<div dir="ltr">I deleted my entire petsc developer directory, redownloaded it via git clone, and configured it with all the same options. That seemed to solve the problem for some reason.<br><br>Weird<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Oct 20, 2014 at 11:24 PM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Looks like this gdb is from homebrew - and has issues. Try using<br>
<br>
Perhaps you need to use lldb<br>
<br>
lldb ./ex1<br>
<br>
<a href="http://stackoverflow.com/questions/18423124/please-check-gdb-is-codesigned-see-taskgated8-how-to-get-gdb-installed-w" target="_blank">http://stackoverflow.com/questions/18423124/please-check-gdb-is-codesigned-see-taskgated8-how-to-get-gdb-installed-w</a><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
Satish<br>
<br>
On Mon, 20 Oct 2014, Justin Chang wrote:<br>
<br>
> Barry, I am not sure if this is what you're asking for (I am not too<br>
> familiar with gdb) but here's what happened after following your<br>
> instructions:<br>
><br>
> GNU gdb (GDB) 7.8<br>
> Copyright (C) 2014 Free Software Foundation, Inc.<br>
> License GPLv3+: GNU GPL version 3 or later <<a href="http://gnu.org/licenses/gpl.html" target="_blank">http://gnu.org/licenses/gpl.html</a><br>
> ><br>
> This is free software: you are free to change and redistribute it.<br>
> There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law.  Type "show copying"<br>
> and "show warranty" for details.<br>
> This GDB was configured as "x86_64-apple-darwin13.4.0".<br>
> Type "show configuration" for configuration details.<br>
> For bug reporting instructions, please see:<br>
> <<a href="http://www.gnu.org/software/gdb/bugs/" target="_blank">http://www.gnu.org/software/gdb/bugs/</a>>.<br>
> Find the GDB manual and other documentation resources online at:<br>
> <<a href="http://www.gnu.org/software/gdb/documentation/" target="_blank">http://www.gnu.org/software/gdb/documentation/</a>>.<br>
> For help, type "help".<br>
> Type "apropos word" to search for commands related to "word"...<br>
> Reading symbols from ./ex1...<br>
> warning: `/Users/jychang48/petsc-dev/src/vec/vec/examples/tutorials/ex1.o':<br>
> can't open to read symbols: No such file or directory.<br>
> (no debugging symbols found)...done.<br>
> (gdb) run<br>
> Starting program:<br>
> /Users/jychang48/petsc-dev/src/vec/vec/examples/tutorials/ex1<br>
> Unable to find Mach task port for process-id 57136: (os/kern) failure (0x5).<br>
>  (please check gdb is codesigned - see taskgated(8))<br>
> (gdb) bt carriage<br>
> No stack.<br>
> (gdb)<br>
><br>
><br>
> On Mon, Oct 20, 2014 at 10:50 PM, Barry Smith <<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
><br>
> ><br>
> ><br>
> >    cd src/vec/vec/examples/tutorials<br>
> >    make ex1<br>
> >    gdb ./ex1<br>
> >    run<br>
> ><br>
> >     if it stops type bt carriage return and send all the output<br>
> ><br>
> ><br>
> > > On Oct 20, 2014, at 10:37 PM, Justin Chang <<a href="mailto:jychang48@gmail.com">jychang48@gmail.com</a>> wrote:<br>
> > ><br>
> > > I did rm-rf arch-darwin-c-debug and ran config with the following<br>
> > options:<br>
> > ><br>
> > > ./configure --download-exodusii --download-hdf5 --download-metis<br>
> > --download-mpich --download-mumps --download-netcdf --download-parmetis<br>
> > --download-scalapack --download-triangle --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
> > --with-debugging=1 --with-fc=gfortran --with-valgrind=1 -with-cmake=cmake<br>
> > --download-ctetgen<br>
> > ><br>
> > > And it compiles. However, once I run make all test I get the error<br>
> > "Attempting to use an MPI routine before initializing MPICH" when it<br>
> > attempts to run the test examples. Now I can't run any PETSc code<br>
> > whatsoever. Attached are the new make and configure log files.<br>
> > ><br>
> > > Thanks,<br>
> > > Justin<br>
> > ><br>
> > > On Mon, Oct 20, 2014 at 9:57 PM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> > > Try:<br>
> > ><br>
> > > rm -rf arch-darwin-c-debug<br>
> > > and rerun onfigure<br>
> > ><br>
> > > [basically you have old version of ctetgen - and configure does not<br>
> > > have smarts to detect this or update to the appropriate version<br>
> > > automatically.  And its likely you have old versions of other packages<br>
> > > aswell - so its best to do a clean build]<br>
> > ><br>
> > > BTW - you shouldn't need --download-fblaslapack on OSX [as it provides<br>
> > > -llapack -lblas via vecLib]<br>
> > ><br>
> > > Satish<br>
> > ><br>
> > > On Mon, 20 Oct 2014, Justin Chang wrote:<br>
> > ><br>
> > > > Hi all,<br>
> > > ><br>
> > > > On my MacOSx I am trying to install the developer's version of petsc<br>
> > with<br>
> > > > the following options:<br>
> > > ><br>
> > > > ./configure --download-exodusii --download-fblaslapack --download-hdf5<br>
> > > > --download-metis --download-mpich --download-mumps --download-netcdf<br>
> > > > --download-parmetis --download-scalapack --download-triangle<br>
> > --with-cc=gcc<br>
> > > > --with-cxx=g++ --with-debugging=1 --with-fc=gfortran --with-valgrind=1<br>
> > > > -with-cmake=cmake --download-ctetgen<br>
> > > ><br>
> > > > The error I get is with the --download-ctetgen option<br>
> > > ><br>
> > > ><br>
> > *******************************************************************************<br>
> > > >          UNABLE to CONFIGURE with GIVEN OPTIONS    (see configure.log<br>
> > for<br>
> > > > details):<br>
> > > ><br>
> > -------------------------------------------------------------------------------<br>
> > > > Error running make on Ctetgen: Could not execute "cd<br>
> > > ><br>
> > /Users/jychang48/petsc-dev/arch-darwin-c-debug/externalpackages/ctetgen &&<br>
> > > > /usr/bin/make PETSC_DIR=/Users/jychang48/petsc-dev install-ctetgen":<br>
> > > > make: *** No rule to make target `install-ctetgen'.  Stop.<br>
> > > ><br>
> > *******************************************************************************<br>
> > > ><br>
> > > > Do you guys know what is wrong? Attached are the make and log files.<br>
> > > ><br>
> > > > Thanks,<br>
> > > > Justin<br>
> > > ><br>
> > ><br>
> > ><br>
> > > <configure.log><make.log><br>
> ><br>
> ><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>