<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">What I don't really understand is why
      the size of all the sub fields is zero?<br>
      As you can see all the matrix object in my fieldsplit
      preconditioner have total:nonzeros=0, allocated nonzeros=0.<br>
      <br>
      This seems strange since I issued the following command:<br>
           <tt class="descclassname"></tt><em></em>call
      DMSetDefaultSection(FSDM, FSSection, ierr)<br>
      <br>
      with a the following FSSection:<br>
      PetscSection with 4 fields<br>
        field 0 with 1 components<br>
      Process 0:<br>
        (   0) dim  0 offset   0<br>
        (   1) dim  1 offset   0<br>
        (   2) dim  0 offset   0<br>
        (   3) dim  0 offset   0<br>
        (   4) dim  1 offset   0<br>
        (   5) dim  0 offset   0<br>
        (   6) dim  0 offset   0<br>
        (   7) dim  0 offset   0<br>
        (   8) dim  0 offset   0<br>
        (   9) dim  0 offset   0<br>
        (  10) dim  0 offset   0<br>
        (  11) dim  0 offset   0<br>
        (  12) dim  0 offset   0<br>
        (  13) dim  0 offset   0<br>
        (  14) dim  0 offset   0<br>
        (  15) dim  0 offset   0<br>
        field 1 with 1 components<br>
      Process 0:<br>
        (   0) dim  1 offset   0<br>
        (   1) dim  0 offset   1<br>
        (   2) dim  1 offset   0<br>
        (   3) dim  1 offset   0<br>
        (   4) dim  0 offset   1<br>
        (   5) dim  1 offset   0<br>
        (   6) dim  0 offset   0<br>
        (   7) dim  0 offset   0<br>
        (   8) dim  0 offset   0<br>
        (   9) dim  0 offset   0<br>
        (  10) dim  0 offset   0<br>
        (  11) dim  0 offset   0<br>
        (  12) dim  0 offset   0<br>
        (  13) dim  0 offset   0<br>
        (  14) dim  0 offset   0<br>
        (  15) dim  0 offset   0<br>
        field 2 with 1 components<br>
      Process 0:<br>
        (   0) dim  0 offset   1<br>
        (   1) dim  0 offset   1<br>
        (   2) dim  0 offset   1<br>
        (   3) dim  0 offset   1<br>
        (   4) dim  0 offset   1<br>
        (   5) dim  0 offset   1<br>
        (   6) dim  1 offset   0<br>
        (   7) dim  1 offset   0<br>
        (   8) dim  1 offset   0<br>
        (   9) dim  1 offset   0<br>
        (  10) dim  1 offset   0<br>
        (  11) dim  1 offset   0<br>
        (  12) dim  0 offset   0<br>
        (  13) dim  0 offset   0<br>
        (  14) dim  0 offset   0<br>
        (  15) dim  0 offset   0<br>
        field 3 with 1 components<br>
      Process 0:<br>
        (   0) dim  0 offset   1<br>
        (   1) dim  0 offset   1<br>
        (   2) dim  0 offset   1<br>
        (   3) dim  0 offset   1<br>
        (   4) dim  0 offset   1<br>
        (   5) dim  0 offset   1<br>
        (   6) dim  0 offset   1<br>
        (   7) dim  0 offset   1<br>
        (   8) dim  0 offset   1<br>
        (   9) dim  0 offset   1<br>
        (  10) dim  0 offset   1<br>
        (  11) dim  0 offset   1<br>
        (  12) dim  1 offset   0<br>
        (  13) dim  1 offset   0<br>
        (  14) dim  1 offset   0<br>
        (  15) dim  1 offset   0<br>
      <br>
      I thought that by using DMSetDefaultSection() I would be done
      setting the fields and that the fieldsplit would detect that
      section and use it to construct the splits.<br>
      <br>
      Should I use another command to tell the PC to use the DM section?<br>
      <pre class="moz-signature" cols="72">Best,
Luc</pre>
      On 01/28/2014 10:25 AM, Matthew Knepley wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAMYG4GkGWKruYFVC82mLB-a=2k28WghvR7LT6ojC3c-ijBoqVw@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">
        <div class="gmail_extra">
          <div class="gmail_quote">On Mon, Jan 27, 2014 at 1:35 PM, Luc
            Berger-Vergiat <span dir="ltr"><<a
                moz-do-not-send="true" href="mailto:lb2653@columbia.edu"
                target="_blank">lb2653@columbia.edu</a>></span>
            wrote:<br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
              .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
                <div>Thanks Matt,<br>
                  this indeed setting the number of fields earlier solve
                  my issue!<br>
                  <br>
                  I have now made some progress getting my DM setup but
                  I am having troubles setting my splitfield options.<br>
                  I ran my problem with the -ksp_view option to see what
                  is going on and I guess that somehow the section that
                  I define in my DM is not used by the preconditioner to
                  split the fields.<br>
                  Here is the output of PETSc<br>
                  <br>
                  <font face="Helvetica, Arial, sans-serif">KSP Object:
                    1 MPI processes<br>
                      type: gmres<br>
                        GMRES: restart=30, using Classical (unmodified)
                    Gram-Schmidt Orthogonalization with no iterative
                    refinement<br>
                        GMRES: happy breakdown tolerance 1e-30<br>
                      maximum iterations=10000, initial guess is zero<br>
                      tolerances:  relative=1e-08, absolute=1e-16,
                    divergence=1e+16<br>
                      left preconditioning<br>
                      using PRECONDITIONED norm type for convergence
                    test<br>
                    PC Object: 1 MPI processes<br>
                      type: fieldsplit<br>
                        FieldSplit with MULTIPLICATIVE composition:
                    total splits = 4<br>
                        Solver info for each split is in the following
                    KSP objects:<br>
                        Split number 0 Defined by IS<br>
                  </font></div>
              </div>
            </blockquote>
            <div><br>
            </div>
            <div>There are 4 splits here and they are defined by an IS.
              Why do you think that is not what you asked for?</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>  Thanks,</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>    Matt</div>
            <div> </div>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
              .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
                <div><font face="Helvetica, Arial, sans-serif">     KSP
                    Object:    (fieldsplit_Field_0_)     1 MPI processes<br>
                          type: preonly<br>
                          maximum iterations=10000, initial guess is
                    zero<br>
                          tolerances:  relative=1e-05, absolute=1e-50,
                    divergence=10000<br>
                          left preconditioning<br>
                          using NONE norm type for convergence test<br>
                        PC Object:    (fieldsplit_Field_0_)     1 MPI
                    processes<br>
                          type: ilu<br>
                            ILU: out-of-place factorization<br>
                            0 levels of fill<br>
                            tolerance for zero pivot 2.22045e-14<br>
                            using diagonal shift on blocks to prevent
                    zero pivot<br>
                            matrix ordering: natural<br>
                            factor fill ratio given 1, needed 1<br>
                              Factored matrix follows:<br>
                                Matrix Object:             1 MPI
                    processes<br>
                                  type: seqaij<br>
                                  rows=0, cols=0<br>
                                  package used to perform factorization:
                    petsc<br>
                                  total: nonzeros=0, allocated
                    nonzeros=0<br>
                                  total number of mallocs used during
                    MatSetValues calls =0<br>
                                    not using I-node routines<br>
                          linear system matrix = precond matrix:<br>
                          Matrix Object:       1 MPI processes<br>
                            type: seqaij<br>
                            rows=0, cols=0<br>
                            total: nonzeros=0, allocated nonzeros=0<br>
                            total number of mallocs used during
                    MatSetValues calls =0<br>
                              not using I-node routines<br>
                        Split number 1 Defined by IS<br>
                        KSP Object:    (fieldsplit_Field_1_)     1 MPI
                    processes<br>
                          type: preonly<br>
                          maximum iterations=10000, initial guess is
                    zero<br>
                          tolerances:  relative=1e-05, absolute=1e-50,
                    divergence=10000<br>
                          left preconditioning<br>
                          using NONE norm type for convergence test<br>
                        PC Object:    (fieldsplit_Field_1_)     1 MPI
                    processes<br>
                          type: ilu<br>
                            ILU: out-of-place factorization<br>
                            0 levels of fill<br>
                            tolerance for zero pivot 2.22045e-14<br>
                            using diagonal shift on blocks to prevent
                    zero pivot<br>
                            matrix ordering: natural<br>
                            factor fill ratio given 1, needed 1<br>
                              Factored matrix follows:<br>
                                Matrix Object:             1 MPI
                    processes<br>
                                  type: seqaij<br>
                                  rows=0, cols=0<br>
                                  package used to perform factorization:
                    petsc<br>
                                  total: nonzeros=0, allocated
                    nonzeros=0<br>
                                  total number of mallocs used during
                    MatSetValues calls =0<br>
                                    not using I-node routines<br>
                          linear system matrix = precond matrix:<br>
                          Matrix Object:       1 MPI processes<br>
                            type: seqaij<br>
                            rows=0, cols=0<br>
                            total: nonzeros=0, allocated nonzeros=0<br>
                            total number of mallocs used during
                    MatSetValues calls =0<br>
                              not using I-node routines<br>
                        Split number 2 Defined by IS<br>
                        KSP Object:    (fieldsplit_Field_2_)     1 MPI
                    processes<br>
                          type: preonly<br>
                          maximum iterations=10000, initial guess is
                    zero<br>
                          tolerances:  relative=1e-05, absolute=1e-50,
                    divergence=10000<br>
                          left preconditioning<br>
                          using NONE norm type for convergence test<br>
                        PC Object:    (fieldsplit_Field_2_)     1 MPI
                    processes<br>
                          type: ilu<br>
                            ILU: out-of-place factorization<br>
                            0 levels of fill<br>
                            tolerance for zero pivot 2.22045e-14<br>
                            using diagonal shift on blocks to prevent
                    zero pivot<br>
                            matrix ordering: natural<br>
                            factor fill ratio given 1, needed 1<br>
                              Factored matrix follows:<br>
                                Matrix Object:             1 MPI
                    processes<br>
                                  type: seqaij<br>
                                  rows=0, cols=0<br>
                                  package used to perform factorization:
                    petsc<br>
                                  total: nonzeros=0, allocated
                    nonzeros=0<br>
                                  total number of mallocs used during
                    MatSetValues calls =0<br>
                                    not using I-node routines<br>
                          linear system matrix = precond matrix:<br>
                          Matrix Object:       1 MPI processes<br>
                            type: seqaij<br>
                            rows=0, cols=0<br>
                            total: nonzeros=0, allocated nonzeros=0<br>
                            total number of mallocs used during
                    MatSetValues calls =0<br>
                              not using I-node routines<br>
                        Split number 3 Defined by IS<br>
                        KSP Object:    (fieldsplit_Field_3_)     1 MPI
                    processes<br>
                          type: preonly<br>
                          maximum iterations=10000, initial guess is
                    zero<br>
                          tolerances:  relative=1e-05, absolute=1e-50,
                    divergence=10000<br>
                          left preconditioning<br>
                          using NONE norm type for convergence test<br>
                        PC Object:    (fieldsplit_Field_3_)     1 MPI
                    processes<br>
                          type: ilu<br>
                            ILU: out-of-place factorization<br>
                            0 levels of fill<br>
                            tolerance for zero pivot 2.22045e-14<br>
                            using diagonal shift on blocks to prevent
                    zero pivot<br>
                            matrix ordering: natural<br>
                            factor fill ratio given 1, needed 1<br>
                              Factored matrix follows:<br>
                                Matrix Object:             1 MPI
                    processes<br>
                                  type: seqaij<br>
                                  rows=0, cols=0<br>
                                  package used to perform factorization:
                    petsc<br>
                                  total: nonzeros=0, allocated
                    nonzeros=0<br>
                                  total number of mallocs used during
                    MatSetValues calls =0<br>
                                    not using I-node routines<br>
                          linear system matrix = precond matrix:<br>
                          Matrix Object:       1 MPI processes<br>
                            type: seqaij<br>
                            rows=0, cols=0<br>
                            total: nonzeros=0, allocated nonzeros=0<br>
                            total number of mallocs used during
                    MatSetValues calls =0<br>
                              not using I-node routines<br>
                      linear system matrix = precond matrix:<br>
                      Matrix Object:   1 MPI processes<br>
                        type: seqaij<br>
                        rows=16, cols=16<br>
                        total: nonzeros=256, allocated nonzeros=256<br>
                        total number of mallocs used during MatSetValues
                    calls =0<br>
                          using I-node routines: found 4 nodes, limit
                    used is 5</font><br>
                        <br>
                  I am also attaching part of my code which I use to
                  generate the DM, the KSP and the PC objects.<br>
                  <pre cols="72">Best,
Luc</pre>
                  On 01/25/2014 10:31 AM, Matthew Knepley wrote:<br>
                </div>
                <blockquote type="cite">
                  <div dir="ltr">
                    <div class="gmail_extra">
                      <div class="gmail_quote">On Fri, Jan 24, 2014 at
                        5:10 PM, Luc Berger-Vergiat <span dir="ltr"><<a
                            moz-do-not-send="true"
                            href="mailto:lb2653@columbia.edu"
                            target="_blank">lb2653@columbia.edu</a>></span>
                        wrote:<br>
                        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0
                          0 0 .8ex;border-left:1px #ccc
                          solid;padding-left:1ex">Hi all,<br>
                          I want to use PETSc as a solver for an FEM
                          problem: modelization of shear bands using a 4
                          fields mixed formulation.<br>
                          <br>
                          So far I am just trying to set up a two fields
                          in a Petsc section, assign dof too each field
                          and then set up the section to pass it to a
                          DM. I am taking this approach because in
                          general I want for fieldsplit to work purely
                          on the algebraic level without knowledge of
                          boundary conditions or geometry.<br>
                          <br>
                          As of now I have issues when I try to assign a
                          point and its associated degree of freedom to
                          a field using: PetscSectionSetFieldDof.<br>
                          Is this the correct way to associate a
                          dof/point to a field?<br>
                        </blockquote>
                        <div><br>
                        </div>
                        <div>You have to set the number of fields before
                          the chart. I am updating the docs.</div>
                        <div><br>
                        </div>
                        <div> Thanks,</div>
                        <div> <br>
                        </div>
                        <div>    Matt</div>
                        <div> </div>
                        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0
                          0 0 .8ex;border-left:1px #ccc
                          solid;padding-left:1ex"> I attached an example
                          code and its makefile.<span class="HOEnZb"><font
                              color="#888888"><span><font
                                  color="#888888"><br>
                                  <br>
                                  -- <br>
                                  Best,<br>
                                  Luc<br>
                                  <br>
                                </font></span></font></span></blockquote>
                        <span class="HOEnZb"><font color="#888888"> </font></span></div>
                      <span class="HOEnZb"><font color="#888888"> <br>
                          <br clear="all">
                          <div><br>
                          </div>
                          -- <br>
                          What most experimenters take for granted
                          before they begin their experiments is
                          infinitely more interesting than any results
                          to which their experiments lead.<br>
                          -- Norbert Wiener </font></span></div>
                  </div>
                </blockquote>
                <br>
              </div>
            </blockquote>
          </div>
          <br>
          <br clear="all">
          <div><br>
          </div>
          -- <br>
          What most experimenters take for granted before they begin
          their experiments is infinitely more interesting than any
          results to which their experiments lead.<br>
          -- Norbert Wiener
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>