<div dir="ltr">Hello Hong,<div><br></div><div>There is no problem. You can add the following description: </div><div><br></div><div>"The matrices come from Jifeng Zhao, Northwestern University, <a href="mailto:zhaojf06@gmail.com">zhaojf06@gmail.com</a>. The stiffness and mass matrices arise from a extended finite element model to predict phononic band gap of a three-dimensional two-phase composite with periodic SCC crystal structure. In addition, periodic boundary conditions are applied on the primary unit cell by employing Bloch wave analysis."</div>
<div><br></div><div>----------------------------</div><div><br></div><div>In addition, do want to let you know that I tried the runtime command you gave me using PETSC/3.4.4 (3.5 is not ready yet for me), it failed to converge. </div>
<div><br></div><div><div>PETSC ERROR: !</div><div><span style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif">PETSC ERROR: KSP did not converge (reason=DIVERGED_ITS)</span><b style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif">!</b></div>
</div><div><b style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif"><br></b></div><div><font face="arial, sans-serif"><b>I also tried to different preconditioners:</b></font></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">minres/bjacobi/ icc</span></div>
<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">minres/bjacobi/ asm</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">minres/bjacobi/ gamg</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
</span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">All of them failed by the same error. I can try to increase the maximum iteration number to remove this error message, but it will converge very slow for sure. </span></div>
<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Since I am already using -aij command, I am not sure if these slow convergence performance will disappear if I upgrade to PETSC/3.5. Is there anything else I can try on? </span></div>
<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Thank you so much</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">,</span></div>
<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Jifeng Zhao</span></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Aug 4, 2014 at 11:18 PM, <a href="mailto:hong@aspiritech.org">hong@aspiritech.org</a> <span dir="ltr"><<a href="mailto:hong@aspiritech.org" target="_blank">hong@aspiritech.org</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">jifeng :<br>
<div class="">><br>
> I just want to check with you if there is any updates on why the code<br>
> crashes under -sbaij?<br>
<br>
</div>It is a bug in petsc. I've fixed it in the brach hzhang/mataxpy-bugfix:<br>
<a href="https://bitbucket.org/petsc/petsc/branch/hzhang/mataxpy-bugfix" target="_blank">https://bitbucket.org/petsc/petsc/branch/hzhang/mataxpy-bugfix</a><br>
<br>
which will be merged to 'next' branch for tests, then patch to petsc-3.5.<br>
You can use this branch if you like.<br>
<br>
Again, I like to add your matrices into petsc matrix collection.<br>
Can you give me a short sentence describing your matrices, e.g.,<br>
"The following matrices come from Rick Dean, Arco E&P Technology,<br>
<a href="mailto:rhd@arco.com">rhd@arco.com</a>.  They arise from multiphase flow modeling of oil<br>
reservoirs,..."<br>
<br>
Thanks,<br>
Hong<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
><br>
> At the meanwhile, unfortunately PETSC-3.5 hasn't been installed on my server<br>
> due to some technical problems. I hope technicians can get it done as soon<br>
> as possible. I will update you when I have any new results. Thanks so much.<br>
><br>
> Best regards,<br>
> Jifeng<br>
><br>
><br>
> On Wed, Jul 30, 2014 at 2:53 PM, jifeng zhao<br>
> <<a href="mailto:jifengzhao2015@u.northwestern.edu">jifengzhao2015@u.northwestern.edu</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Hello Hong,<br>
>><br>
>> Thanks a lot. The result makes sense, but I think I will need higher<br>
>> accuracy (smaller tolerance). I will take a try myself at the meanwhile.<br>
>><br>
>> Best regards,<br>
>> Jifeng Zhao<br>
>><br>
>><br>
>> On Wed, Jul 30, 2014 at 1:16 PM, <a href="mailto:hong@aspiritech.org">hong@aspiritech.org</a> <<a href="mailto:hong@aspiritech.org">hong@aspiritech.org</a>><br>
>> wrote:<br>
>>><br>
>>> Jifeng,<br>
>>> Using petsc-3.5 and slepc-3.5 (maint branch), I tested your matrices<br>
>>><br>
>>> mpiexec -n 32 ./ex7 -f1 $data/zhao/petsc_stiff20.dat -f2<br>
>>> $data/zhao/petsc_mass20.dat -mat_view ascii::ascii_info -mat_type aij<br>
>>> -eps_gen_hermitian -eps_type krylovschur -eps_target -0.1 -st_ksp_type<br>
>>> minres -st_pc_type bjacobi -st_sub_pc_type icc -st_ksp_rtol 1.e-2<br>
>>> -eps_tol 1.e-2 -eps_nev 40 -st_type sinvert -log_summary |& tee<br>
>>> log.mat20.ex7.np32.tol-2<br>
>>><br>
>>> The output is attached.<br>
>>><br>
>>> When using '-mat_type sbaij', I got same error as reported, which<br>
>>> might be a bug in our libraries. I'll investigate it.<br>
>>> Switching to '-mat_type aij' works (I'm not sure if the computed<br>
>>> eigenvalues are meaningful though), but the linear solver<br>
>>> minres/bjacobi/icc converges very slow, takes around 500 - 1000 linear<br>
>>> iterations for each eps iteration. You may experiment with stronger<br>
>>> pc_type, e.g., '-pc_type asm' etc.<br>
>>><br>
>>> I'll let you know why sbaij crashes.<br>
>>><br>
>>> Hong<br>
>>><br>
>>> On Mon, Jul 28, 2014 at 4:52 PM, Jose E. Roman <<a href="mailto:jroman@dsic.upv.es">jroman@dsic.upv.es</a>><br>
>>> wrote:<br>
>>> ><br>
>>> > El 28/07/2014, a las 23:48, jifeng zhao escribió:<br>
>>> ><br>
>>> >> Hi Barry,<br>
>>> >><br>
>>> >> Thanks for the reply. I see. I am still testing it and looking for the<br>
>>> >> bug.<br>
>>> >><br>
>>> >> It is pretty weird that the error appears, since the code I am running<br>
>>> >> is ex7 and I didn't change anything.<br>
>>> >><br>
>>> >> My matrices are assembled in binary files separately. As I explained<br>
>>> >> earlier, I have a series of matrices to solve, each of them have the same<br>
>>> >> patterns but with different values. The way I assembly the matrix has proven<br>
>>> >> to be correct for all the other cases. Only for this one, when the matrix<br>
>>> >> has an zero eigenvalue, ex7 failed to solve it.<br>
>>> >><br>
>>> >> In fact, I don't understand why this "Out of range" error could<br>
>>> >> possibly appear? 1. my matrices have the correct parrellel lay up. 2. In<br>
>>> >> ex7, I am not explicitly accessing to any elements at all! All I did is<br>
>>> >> EPSSolve();<br>
>>> >><br>
>>> >> Any ideas?<br>
>>> >><br>
>>> >> Best regards,<br>
>>> >> Jifeng Zhao<br>
>>> >><br>
>>> ><br>
>>> > Tomorrow we will release slepc-3.5. I would suggest trying with the new<br>
>>> > version. If the problem persist we can help to track down the problem.<br>
>>> ><br>
>>> > Jose<br>
>>> ><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> --<br>
>> Jifeng Zhao<br>
>> PhD candidate at Northwestern University, US<br>
>> Theoretical and Applied Mechanics Program<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Jifeng Zhao<br>
> PhD candidate at Northwestern University, US<br>
> Theoretical and Applied Mechanics Program<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">Jifeng Zhao<div>PhD candidate at Northwestern University, US</div><div>Theoretical and Applied Mechanics Program</div></div>
</div>