<div dir="ltr"><div class="gmail_extra">I found another problem when using two-dimensional arrays defined using pointers of pointers.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">When I use a "classical" two-dimensional array defined by</div>
<div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">PetscScalar  array[dof][dof];</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">and then build the Jacobian using </div><div class="gmail_extra"><br>
</div><div class="gmail_extra">ierr = MatSetValuesBlocked(*Jpre,1,&row,1,&col,&array[0][0],INSERT_VALUES);<br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">It works fine.</div><div class="gmail_extra">
<br></div><div class="gmail_extra">The problem comes when I define the two-dimensional array as follows:</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">PetscScalar  **array;</div><div class="gmail_extra">
<div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"> array = (PetscScalar**)malloc(sizeof(PetscScalar*) * dof);</div><div class="gmail_extra"> for (k = 0; k < dof; k++){</div><div class="gmail_extra">   array[k] = (PetscScalar*)malloc(sizeof(PetscScalar) * dof);</div>
<div class="gmail_extra">  }</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">When I pass it to MatSetValuesBlocked() there is a problem. Either Petsc complains because I am not passing it the right way or when it accepts it, wrong data is passed because the solution is not correct. Maybe Petsc expect dof*dof values and only dof are passed ?</div>
<div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">How a two-dimensional array declared with pointers of pointers should be passed to MatSetValuesBlocked() ?</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">
Many thanks in advance.</div><div class="gmail_extra">Christophe</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">   </div></div><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 15, 2014 at 2:08 AM, Jed Brown <span dir="ltr"><<a href="mailto:jed@jedbrown.org" target="_blank">jed@jedbrown.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
<div class="">Christophe Ortiz <<a href="mailto:christophe.ortiz@ciemat.es">christophe.ortiz@ciemat.es</a>> writes:<br>
<br>
> Hi all,<br>
><br>
> I am experiencing some problems of memory corruption with PetscMemzero().<br>
><br>
> I set the values of the Jacobian by blocks using MatSetValuesBlocked(). To<br>
> do so, I use some temporary two-dimensional arrays[dof][dof] that I must<br>
> reset at each loop.<br>
><br>
> Inside FormIJacobian, for instance, I declare the following two-dimensional<br>
> array:<br>
><br>
>    PetscScalar  diag[dof][dof];<br>
><br>
> and then, to zero the array diag[][] I do<br>
><br>
>    ierr = PetscMemzero(diag,dof*dof*sizeof(PetscScalar));<br>
<br>
</div>Note that this can also be spelled<br>
<br>
  PetscMemzero(diag,sizeof diag);<br>
<div class=""><br>
> Then, inside main(), once dof is determined, I allocate memory for diag as<br>
> follows:<br>
><br>
>  diag = (PetscScalar**)malloc(sizeof(PetscScalar*) * dof);<br>
><br>
>  for (k = 0; k < dof; k++){<br>
>   diag[k] = (PetscScalar*)malloc(sizeof(PetscScalar) * dof);<br>
>  }<br>
> That is, the classical way to allocate memory using the pointer notation.<br>
<br>
</div>Note that you can do a contiguous allocation by creating a Vec, then use<br>
VecGetArray2D to get 2D indexing of it.<br>
</blockquote></div><br></div></div>