<div dir="ltr">Attached are the configure.log and make.log files<br><br>Thanks,<br>Justin<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Aug 11, 2014 at 5:36 PM, Barry Smith <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank">bsmith@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
  Send configure.log and make.log<br>
<br>
   Delete the entire PETSc directory and trying again without the --download-f2cblaslapack  but with —with-fc=gfortran (not f2c) I suspect you made multiple attempts to install and some undesirable files got in place that are causing the difficultly.<br>

<br>
  If the clean install does not work then Send configure.log and make.log<br>
<br>
  Barry<br>
<div class=""><br>
On Aug 11, 2014, at 5:31 PM, Justin Chang <<a href="mailto:jychang48@gmail.com">jychang48@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
> Hi all,<br>
><br>
> I am trying to install petsc-3.5.1 onto my school's iMac (version 10.9.2) and I have run configure with the following options:<br>
><br>
</div>> ./configure --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-f2c=gfortran --download-f2cblaslapack--download-mpich --with-debugging=1 --download-ctetgen --download-triangle --with-valgrind=1 -with-cmake=cmake --download-metis --download-parmetis --download-netcdf --download-hdf5 --download-exodusii<br>

<div class="HOEnZb"><div class="h5">><br>
> Then when I run 'make all test' I get the following errors:<br>
><br>
> Undefined symbols for architecture x86_64:<br>
>   "_MatPartitioningCreate_Parmetis", referenced from:<br>
>       import-atom in libpetsc.dylib<br>
>   "_PETSC_VIEWER_HDF5_", referenced from:<br>
>       import-atom in libpetsc.dylib<br>
>   "_PetscViewerCreate_HDF5", referenced from:<br>
>       import-atom in libpetsc.dylib<br>
>   "_PetscViewerHDF5GetFileId", referenced from:<br>
>       import-atom in libpetsc.dylib<br>
>   "_PetscViewerHDF5GetGroup", referenced from:<br>
>       import-atom in libpetsc.dylib<br>
>   "_PetscViewerHDF5GetTimestep", referenced from:<br>
>       import-atom in libpetsc.dylib<br>
>   "_PetscViewerHDF5HasAttribute", referenced from:<br>
>       import-atom in libpetsc.dylib<br>
>   "_PetscViewerHDF5PopGroup", referenced from:<br>
>       import-atom in libpetsc.dylib<br>
>   "_PetscViewerHDF5PushGroup", referenced from:<br>
>       import-atom in libpetsc.dylib<br>
>   "_PetscViewerHDF5ReadAttribute", referenced from:<br>
>       import-atom in libpetsc.dylib<br>
>   "_PetscViewerHDF5SetTimestep", referenced from:<br>
>       import-atom in libpetsc.dylib<br>
>   "_PetscViewerHDF5WriteAttribute", referenced from:<br>
>       import-atom in libpetsc.dylib<br>
> ld: symbol(s) not found for architecture x86_64<br>
> clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)<br>
> make[3]: [ex19] Error 1 (ignored)<br>
> /bin/rm -f ex19.o<br>
><br>
> Any help appreciated, thanks<br>
><br>
> Justin<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>