<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Mar 7, 2014 at 4:56 PM, Jed Brown <span dir="ltr"><<a href="mailto:jed@jedbrown.org" target="_blank">jed@jedbrown.org</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div class="">"Zou (Non-US), Ling" <<a href="mailto:ling.zou@inl.gov">ling.zou@inl.gov</a>> writes:<br>

<br>
> Hi Jed,<br>
><br>
> I was searching a topic on preconditioning in the mail list and found this<br>
> email.<br>
><br>
><br>
> On Wed, Oct 10, 2012 at 2:55 PM, Jed Brown <<a href="mailto:jedbrown@mcs.anl.gov">jedbrown@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
><br>
>> Then you aren't using a matrix-free method at all.<br>
><br>
><br>
> In case of using SNESDefaultComputeJacobianColor to compute Jacobian matrix<br>
> and mf_operator command, is this exactly what you are describing ('aren't<br>
> using a matrix-free method at all')?<br>
><br>
> The SNESDefaultComputeJacobianColor I found in lines 149-155 from<br>
> <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-2.3.3/src/snes/examples/tutorials/ex5.c.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-2.3.3/src/snes/examples/tutorials/ex5.c.html</a><br>
<br>
</div>1. Please upgrade PETSc.  I don't think we have any links to these<br>
antique man pages, so I assume you specifically changed the version<br>
number back rather than landing there accidentally.<br></blockquote><div>Hmm… I don't know how come I got this old version document. We are using version 3.4 I believe. I simply did google 'SNESDefaultComputeJacobianColor' and the first search result linked me here. I searched 'SNESDefaultComputeJacobianColor' in the petsc 3.4 manual, and it is not existing.</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
2. It is NOT a matrix-free method because coloring is used to assemble<br>
the matrix.  It usually doesn't make sense to assemble a matrix using<br>
coloring, but then not use it to apply the matrix (-snes_mf_operator<br>
only uses the assembled matrix for preconditioning).<br></blockquote><div>I agree…</div><div><br></div><div>Ling</div><div> </div></div><br></div></div>