<div dir="ltr">Please send your configure.log and make.log<div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Sep 5, 2014 at 4:27 AM, Alp Kalpalp <span dir="ltr"><<a href="mailto:alpkalpalp@gmail.com" target="_blank">alpkalpalp@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>As I said before, I have checked out "master" branch and merged with <span style="background-color:rgb(255,255,255)"><span style="line-height:1.4">your stefano_zampini/pcbddc-primalfixe branch. configured, compiled successfully.<br></span></span></div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><span style="line-height:1.4">I have used </span></span>--with-pcbddc option in configure as Barry suggested.<br><br></div>However, tests are failed with following reason:<br><div><div><div><br>akalpalp@a-kalpalp ~/petsc<br>$ make PETSC_DIR=/home/akalpalp/petsc PETSC_ARCH=arch-mswin-c-debug test<br>Running test examples to verify correct installation<br>Using PETSC_DIR=/home/akalpalp/petsc and PETSC_ARCH=arch-mswin-c-debug<br>*******************Error detected during compile or link!*******************<br>See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a><br>/home/akalpalp/petsc/src/snes/examples/tutorials ex19<br>*********************************************************************************<br>/home/akalpalp/petsc/arch-mswin-c-debug/bin/mpicc -o ex19.o -c -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -Wno-unknown-pragmas -g3 -O0   -I/home/akalpalp/petsc/include -I/home/akalpalp/petsc/arch-mswin-c-debug/include    `pwd`/ex19.c<br>/home/akalpalp/petsc/arch-mswin-c-debug/bin/mpicc -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -Wno-unknown-pragmas -g3 -O0  -o ex19  ex19.o -L/home/akalpalp/petsc/arch-mswin-c-debug/lib  -lpetsc -Wl,-rpath,/home/akalpalp/petsc/arch-mswin-c-debug/lib -lf2clapack -lf2cblas -lpthread -lgdi32 -luser32 -ladvapi32 -lkernel32 -ldl<br>/home/akalpalp/petsc/arch-mswin-c-debug/lib/libpetsc.a(pcregis.o):pcregis.c:(.rdata$.refptr.PCCreate_BDDC[.refptr.PCCreate_BDDC]+0x0): undefined reference to `PCCreate_BDDC'<br>collect2: error: ld returned 1 exit status<br>makefile:108: recipe for target 'ex19' failed<br>make[3]: [ex19] Error 1 (ignored)<br>/usr/bin/rm -f ex19.o<br>Completed test examples<br>=========================================<br>Now to evaluate the computer systems you plan use - do:<br>make PETSC_DIR=/home/akalpalp/petsc PETSC_ARCH=arch-mswin-c-debug streams NPMAX=<number of MPI processes you intend to use><br><br></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 4, 2014 at 5:37 PM, Barry Smith <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank">bsmith@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
   This is likely due to the horrible horrible fact that some of the bddc files only get compiled if ./configure is run with the option --with-pcbddc you will need to rerun ./configure and then make with that option.<br>
<br>
   I pray that someone removes that horrible confusing configure option.<br>
<span><font color="#888888"><br>
   Barry<br>
</font></span><div><div><br>
On Sep 4, 2014, at 8:52 AM, Alp Kalpalp <<a href="mailto:alpkalpalp@gmail.com" target="_blank">alpkalpalp@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
> Dear Stefano,<br>
><br>
> I have checked out "master" branch and merged with your stefano_zampini/pcbddc-primalfixe branch. configured, compiled and all tests are completed successfully.<br>
> Then, I tried to compile ex59 with make ex59, it results in unresolved external error. I believe your bddc_feti files are not included in compilation.<br>
> Since I am not experienced on how to solve issues in Petsc, I need to ask several questions;<br>
><br>
> 1-) Are there any global settings to add additonal directories to compilation  (src\ksp\pc\impls\bddc)<br>
> 2-) or should I include these files on top of ex59 (AFAIK, including .c files is not a good thing)<br>
> 3-) and finally what is the better way of helping you (creating another branch from yours or what)<br>
><br>
> Thanks in advance<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> On Wed, Sep 3, 2014 at 6:18 PM, Stefano Zampini <<a href="mailto:stefano.zampini@gmail.com" target="_blank">stefano.zampini@gmail.com</a>> wrote:<br>
> FETIDP is in PETSc as a byproduct of the BDDC preconditioner (one is the dual of the other) and it does not have its own classes so far.<br>
><br>
> That said, you can experiment with FETI-DP only after having setup a BDDC preconditioner with the options and customization you prefer.<br>
> Use <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-dev/docs/manualpages/KSP/index.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-dev/docs/manualpages/KSP/index.html</a> for manual pages.<br>
><br>
> For an 'how to' with FETIDP, please see src/ksp/ksp/examples/tutorials/ex.59.c as Jed told you, specifically look at ComputeKSPFETIDP for obtaining the FETIDP matrix F (implemented Matrix-free) and the optimal FETIDP dirichlet preconditioner. Once you have F, you can use PCBDDCMatFETIDPGetRHS and PCBDDCMatFetiDPGetSolution to obtain a right-hand side for the FETIDP system and a physical solution from the solution of the FETIDP system.<br>
><br>
> I would recommend you to use the development version of the library and either use the ‘next’ branch or the ‘master' branch after having merged in the branch stefano_zampini/pcbddc-primalfixes. Note that ‘next’ also contains the new deluxe scaling operator for BDDC which is not available to use with FETI-DP.<br>
><br>
> If you have any other questions which can be useful for other PETSc users, please use the mailing list; otherwise you can contact me personally.<br>
><br>
> Stefano<br>
><br>
><br>
> On Sep 3, 2014, at 5:19 PM, Jed Brown <<a href="mailto:jed@jedbrown.org" target="_blank">jed@jedbrown.org</a>> wrote:<br>
><br>
>> Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> writes:<br>
>>>> 1- Is it possible to complete a FETI-DP solution with the provided<br>
>>>> functions in current PetSc release?<br>
>>>><br>
>>><br>
>>> There is no FETI-DP in PETSc.<br>
>><br>
>> Wrong.  There is PCBDDC, which has the same eigenvalues as FETI-DP.  You<br>
>> can enable it by configuring --with-pcbddc.  This will be turned on by<br>
>> default soon.  It is fairly new, so you should use the branch 'master'<br>
>> instead of the release.  It has an option to do FETI-DP instead of BDDC.<br>
>> See src/ksp/ksp/examples/tutorials/ex59.c.<br>
>><br>
>> For either of these methods, you have to assemble a MATIS.  If you use<br>
>> MatSetValuesLocal, most of your assembly code can stay the same.<br>
>><br>
>> Hopefully we can get better examples before the next release.  Stefano<br>
>> (the author of PCBDDC, Cc'd) tests mostly with external packages, but we<br>
>> really need more complete tests within PETSc.<br>
><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener
</div>