<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Thanks Matt,<br>
      this indeed setting the number of fields earlier solve my issue!<br>
      <br>
      I have now made some progress getting my DM setup but I am having
      troubles setting my splitfield options.<br>
      I ran my problem with the -ksp_view option to see what is going on
      and I guess that somehow the section that I define in my DM is not
      used by the preconditioner to split the fields.<br>
      Here is the output of PETSc<br>
      <br>
      <font face="Helvetica, Arial, sans-serif">KSP Object: 1 MPI
        processes<br>
          type: gmres<br>
            GMRES: restart=30, using Classical (unmodified) Gram-Schmidt
        Orthogonalization with no iterative refinement<br>
            GMRES: happy breakdown tolerance 1e-30<br>
          maximum iterations=10000, initial guess is zero<br>
          tolerances:  relative=1e-08, absolute=1e-16, divergence=1e+16<br>
          left preconditioning<br>
          using PRECONDITIONED norm type for convergence test<br>
        PC Object: 1 MPI processes<br>
          type: fieldsplit<br>
            FieldSplit with MULTIPLICATIVE composition: total splits = 4<br>
            Solver info for each split is in the following KSP objects:<br>
            Split number 0 Defined by IS<br>
            KSP Object:    (fieldsplit_Field_0_)     1 MPI processes<br>
              type: preonly<br>
              maximum iterations=10000, initial guess is zero<br>
              tolerances:  relative=1e-05, absolute=1e-50,
        divergence=10000<br>
              left preconditioning<br>
              using NONE norm type for convergence test<br>
            PC Object:    (fieldsplit_Field_0_)     1 MPI processes<br>
              type: ilu<br>
                ILU: out-of-place factorization<br>
                0 levels of fill<br>
                tolerance for zero pivot 2.22045e-14<br>
                using diagonal shift on blocks to prevent zero pivot<br>
                matrix ordering: natural<br>
                factor fill ratio given 1, needed 1<br>
                  Factored matrix follows:<br>
                    Matrix Object:             1 MPI processes<br>
                      type: seqaij<br>
                      rows=0, cols=0<br>
                      package used to perform factorization: petsc<br>
                      total: nonzeros=0, allocated nonzeros=0<br>
                      total number of mallocs used during MatSetValues
        calls =0<br>
                        not using I-node routines<br>
              linear system matrix = precond matrix:<br>
              Matrix Object:       1 MPI processes<br>
                type: seqaij<br>
                rows=0, cols=0<br>
                total: nonzeros=0, allocated nonzeros=0<br>
                total number of mallocs used during MatSetValues calls
        =0<br>
                  not using I-node routines<br>
            Split number 1 Defined by IS<br>
            KSP Object:    (fieldsplit_Field_1_)     1 MPI processes<br>
              type: preonly<br>
              maximum iterations=10000, initial guess is zero<br>
              tolerances:  relative=1e-05, absolute=1e-50,
        divergence=10000<br>
              left preconditioning<br>
              using NONE norm type for convergence test<br>
            PC Object:    (fieldsplit_Field_1_)     1 MPI processes<br>
              type: ilu<br>
                ILU: out-of-place factorization<br>
                0 levels of fill<br>
                tolerance for zero pivot 2.22045e-14<br>
                using diagonal shift on blocks to prevent zero pivot<br>
                matrix ordering: natural<br>
                factor fill ratio given 1, needed 1<br>
                  Factored matrix follows:<br>
                    Matrix Object:             1 MPI processes<br>
                      type: seqaij<br>
                      rows=0, cols=0<br>
                      package used to perform factorization: petsc<br>
                      total: nonzeros=0, allocated nonzeros=0<br>
                      total number of mallocs used during MatSetValues
        calls =0<br>
                        not using I-node routines<br>
              linear system matrix = precond matrix:<br>
              Matrix Object:       1 MPI processes<br>
                type: seqaij<br>
                rows=0, cols=0<br>
                total: nonzeros=0, allocated nonzeros=0<br>
                total number of mallocs used during MatSetValues calls
        =0<br>
                  not using I-node routines<br>
            Split number 2 Defined by IS<br>
            KSP Object:    (fieldsplit_Field_2_)     1 MPI processes<br>
              type: preonly<br>
              maximum iterations=10000, initial guess is zero<br>
              tolerances:  relative=1e-05, absolute=1e-50,
        divergence=10000<br>
              left preconditioning<br>
              using NONE norm type for convergence test<br>
            PC Object:    (fieldsplit_Field_2_)     1 MPI processes<br>
              type: ilu<br>
                ILU: out-of-place factorization<br>
                0 levels of fill<br>
                tolerance for zero pivot 2.22045e-14<br>
                using diagonal shift on blocks to prevent zero pivot<br>
                matrix ordering: natural<br>
                factor fill ratio given 1, needed 1<br>
                  Factored matrix follows:<br>
                    Matrix Object:             1 MPI processes<br>
                      type: seqaij<br>
                      rows=0, cols=0<br>
                      package used to perform factorization: petsc<br>
                      total: nonzeros=0, allocated nonzeros=0<br>
                      total number of mallocs used during MatSetValues
        calls =0<br>
                        not using I-node routines<br>
              linear system matrix = precond matrix:<br>
              Matrix Object:       1 MPI processes<br>
                type: seqaij<br>
                rows=0, cols=0<br>
                total: nonzeros=0, allocated nonzeros=0<br>
                total number of mallocs used during MatSetValues calls
        =0<br>
                  not using I-node routines<br>
            Split number 3 Defined by IS<br>
            KSP Object:    (fieldsplit_Field_3_)     1 MPI processes<br>
              type: preonly<br>
              maximum iterations=10000, initial guess is zero<br>
              tolerances:  relative=1e-05, absolute=1e-50,
        divergence=10000<br>
              left preconditioning<br>
              using NONE norm type for convergence test<br>
            PC Object:    (fieldsplit_Field_3_)     1 MPI processes<br>
              type: ilu<br>
                ILU: out-of-place factorization<br>
                0 levels of fill<br>
                tolerance for zero pivot 2.22045e-14<br>
                using diagonal shift on blocks to prevent zero pivot<br>
                matrix ordering: natural<br>
                factor fill ratio given 1, needed 1<br>
                  Factored matrix follows:<br>
                    Matrix Object:             1 MPI processes<br>
                      type: seqaij<br>
                      rows=0, cols=0<br>
                      package used to perform factorization: petsc<br>
                      total: nonzeros=0, allocated nonzeros=0<br>
                      total number of mallocs used during MatSetValues
        calls =0<br>
                        not using I-node routines<br>
              linear system matrix = precond matrix:<br>
              Matrix Object:       1 MPI processes<br>
                type: seqaij<br>
                rows=0, cols=0<br>
                total: nonzeros=0, allocated nonzeros=0<br>
                total number of mallocs used during MatSetValues calls
        =0<br>
                  not using I-node routines<br>
          linear system matrix = precond matrix:<br>
          Matrix Object:   1 MPI processes<br>
            type: seqaij<br>
            rows=16, cols=16<br>
            total: nonzeros=256, allocated nonzeros=256<br>
            total number of mallocs used during MatSetValues calls =0<br>
              using I-node routines: found 4 nodes, limit used is 5</font><br>
            <br>
      I am also attaching part of my code which I use to generate the
      DM, the KSP and the PC objects.<br>
      <pre class="moz-signature" cols="72">Best,
Luc</pre>
      On 01/25/2014 10:31 AM, Matthew Knepley wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAMYG4GmDBs9TcCmrVdkT9xnDr2X2KgGSFFv21WcsC8tJF=pn-w@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">
        <div class="gmail_extra">
          <div class="gmail_quote">On Fri, Jan 24, 2014 at 5:10 PM, Luc
            Berger-Vergiat <span dir="ltr"><<a
                moz-do-not-send="true" href="mailto:lb2653@columbia.edu"
                target="_blank">lb2653@columbia.edu</a>></span>
            wrote:<br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
              .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi all,<br>
              I want to use PETSc as a solver for an FEM problem:
              modelization of shear bands using a 4 fields mixed
              formulation.<br>
              <br>
              So far I am just trying to set up a two fields in a Petsc
              section, assign dof too each field and then set up the
              section to pass it to a DM. I am taking this approach
              because in general I want for fieldsplit to work purely on
              the algebraic level without knowledge of boundary
              conditions or geometry.<br>
              <br>
              As of now I have issues when I try to assign a point and
              its associated degree of freedom to a field using:
              PetscSectionSetFieldDof.<br>
              Is this the correct way to associate a dof/point to a
              field?<br>
            </blockquote>
            <div><br>
            </div>
            <div>You have to set the number of fields before the chart.
              I am updating the docs.</div>
            <div><br>
            </div>
            <div> Thanks,</div>
            <div>
              <br>
            </div>
            <div>    Matt</div>
            <div> </div>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
              .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              I attached an example code and its makefile.<span
                class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
                  <br>
                  -- <br>
                  Best,<br>
                  Luc<br>
                  <br>
                </font></span></blockquote>
          </div>
          <br>
          <br clear="all">
          <div><br>
          </div>
          -- <br>
          What most experimenters take for granted before they begin
          their experiments is infinitely more interesting than any
          results to which their experiments lead.<br>
          -- Norbert Wiener
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>