<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 1, 2014 at 6:57 AM, Åsmund Ervik <span dir="ltr"><<a href="mailto:asmund.ervik@ntnu.no" target="_blank">asmund.ervik@ntnu.no</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
On 01. sep. 2014 13:52, Matthew Knepley wrote:<br>
> On Mon, Sep 1, 2014 at 6:18 AM, Åsmund Ervik <<a href="mailto:asmund.ervik@ntnu.no">asmund.ervik@ntnu.no</a>> wrote:<br>
><br>
>><br>
>><br>
>> On 01. sep. 2014 12:51, Matthew Knepley wrote:<br>
>>> On Mon, Sep 1, 2014 at 3:22 AM, Åsmund Ervik <<a href="mailto:asmund.ervik@ntnu.no">asmund.ervik@ntnu.no</a>><br>
>> wrote:<br>
>>><br>
>>>><br>
>>>> Subsequently I installed HDF5 v. 1.8.12 using my OS package manager and<br>
>>>> then tried to configure with "--with-hdf5<br>
>>>> --with-hdf5-dir=/path/to/system/hdf5" using PETSc 3.5.1. This time both<br>
>>>> configure and make were successful, but "make test" fails with loads of<br>
>>>> undefined references to PETSc HDF5 stuff (see below). configure.log and<br>
>>>> make.log attached also for this case (error-with-hdf5.tar.gz)<br>
>>>><br>
>>><br>
>>> It did not build src/sys/classes/viewer/impls/hdf5/, clearly from the<br>
>> log.<br>
>>> However, it<br>
>>> should have. We have been trying to understand why Make behaves in a bad<br>
>> way<br>
>>> after configuration failure. It should go away with make clean and<br>
>> another<br>
>>> make.<br>
>><br>
>> Thanks Matt, make clean and then make did result in make test passing<br>
>> all tests.<br>
>><br>
>> However, I am still unable to use HDF5 functionality. When I compile and<br>
>> run e.g. vec/vec/examples/tutorials/ex10.c it works fine with binary<br>
>> output, but with HDF5 I get the error message below.<br>
>><br>
>> I'm guessing this is some incompatibility between the various MPI, HDF5<br>
>> and PETSc versions, i.e. that the HDF5 from my OS is not using the same<br>
>> MPI as PETSc. Is it simple to edit something in PETSc and have<br>
>> "./configure --download-hdf5" get the most recent HDF5 library which<br>
>> compiles on my machine?<br>
>><br>
><br>
> Yes, I cannot reproduce, so it must be something like that. Can you<br>
> reconfigure<br>
> using the --download version?<br>
<br>
No, I am not able to, that is why I switched to "--with-hdf5-dir=". Like<br>
I said in the first email, the version of HDF5 (1.8.10) that ships with<br>
PETSc 3.5.1 does not compile on my machine. This is apparently a known<br>
bug that was fixed upstream, cf.<br>
<br>
<a href="https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=711777" target="_blank">https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=711777</a><br>
<br>
This is the reason why I asked whether I can somehow tell<br>
"--download-hdf5" to download a more recent version. 1.8.11 should do it.</blockquote><div><br></div><div>People who leave commented out code in there should be tarred, feathered,</div><div>and run out of town on a rail. You can just go in and delete that line, and then</div>
<div>reconfigure. It will use the source that is already downloaded.</div><div><br></div><div>Satish, can we patch our download source? I can do it, but I am not sure of</div><div>the process for HDF5.</div><div><br></div>
<div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Åsmund<br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener
</div></div>