<div dir="ltr">Hi Jed,<div><br></div><div>Actually the out-of-memory happened when converting ASCII files to petsc format using a serial PETSc program.</div><div><br></div><div>It seems a single processor doesn't have enough memory to preallocate enough space to store the matrices. Is there any way around it...?</div>
<div><br></div><div>Best regards,</div><div>Jifeng Zhao </div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Aug 17, 2014 at 11:40 PM, Jed Brown <span dir="ltr"><<a href="mailto:jed@jedbrown.org" target="_blank">jed@jedbrown.org</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="">jifeng zhao <<a href="mailto:jifengzhao2015@u.northwestern.edu">jifengzhao2015@u.northwestern.edu</a>> writes:<br>

<br>
> Hello all,<br>
><br>
> I am trying to read large matrices from ASCII files and save it into petsc<br>
> binary format using uni-processor.<br>
><br>
> But I am encountered a out-of-memory error, when reading too-large ASCII<br>
> file.<br>
<br>
</div>Don't use ASCII.  It is a monumentally bad format for parallel<br>
computing.  Convert your ASCII files to PETSc binary files (or HDF5, but<br>
PETSc binary is sufficient and simpler), then read in parallel.  You can<br>
do this easily in MATLAB or Python, or with a serial PETSc program.<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">Jifeng Zhao<div>PhD candidate at Northwestern University, US</div><div>Theoretical and Applied Mechanics Program</div></div>
</div>