<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 24, 2014 at 9:27 PM, Justin Dong <span dir="ltr"><<a href="mailto:jsd1@rice.edu" target="_blank">jsd1@rice.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I'm trying to configure PETSc on Mac OS X with gcc-4.9. Currently, it's configured with gcc that comes with Xcode, but I want to use gcc-4.9 that I installed myself. I try:</div>

<div><br></div><div>







<p>







</p><p>./configure --with-cc=gcc-4.9 --with-fc=gfortran --download-f-blas-lapack --download-mpich</p><p><br></p><p>But while configuring MPICH it gets stuck indefinitely. I've included the output below after I terminate the process. I don't have this issue if I just configure with cc=gcc. Any ideas what the problem is here?</p>
</div></div></blockquote><div>From the stack trace, its just taking a long time. If it overruns the timeout, it should just die. You can try</div><div>running using -useThreads=0 if you suspect the timeout is not working.</div>
<div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><p>^CTraceback (most recent call last):</p><p>  File "./configure", line 10, in <module></p>
<p>    execfile(os.path.join(os.path.dirname(__file__), 'config', 'configure.py'))</p>
<p>  File "./config/configure.py", line 372, in <module></p><p>    petsc_configure([])</p><p>  File "./config/configure.py", line 287, in petsc_configure</p><p>
    framework.configure(out = sys.stdout)</p><p>  File "/Users/justindong/Classes/CAAMResearch/petsc-3.4.4/config/BuildSystem/config/framework.py", line 933, in configure</p><p>    child.configure()</p>
<p>  File "/Users/justindong/Classes/CAAMResearch/petsc-3.4.4/config/BuildSystem/config/package.py", line 558, in configure</p><p>    self.executeTest(self.configureLibrary)</p><p>  File "/Users/justindong/Classes/CAAMResearch/petsc-3.4.4/config/BuildSystem/config/base.py", line 115, in executeTest</p>

<p>    ret = apply(test, args,kargs)</p><p>  File "/Users/justindong/Classes/CAAMResearch/petsc-3.4.4/config/BuildSystem/config/packages/MPI.py", line 748, in configureLibrary</p><p>    config.package.Package.configureLibrary(self)</p>

<p>  File "/Users/justindong/Classes/CAAMResearch/petsc-3.4.4/config/BuildSystem/config/package.py", line 486, in configureLibrary</p><p>    for location, directory, lib, incl in self.generateGuesses():</p>
<p>  File "/Users/justindong/Classes/CAAMResearch/petsc-3.4.4/config/BuildSystem/config/package.py", line 232, in generateGuesses</p><p>    d = self.checkDownload(1)</p><p>  File "/Users/justindong/Classes/CAAMResearch/petsc-3.4.4/config/BuildSystem/config/packages/MPI.py", line 351, in checkDownload</p>

<p>    return config.package.Package.checkDownload(self, requireDownload)</p><p>  File "/Users/justindong/Classes/CAAMResearch/petsc-3.4.4/config/BuildSystem/config/package.py", line 340, in checkDownload</p>
<p>    return self.getInstallDir()</p><p>  File "/Users/justindong/Classes/CAAMResearch/petsc-3.4.4/config/BuildSystem/config/package.py", line 187, in getInstallDir</p><p>    return os.path.abspath(self.Install())</p>

<p>  File "/Users/justindong/Classes/CAAMResearch/petsc-3.4.4/config/BuildSystem/config/packages/MPI.py", line 366, in Install</p><p>    return self.InstallMPICH()</p><p>  File "/Users/justindong/Classes/CAAMResearch/petsc-3.4.4/config/BuildSystem/config/packages/MPI.py", line 544, in InstallMPICH</p>

<p>    output,err,ret  = config.base.Configure.executeShellCommand('cd '+mpichDir+' && ./configure '+args, timeout=2000, log = self.framework.log)</p><p>  File "/Users/justindong/Classes/CAAMResearch/petsc-3.4.4/config/BuildSystem/script.py", line 254, in executeShellCommand</p>

<p>    (output, error, status) = runInShell(command, log, cwd)</p><p>  File "/Users/justindong/Classes/CAAMResearch/petsc-3.4.4/config/BuildSystem/script.py", line 243, in runInShell</p><p>
    thread.join(timeout)</p><p>  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/threading.py", line 958, in join</p><p>    self.__block.wait(delay)</p><p>
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/threading.py", line 358, in wait</p><p>    _sleep(delay)</p><p>












































</p><p>KeyboardInterrupt</p><p><br></p><p><br></p><p>Sincerely,</p><p>Justin</p></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener
</div></div>