<div dir="ltr"><div>On Tue, Mar 18, 2014 at 8:04 PM, Mani Chandra <span dir="ltr"><<a href="mailto:mc0710@gmail.com" target="_blank">mc0710@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi,<br><br>I see a 4x increase in the memory usage when I change from DMDA_STENCIL_STAR to DMDA_STENCIL_BOX. Attached are the outputs of -log_summary which shows a huge increase in the matrix memory usage. Is this expected?<br>

<br></div></div></blockquote><div><br></div><div>Yup.  In 2D your matrices balloon from 5 entries per row to 9.  In 3D it's 7 to 27.  The number of colors required to color the matrix will increase by a significant factor as well, explaining the situation in your log files by simple multiplication.</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div></div>On a different note, suppose I am running a serial calculation with no need to exchange data but I am using corner node information, do I need to use DMDA_STENCIL_BOX? Would the jacobian when computed using colored finite differences be correctly represented if I use corner information but still use DMDA_STENCIL_STAR?<br>

<br></div></blockquote><div><br></div><div>If you're using diagonal corners in your function evaluation, then you need DMDA_STENCIL_BOX.  Otherwise you're going to have columns of the Jacobian of the same color that aren't structurally orthogonal, and the finite difference Jacobian will be straightup wrong.  </div>
<div><br></div><div>- Peter</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">
Thanks,<br>Mani<br><div><div><br><div><br></div></div></div></div>
</blockquote></div><br></div></div>