<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I'm solving a linear system which comes from the discretization of an elliptic equation. The mesh has 1 million control volumes and there are two more constraints for the system.</div><div><br></div><div>First, I've solved it in MATLAB using backslash command, which in turn calls CHOLMOD once the matrix is SPD. Using tic and toc funtions, I could see that it takes about 2s for the system to be solved (See attached for more details).</div><div><br></div><div>I wrote both matrix and rhs in PETSc binary format and solved the linear system using the example problem defined in ksp/examples/tutorials/ex10.c. The command line options were:</div><div><br></div><div><div>mpiexec -n -1 ./ex10 -f A1mi.dat -rhs rhs1mi.dat -log_summary -ksp_monitos -ksp_view -ksp_type preonly -pc_type cholesky -pc_factor_mat_solver_package cholmod</div></div><div><br></div><div>The configuration parameters for CHOLMOD in PETSc and MATLAB seems the same, so I was expecting a similar computation time, but it took about 13s to solve in PETSc. (See attached for more details).</div><div><br></div><div>Why does CHOLMOD solution time differs between them?</div><div><br></div><div>If someone wants to try for yourself, here are the binaries for the matrix and the rhs, respectively.</div><div><a href="https://www.dropbox.com/s/q9s6mlrmv1qdxon/A1mi.dat?dl=0">https://www.dropbox.com/s/q9s6mlrmv1qdxon/A1mi.dat?dl=0</a><br></div><div><a href="https://www.dropbox.com/s/2zadcbjg5d9bycy/rhs1mi.dat?dl=0">https://www.dropbox.com/s/2zadcbjg5d9bycy/rhs1mi.dat?dl=0</a><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div>