<div dir="ltr">I understand. Thanks a lot.<div><br></div><div>Miguel</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Sep 26, 2014 at 10:53 AM, Abhyankar, Shrirang G. <span dir="ltr"><<a href="mailto:abhyshr@mcs.anl.gov" target="_blank">abhyshr@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">What Matt is saying is that there are two interfaces in PETSc for setting<br>
the residual evaluation routine:<br>
<br>
i) SNESSetFunction takes in a function pointer for the residual evaluation<br>
routine that has the prototype<br>
                 PetscErrorCode xyzroutine(SNES snes, Vec X, Vec F, void*<br>
ctx);<br>
<br>
X and F are the "global" solution and residual vectors. To compute the<br>
global residual evaluation, typically one does -- (a) scattering X and F<br>
onto local vectors localX and localF (DMGlobalToLocal), (b) computing the<br>
local residual, and (c) gathering the localF in the global F<br>
(DMLocalToGlobal). This is what is done in the example.<br>
<br>
ii) DMSNESSetFunctionLocal takes in a function pointer for the residual<br>
evaluation routine that has the prototype<br>
                 PetscErrorCode xyzlocalroutine(DM, Vec localX, localF,<br>
void* ctx)<br>
<br>
In this case, the localX and localF get passed to the routine. So, you<br>
only have to do the local residual evaluation. PETSc does the<br>
LocalToGlobal gather to form the global residual.<br>
<br>
I chose to use SNESSetFunction in the example. You can use either of them.<br>
<span class=""><br>
Shri<br>
<br>
From:  Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>><br>
</span>Date:  Fri, 26 Sep 2014 10:28:26 -0500<br>
<span class="">To:  Miguel Angel Salazar de Troya <<a href="mailto:salazardetroya@gmail.com">salazardetroya@gmail.com</a>><br>
Cc:  Jed Brown <<a href="mailto:jed@jedbrown.org">jed@jedbrown.org</a>>, Shri <<a href="mailto:abhyshr@mcs.anl.gov">abhyshr@mcs.anl.gov</a>>,<br>
"<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a>" <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><br>
Subject:  Re: [petsc-users] DMPlex with spring elements<br>
<br>
<br>
</span><div><div class="h5">>On Fri, Sep 26, 2014 at 10:26 AM, Miguel Angel Salazar de Troya<br>
><<a href="mailto:salazardetroya@gmail.com">salazardetroya@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
>Yeah, but doesn't it only work with the local vectors localX and localF?<br>
><br>
><br>
><br>
>I am telling you what the interface for the functions is. You can do<br>
>whatever you want inside.<br>
><br>
>  Matt<br>
><br>
><br>
>Miguel<br>
><br>
>On Fri, Sep 26, 2014 at 10:10 AM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>><br>
>wrote:<br>
><br>
>On Fri, Sep 26, 2014 at 10:06 AM, Miguel Angel Salazar de Troya<br>
><<a href="mailto:salazardetroya@gmail.com">salazardetroya@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
>That means that if we call SNESSetFunction() we don't build the residual<br>
>vector in parallel? In the pflow example<br>
>(<a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/petsc-current/src/snes/examples/tut" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/petsc-current/src/snes/examples/tut</a><br>
>orials/network/pflow/pf.c.html) the function FormFunction() (Input for<br>
>SNESSetFunction() works with the local vectors. I don't understand this.<br>
><br>
><br>
><br>
>FormFunction() in that link clearly takes in a global vector X and<br>
>returns a global vector F. Inside, it<br>
>converts them to local vectors. This is exactly what you would do for a<br>
>function given to SNESSetFunction().<br>
><br>
>  Matt<br>
><br>
><br>
><br>
>Thanks<br>
>Miguel<br>
><br>
><br>
>On Fri, Sep 26, 2014 at 9:34 AM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>><br>
>wrote:<br>
><br>
>On Fri, Sep 26, 2014 at 9:31 AM, Miguel Angel Salazar de Troya<br>
><<a href="mailto:salazardetroya@gmail.com">salazardetroya@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
>Thanks. I had another question about the DM and SNES and TS. There are<br>
>similar routines to assign the residual and jacobian evaluation to both<br>
>objects. For the SNES case are:<br>
>DMSNESSetFunctionLocal<br>
>DMSNESSetJacobianLocal<br>
><br>
>What are the differences of these with:<br>
><br>
>SNESSetFunction<br>
>SNESSetJacobian<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
>SNESSetFunction() expects the user to construct the entire parallel<br>
>residual vector. DMSNESSetFunctionLocal()<br>
>expects the user to construct the local pieces of the residual, and then<br>
>it automatically calls DMLocalToGlobal()<br>
>to assembly the full residual. It also converts the input from global<br>
>vectors to local vectors, and in the case of<br>
>DMDA multidimensional arrays.<br>
><br>
>  Thanks,<br>
><br>
>    Matt<br>
><br>
><br>
>and when should we use each? With "Local", it is meant to evaluate the<br>
>function/jacobian for the elements in the local processor? I could get<br>
>the local edges in DMNetwork by calling DMNetworkGetEdgeRange?<br>
><br>
>Miguel<br>
><br>
><br>
>On Thu, Sep 25, 2014 at 5:17 PM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>><br>
>wrote:<br>
><br>
><br>
><br>
>On Thu, Sep 25, 2014 at 5:15 PM, Miguel Angel Salazar de Troya<br>
><<a href="mailto:salazardetroya@gmail.com">salazardetroya@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
>> If you need a symmetric Jacobian, you can use the BC facility in<br>
>> PetscSection, which eliminates the<br>
>> variables completely. This is how the FEM examples, like ex12, work.<br>
>Would that be with PetscSectionSetConstraintDof ? For that I will need<br>
>the PetscSection, DofSection, within DMNetwork, how can I obtain it? I<br>
>could cast it to DM_Network from the dm, networkdm,  declared in the main<br>
>program, maybe something like this:<br>
>DM_Network     *network = (DM_Network*) networkdm->data;Then I would loop<br>
>over the vertices and call PetscSectionSetConstraintDof if it's a<br>
>boundary node (by checking the corresponding component)<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
>I admit to not completely understanding DMNetwork. However, it eventually<br>
>builds a PetscSection for data layout, which<br>
>you could get from DMGetDefaultSection(). The right thing to do is find<br>
>where it builds the Section, and put in your BC<br>
>there, but that sounds like it would entail coding.<br>
><br>
>  Thanks,<br>
><br>
>     Matt<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
>Thanks for your responses.Miguel<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
>On Thu, Sep 25, 2014 at 2:42 PM, Jed Brown <<a href="mailto:jed@jedbrown.org">jed@jedbrown.org</a>> wrote:<br>
><br>
>Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> writes:<br>
><br>
>> On Thu, Sep 25, 2014 at 1:46 PM, Abhyankar, Shrirang G.<br>
>><<a href="mailto:abhyshr@mcs.anl.gov">abhyshr@mcs.anl.gov</a><br>
>>> wrote:<br>
>><br>
>>> You are right. The Jacobian for the power grid application is indeed<br>
>>> non-symmetric. Is that a problem for your application?<br>
>>><br>
>><br>
>> If you need a symmetric Jacobian, you can use the BC facility in<br>
>> PetscSection, which eliminates the<br>
>> variables completely. This is how the FEM examples, like ex12, work.<br>
><br>
>You can also use MatZeroRowsColumns() or do the equivalent<br>
>transformation during assembly (my preference).<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
>--<br>
>Miguel Angel Salazar de Troya<br>
><br>
><br>
>Graduate Research Assistant<br>
>Department of Mechanical Science and Engineering<br>
>University of Illinois at Urbana-Champaign<br>
</div></div>>(217) 550-2360 <tel:%28217%29%20550-2360><br>
<span class="">><br>
><br>
><a href="mailto:salaza11@illinois.edu">salaza11@illinois.edu</a><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
>--<br>
>What most experimenters take for granted before they begin their<br>
>experiments is infinitely more interesting than any results to which<br>
>their experiments lead.<br>
>-- Norbert Wiener<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
>--<br>
>Miguel Angel Salazar de Troya<br>
>Graduate Research Assistant<br>
>Department of Mechanical Science and Engineering<br>
>University of Illinois at Urbana-Champaign<br>
</span>>(217) 550-2360 <tel:%28217%29%20550-2360><br>
<span class="">><a href="mailto:salaza11@illinois.edu">salaza11@illinois.edu</a><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
>--<br>
>What most experimenters take for granted before they begin their<br>
>experiments is infinitely more interesting than any results to which<br>
>their experiments lead.<br>
>-- Norbert Wiener<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
>--<br>
>Miguel Angel Salazar de Troya<br>
>Graduate Research Assistant<br>
>Department of Mechanical Science and Engineering<br>
>University of Illinois at Urbana-Champaign<br>
</span>>(217) 550-2360 <tel:%28217%29%20550-2360><br>
<span class="">><a href="mailto:salaza11@illinois.edu">salaza11@illinois.edu</a><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
>--<br>
>What most experimenters take for granted before they begin their<br>
>experiments is infinitely more interesting than any results to which<br>
>their experiments lead.<br>
>-- Norbert Wiener<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
>--<br>
>Miguel Angel Salazar de Troya<br>
>Graduate Research Assistant<br>
>Department of Mechanical Science and Engineering<br>
>University of Illinois at Urbana-Champaign<br>
</span>>(217) 550-2360 <tel:%28217%29%20550-2360><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">><a href="mailto:salaza11@illinois.edu">salaza11@illinois.edu</a><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
>--<br>
>What most experimenters take for granted before they begin their<br>
>experiments is infinitely more interesting than any results to which<br>
>their experiments lead.<br>
>-- Norbert Wiener<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><font face="verdana, sans-serif"><b>Miguel Angel Salazar de Troya</b></font><span><font color="#888888"><br><font face="arial,helvetica,sans-serif">Graduate Research Assistant<br>Department of Mechanical Science and Engineering<br></font>University of Illinois at Urbana-Champaign<br>(217) 550-2360<br>
<a href="mailto:salaza11@illinois.edu" target="_blank">salaza11@illinois.edu</a></font></span><div><br></div></div>
</div>