<div dir="ltr">I did what Barry suggested: deleting the directory and all. And it works fine now. Thanks all<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Aug 11, 2014 at 5:56 PM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hm - a bunch of sourcefiles are not getting compiled. I'm not sure why.<br>
<br>
can you try the following - and see if the problem goes away?<br>
<br>
make allclean all<br>
<br>
If not - try:<br>
<br>
make allclean all-cmake<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Satish<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Mon, 11 Aug 2014, Justin Chang wrote:<br>
<br>
> Attached are the configure.log and make.log files<br>
><br>
> Thanks,<br>
> Justin<br>
><br>
><br>
> On Mon, Aug 11, 2014 at 5:36 PM, Barry Smith <<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
><br>
> ><br>
> >   Send configure.log and make.log<br>
> ><br>
> >    Delete the entire PETSc directory and trying again without the<br>
> > --download-f2cblaslapack  but with —with-fc=gfortran (not f2c) I suspect<br>
> > you made multiple attempts to install and some undesirable files got in<br>
> > place that are causing the difficultly.<br>
> ><br>
> >   If the clean install does not work then Send configure.log and make.log<br>
> ><br>
> >   Barry<br>
> ><br>
> > On Aug 11, 2014, at 5:31 PM, Justin Chang <<a href="mailto:jychang48@gmail.com">jychang48@gmail.com</a>> wrote:<br>
> ><br>
> > > Hi all,<br>
> > ><br>
> > > I am trying to install petsc-3.5.1 onto my school's iMac (version<br>
> > 10.9.2) and I have run configure with the following options:<br>
> > ><br>
> > > ./configure --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-f2c=gfortran<br>
> > --download-f2cblaslapack--download-mpich --with-debugging=1<br>
> > --download-ctetgen --download-triangle --with-valgrind=1 -with-cmake=cmake<br>
> > --download-metis --download-parmetis --download-netcdf --download-hdf5<br>
> > --download-exodusii<br>
> > ><br>
> > > Then when I run 'make all test' I get the following errors:<br>
> > ><br>
> > > Undefined symbols for architecture x86_64:<br>
> > >   "_MatPartitioningCreate_Parmetis", referenced from:<br>
> > >       import-atom in libpetsc.dylib<br>
> > >   "_PETSC_VIEWER_HDF5_", referenced from:<br>
> > >       import-atom in libpetsc.dylib<br>
> > >   "_PetscViewerCreate_HDF5", referenced from:<br>
> > >       import-atom in libpetsc.dylib<br>
> > >   "_PetscViewerHDF5GetFileId", referenced from:<br>
> > >       import-atom in libpetsc.dylib<br>
> > >   "_PetscViewerHDF5GetGroup", referenced from:<br>
> > >       import-atom in libpetsc.dylib<br>
> > >   "_PetscViewerHDF5GetTimestep", referenced from:<br>
> > >       import-atom in libpetsc.dylib<br>
> > >   "_PetscViewerHDF5HasAttribute", referenced from:<br>
> > >       import-atom in libpetsc.dylib<br>
> > >   "_PetscViewerHDF5PopGroup", referenced from:<br>
> > >       import-atom in libpetsc.dylib<br>
> > >   "_PetscViewerHDF5PushGroup", referenced from:<br>
> > >       import-atom in libpetsc.dylib<br>
> > >   "_PetscViewerHDF5ReadAttribute", referenced from:<br>
> > >       import-atom in libpetsc.dylib<br>
> > >   "_PetscViewerHDF5SetTimestep", referenced from:<br>
> > >       import-atom in libpetsc.dylib<br>
> > >   "_PetscViewerHDF5WriteAttribute", referenced from:<br>
> > >       import-atom in libpetsc.dylib<br>
> > > ld: symbol(s) not found for architecture x86_64<br>
> > > clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see<br>
> > invocation)<br>
> > > make[3]: [ex19] Error 1 (ignored)<br>
> > > /bin/rm -f ex19.o<br>
> > ><br>
> > > Any help appreciated, thanks<br>
> > ><br>
> > > Justin<br>
> ><br>
> ><br>
><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>