<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 26, 2014 at 6:52 PM, Fande Kong <span dir="ltr"><<a href="mailto:fd.kong@siat.ac.cn" target="_blank">fd.kong@siat.ac.cn</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Matt,<div><br></div><div>Is it possible to send me  some printed hdf5 and xdmf files (representing a simple mesh)  that can be visualized by Paraview?  Similarly like that printed by pylith. From these files I think I can figure out how to write a hdf5 viewer by myself.</div>
</div></blockquote><div><br></div><div>I can, here is a representative HDF5 file (you can generate Xdmf using bin/pythonscripts/petsc_gen_xdmf.py). Did the</div><div>viewer not work for you?</div><div><br></div><div>  Thanks,</div>
<div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Sorry for bothering you.</div><div><br></div><div>Thanks,</div>
</div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 25, 2014 at 11:46 PM, Matthew Knepley <span dir="ltr"><<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><div>On Tue, Jun 24, 2014 at 7:50 AM, Fande Kong <span dir="ltr"><<a href="mailto:fd.kong@siat.ac.cn" target="_blank">fd.kong@siat.ac.cn</a>></span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>There are some functions called DMPlex_load_hdf5 and DMPlex_view_hdf5 in petsc-dev.  They are really good functions for outputting the solution as a hdf5 file in parallel. Are there any examples to show how  to use these functions? Or are there some printed hdf5 and xdmf files that can be visualized by paraview?</div>


</div></blockquote><div><br></div></div><div>This is very new code. I plan to write a manual section as soon as the functionality solidifies. However, here is how I am currently using it.</div><div>Anywhere that you think about viewing something add</div>


<div><br></div><div>    ierr = PetscObjectViewFromOptions((PetscObject) obj, prefix, "-my_obj_view");CHKERRQ(ierr);</div><div><br></div><div>Then you can use the standard option style</div><div><br></div><div>  -my_obj_view hdf5:my.h5</div>


<div><br></div><div>This extends nicely to many objects. Here is what I use for my magma dynamics output</div><div><br></div><div>  -dm_view hdf5:sol_solver_debug.h5 -magma_view_solution hdf5:sol_solver_debug.h5::append -compaction_vec_view hdf5:sol_solver_debug.h5:HDF5_VIZ:append</div>


<div><br></div><div>There is still a problem in that you cannot choose multiple formats using this method. I am going to extend</div><div>the view options format</div><div><br></div><div>  type:file:format:mode</div><div>


<br></div><div>to allow</div><div><br></div><div>  type:file:format,format,format:mode</div><div><br></div><div>to handle this.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>      Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">


<div dir="ltr"><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Fande,</div><div><br></div><div><br></div></div><span><font color="#888888">
</font></span></blockquote></div><span><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>


-- Norbert Wiener
</font></span></div></div>
</blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener
</div></div>