<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi, <br>
      <br>
      I can provide u some nice package to generate unstructured meshes.
      There are many institutions using it now. We have also used PETSC
      to solve some nonlinera hyperbolic problem on 2d on unstructured
      meshes and it works quite ok even if the scaling still not what it
      should be but well these are other issues ...<br>
      <br>
      Cheers<br>
      <br>
      Aron<br>
      <br>
      On 02/24/2014 09:04 AM, Christophe Ortiz wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CANBrw+4tUXioY0qpAnSgWpRbYu8OMRwKtdqt7eqsXFDHDV2nqg@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">
        <div class="gmail_extra"><br>
          <div class="gmail_quote">On Sat, Feb 22, 2014 at 2:33 AM, Jed
            Brown <span dir="ltr"><<a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:jed@jedbrown.org" target="_blank">jed@jedbrown.org</a>></span>
            wrote:<br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px
0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
              <div class="">Christophe Ortiz <<a
                  moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:christophe.ortiz@ciemat.es">christophe.ortiz@ciemat.es</a>>
                writes:<br>
                <br>
                > Hi all,<br>
                ><br>
                > Recently I have implemented a 1D problem of coupled
                diffusion equations<br>
                > using PETSc. I did it using finite differences for
                diffusion terms and<br>
                > F(t,U,U_t) = 0. It works pretty well with ARKIMEX3.
                I get a nice timestep<br>
                > variation and all boundary conditions work well.<br>
                ><br>
                > Now I would like to move to 3D problems to simulate
                the diffusion and<br>
                > interaction of species in a "real material". By
                real material I mean a<br>
                > material made of subregions with internal surfaces
                where species could<br>
                > recombine (means Dirichlet). These subregions are
                distributed in a<br>
                > complicated manner, ie not cartesian. A good
                picture of this would be a<br>
                > polycrystal (see attachment to get an idea). Each
                crystal has a different<br>
                > orientation and the boundary between two small
                crystals forms an internal<br>
                > surface.<br>
                ><br>
                > I have several questions on how to implement this:<br>
                ><br>
                > 1) Since, the problem will not be solved in a
                cartesian mesh, should I use<br>
                > unstructured meshes ? If so, how can this
                unstructured mesh can be<br>
                > generated ( I have no experience with unstructured
                meshes. I always work in<br>
                > 1D).<br>
                <br>
              </div>
              Are you intending to mesh the boundaries of the crystals?
               Will you be<br>
              dynamically remeshing?  (That is very complicated and
              expensive in 3D.)<br>
            </blockquote>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px
0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">What
              formulation will you be using for grain boundary
              evolution?<br>
              <br>
            </blockquote>
            <div><br>
            </div>
            <div>No, in principle I will not consider the evolution of
              grains. Therefore, no dynamic remershing (in principle).<br>
            </div>
            <div>What I want is just the evolution of diffusing and
              reacting species inside the ensemble of grains, including
              their interaction with the grain boundaries (trapping,
              segregation, ...).</div>
            <div> </div>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px
0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">I
              think you should check out phase field models, such as the
              publication<br>
              below. </blockquote>
            <div><br>
            </div>
            <div>I never used phase-field models. According to what I
              read, it can model many phnomena but in particular it
              substitutes a boundary condition at an interface by a PDE
              for the evolution of an auxiliary field (Wikipedia). In
              this sense, maybe it could be interesting since I want to
              simulate the evolution of species inside grains with many
              internal grain boundaries.</div>
            <div>But I don't know if to treat a grain boundary as a
              infinitely sharp interface or as a thin but finite piece
              of material with different properties for species
              (diffusion coeff for instance).</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>
               </div>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px
0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"> Perhaps
              check out the paper below.  The framework (MOOSE) used<br>
              for this publication should be released open source on
              github next week<br>
              (check <a moz-do-not-send="true"
                href="https://github.com/idaholab/" target="_blank">https://github.com/idaholab/</a>).
               I don't know if Marmot, the<br>
              phase-field component, will be open source any time soon,
              but they are<br>
              typically happy to collaborate.  MOOSE uses PETSc for
              solvers, but<br>
              provides a higher level interface.<br>
              <br>
              @article{tonks2012object,<br>
                title={An object-oriented finite element framework for
              multiphysics phase field simulations},<br>
                author={Tonks, M.R. and Gaston, D. and Millett, P.C. and
              Andrs, D. and Talbot, P.},<br>
                journal={Computational Materials Science},<br>
                volume={51},<br>
                number={1},<br>
                pages={20--29},<br>
                year={2012},<br>
                publisher={Elsevier}<br>
              }<br>
              <br>
            </blockquote>
            <div><br>
            </div>
            <div>Sorry, I could not download the article. We don't have
              access. Crisis in Spain :-( !</div>
            <div> </div>
          </div>
          <br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>