<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I had a question about PETSc installations. On my local computer I configured PETSc (v 3.4.2) using the options:</div><div><br></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">./configure --with-cc=mpicc --with-cxx=mpic++ --download-f-blas-lapack --download-mpich --download-hypre</span><br>
</div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">I wrote a test program that defines a vector using DMDAs, computes a dot product, exchanges halo elements, and computes a low-order FD derivative of the vector. Under my installation of PETSc everything works fine. </span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">For some reason, when my colleagues run the program, they get segmentation fault errors. If they change the y and z boundary types to GHOSTED as well, they get the program to run until the end (seg faults at the end though) but they get a local value of the dot product. I've attached the main.cpp file for this script.</span></div>
<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">When they installed their versions of PETSc they didn't use the --download-mpich option but instead used either:</span></div>
<div><font face="arial, sans-serif"><span style="font-size:12.666666984558105px">./configure --download-f-blas-lapack --with-scalar-type=complex</span></font><br></div><div><font face="arial, sans-serif"><span style="font-size:12.666666984558105px">or with the option: --with-mpi-dir=/home/kim/anaconda/pkgs/mpich2-1.3-py27_0</span></font></div>
<div><font face="arial, sans-serif"><span style="font-size:12.666666984558105px"><br></span></font></div><div><font face="arial, sans-serif"><span style="font-size:12.666666984558105px">Could this be causing a problem with the parallelization under PETSc?</span></font></div>
<div><font face="arial, sans-serif"><span style="font-size:12.666666984558105px"><br></span></font></div><div><font face="arial, sans-serif"><span style="font-size:12.666666984558105px">Thanks for the help and sorry for the long question.</span></font></div>
<div><font face="arial, sans-serif"><span style="font-size:12.666666984558105px"><br></span></font></div><div><font face="arial, sans-serif"><span style="font-size:12.666666984558105px">Best regards,</span></font></div><div>
<font face="arial, sans-serif"><span style="font-size:12.666666984558105px">John</span></font></div></div>