<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 1, 2014 at 9:02 AM, Åsmund Ervik <span dir="ltr"><<a href="mailto:asmund.ervik@ntnu.no" target="_blank">asmund.ervik@ntnu.no</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">On 01. sep. 2014 14:02, Matthew Knepley wrote:<br>
> On Mon, Sep 1, 2014 at 6:57 AM, Åsmund Ervik <<a href="mailto:asmund.ervik@ntnu.no">asmund.ervik@ntnu.no</a>> wrote:<br>
><br>
>><br>
>> No, I am not able to, that is why I switched to "--with-hdf5-dir=". Like<br>
>> I said in the first email, the version of HDF5 (1.8.10) that ships with<br>
>> PETSc 3.5.1 does not compile on my machine. This is apparently a known<br>
>> bug that was fixed upstream, cf.<br>
>><br>
>> <a href="https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=711777" target="_blank">https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=711777</a><br>
>><br>
>> This is the reason why I asked whether I can somehow tell<br>
>> "--download-hdf5" to download a more recent version. 1.8.11 should do it.<br>
><br>
><br>
> People who leave commented out code in there should be tarred, feathered,<br>
> and run out of town on a rail. You can just go in and delete that line, and<br>
> then<br>
> reconfigure. It will use the source that is already downloaded.<br>
<br>
Okay, I also had to do the same for two lines in<br>
h5dump/h5dump_ddl.c:1344 and then I was able to configure with<br>
"--download-hdf5". I am now able to run vec/ex10.c using HDF5 with success!<br>
<br>
Thanks a lot :) (and double on the tar and feathers for people who use<br>
C++ comments in C code).<br>
<br>
After some tinkering I am now able to produce 3D plots of scalar fields<br>
from my code, and this looks good in Visit and in Tec360 Ex. However, it<br>
only works for scalars where only a single DOF is associated to a DMDA.<br>
Vector valued fields don't work either. But I am able to save two<br>
separate scalar fields to the same HDF5 file, as long as both are the<br>
single DOF associated to a DMDA.<br></blockquote><div><br></div><div>It seems like these programs expect a different organization than we use for</div><div>multiple DOF. Do you know what they want?</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Also, if I call PetscViewerHDF5IncrementTimestep() the resulting HDF5<br>
files can no longer be visualized even for the scalars, both Tec360 and<br>
Visit give error messages.<br></blockquote><div><br></div><div>HDF5 is a generic format, and programs like Visit and Tec360 assume some</div><div>organization inside. For time we just add an array dimension, but they might do</div>
<div>something else. I recommend looking at bin/pythonscripts/petsc_ge_xdmf.py,</div><div>which creates .xdmf to describe our HDF5 organization.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>      Matt</div>
<div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Any hints on how to get full-fledged HDF5 files with timestep and<br>
vector/multiple scalar support?<br></blockquote><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Thanks again,<br>
Åsmund<br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener
</div></div>