<div dir="ltr">Hi Satish,<div><br></div><div>I actually changed it to "<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">--with-shared-libraries=0" as my first attempt to fix.</span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
</span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">I just tried as you suggested, and I am still seeing the error:</span></div><div>...</div>/clusterfs/voltaire/home/software/modules/petsc/3.5.0/lib/libpetsc.so: undefined reference to `MatGetFactor_aij_mumps'<br>
/clusterfs/voltaire/home/software/modules/petsc/3.5.0/lib/libpetsc.so: undefined reference to `MatGetFactor_baij_mumps'<br>/clusterfs/voltaire/home/software/modules/petsc/3.5.0/lib/libpetsc.so: undefined reference to `MatPartitioningCreate_Parmetis'<br>
/clusterfs/voltaire/home/software/modules/petsc/3.5.0/lib/libpetsc.so: undefined reference to `MatGetFactor_sbaij_mumps'<div>....</div><div><br></div><div>Is there anything else that I should try?</div><div><br></div>
<div>Thanks!</div><div><br></div><div>Kai</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 24, 2014 at 5:38 PM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Try:<br>
<br>
cd /clusterfs/voltaire/home/software/source/petsc-3.5.0<br>
rm -rf /clusterfs/voltaire/home/software/modules/petsc/3.5.0<br>
make PETSC_DIR=/clusterfs/voltaire/home/software/source/petsc-3.5.0 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug install<br>
<br>
<br>
The previous build was with [default] --with-shared-libraries=1 - but<br>
the current built is using --with-shared-libraries=0. So the libraries<br>
installed at the prefix location are inconsistant.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
Satish<br>
<br>
On Thu, 24 Jul 2014, Kai Song wrote:<br>
<br>
> Hi Satish,<br>
><br>
> Thanks for the quick response. I attached the make.log in this email, and a<br>
> quick glance, I didn't see any obvious errors.<br>
><br>
> Please let me know if you need any additional informations.<br>
><br>
> Thanks,<br>
><br>
> Kai<br>
><br>
><br>
><br>
> On Thu, Jul 24, 2014 at 5:17 PM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
><br>
> > Perhaps there were errors during the build. Can you send us make.log<br>
> > for this build?<br>
> ><br>
> > Satish<br>
> ><br>
> > On Thu, 24 Jul 2014, Kai Song wrote:<br>
> ><br>
> > > Hi Petsc community,<br>
> > ><br>
> > > I just installed petsc/3.5.0 on our RHEL-6 system, with gcc/4.4.7 and<br>
> > > openmpi/1.6.5<br>
> > ><br>
> > > The program built and installed fine, but make test failed on the<br>
> > following<br>
> > > error:<br>
> > > ================<br>
> > > ...<br>
> > > mpicc -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -Wno-unknown-pragmas -g3<br>
> > > -O0  -o ex19  ex19.o<br>
> > > -L/clusterfs/voltaire/home/software/modules/petsc/3.5.0/lib  -lpetsc<br>
> > > -Wl,-rpath,/clusterfs/voltaire/home/software/modules/petsc/3.5.0/lib<br>
> > > -lcmumps -ldmumps -lsmumps -lzmumps -lmumps_common -lpord -lscalapack<br>
> > > -lflapack -lfblas -lparmetis -lmetis -lX11 -lssl -lcrypto -lpthread<br>
> > > -L/global/software/sl-6.x86_64/modules/gcc/4.4.7/openmpi/1.6.5-gcc/lib<br>
> > > -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7 -lmpi_f90 -lmpi_f77 -lgfortran<br>
> > -lm<br>
> > > -lmpi_cxx -lstdc++ -lmpi_cxx -lstdc++ -ldl -lmpi -lnuma -lrt -lnsl -lutil<br>
> > > -lgcc_s -lpthread -ldl<br>
> > > /clusterfs/voltaire/home/software/modules/petsc/3.5.0/lib/libpetsc.so:<br>
> > > undefined reference to `MatGetFactor_aij_mumps'<br>
> > > /clusterfs/voltaire/home/software/modules/petsc/3.5.0/lib/libpetsc.so:<br>
> > > undefined reference to `MatGetFactor_baij_mumps'<br>
> > > /clusterfs/voltaire/home/software/modules/petsc/3.5.0/lib/libpetsc.so:<br>
> > > undefined reference to `MatPartitioningCreate_Parmetis'<br>
> > > /clusterfs/voltaire/home/software/modules/petsc/3.5.0/lib/libpetsc.so:<br>
> > > undefined reference to `MatGetFactor_sbaij_mumps'<br>
> > > collect2: ld returned 1 exit status<br>
> > > gmake[3]: [ex19] Error 1 (ignored)<br>
> > > ...<br>
> > > ================<br>
> > ><br>
> > > I used the following configure line:<br>
> > > ./configure --prefix=/software/modules/petsc/3.5.0<br>
> > >  --download-fblaslapack=1 --download-mumps=1 --download-parmetis=1<br>
> > > --download-scalapack --download-metis=1<br>
> > ><br>
> > --with-mpi-dir=/global/software/sl-6.x86_64/modules/gcc/4.4.7/openmpi/1.6.5-gcc/<br>
> > ><br>
> > > Is there anything that I am missing in the built process? Any help would<br>
> > be<br>
> > > great appreciated!<br>
> > ><br>
> > > Thanks in advance!<br>
> > ><br>
> > > Kai<br>
> > ><br>
> > ><br>
> ><br>
> ><br>
><br>
><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Kai Song<br><<a href="mailto:ksong@lbl.gov" target="_blank">ksong@lbl.gov</a>> 1.510.495.2180<br>1 Cyclotron Rd. Berkeley, CA94720, MS-50B 3209<br>
High Performance Computing Services (HPCS) <br>Lawrence Berkeley National Laboratory - <a href="http://scs.lbl.gov" target="_blank">http://scs.lbl.gov</a>
</div>