 907 474-7199  (fax 907 474-5394)</div>
</div></div>