<div dir="ltr">thank you! <br>i used master from petsc-dev on mac and have TSRK working now. <br><br>i am using an explicit scheme since its a set of coupled nonlinear equations:<div><br><div>dö_n/d t  = a_n ö_n-2ö_n-1 - b_n ö_n-1ö_n+1 + c_n ö_n+1ö_n+2</div>

<div> </div><div>where n can go up to 24 or so.. I didnt think it is possible to solve it implicitly. and TSRK works for it now.<br><br></div><div>But i need petsc on linux too, and testing to verify installation (same options on configure as mac expect arch) gave an error:<br>
<br></div><div><br></div><div>/home/katy/petsc/linux-gnu-cxx-debug/bin/mpicxx -o ex19.o -c -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -Wno-unknown-pragmas -g -O0  -fPIC    -I/home/katy/petsc/include -I/home/katy/petsc/linux-gnu-cxx-debug/include    `pwd`/ex19.c<br>
/home/katy/petsc/linux-gnu-cxx-debug/bin/mpicxx -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -Wno-unknown-pragmas -g -O0  -o ex19  ex19.o -Wl,-rpath,/home/katy/petsc/linux-gnu-cxx-debug/lib -L/home/katy/petsc/linux-gnu-cxx-debug/lib  -lpetsc -Wl,-rpath,/home/katy/petsc/linux-gnu-cxx-debug/lib -lf2clapack -lf2cblas -lm -lpthread -lm -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.6 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.6 -Wl,-rpath,/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-rpath,/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/x86_64-linux-gnu -lmpichcxx -lstdc++ -ldl -lmpich -lopa -lmpl -lrt -lpthread -lgcc_s -ldl <br>
/home/katy/petsc/linux-gnu-cxx-debug/lib/libpetsc.so: undefined reference to `SNESDefaultMatrixFreeCreate2(_p_SNES*, _p_Vec*, _p_Mat**)'<br>/home/katy/petsc/linux-gnu-cxx-debug/lib/libpetsc.so: undefined reference to `KSPCreate_DGMRES'<br>
/home/katy/petsc/linux-gnu-cxx-debug/lib/libpetsc.so: undefined reference to `PCCreate_TFS'</div><div><br></div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Dec 3, 2013 at 6:13 PM, Jed Brown <span dir="ltr"><<a href="mailto:jedbrown@mcs.anl.gov" target="_blank">jedbrown@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">Katy Ghantous <<a href="mailto:katyghantous@gmail.com">katyghantous@gmail.com</a>> writes:<br>
<br>
> Hi,<br>
> I have just started with Petsc and have very elementary equations.<br>
> I am trying to solve a set of stiff ODEs explicitly.<br>
<br>
</div>If your ODEs are stiff, why are you trying to use an explicit method?<br>
(A common definition of "stiff" is that explicit methods do not work<br>
well.)<br>
<div class="im"><br>
> They are very stiff and was hoping to use TSRK with variable time<br>
> steps, but it is throwing a segmentation fault<br>
<br>
</div>Always show the full error message.  Please also use 'master' from<br>
petsc-dev, because TSRK was overhauled recently to be consistent with<br>
the other integrators (and adding a bunch of new functionality).<br>
<br>
  <a href="https://bitbucket.org/petsc/petsc/wiki/" target="_blank">https://bitbucket.org/petsc/petsc/wiki/</a><br>
<div class="im"><br>
> otherwise non existent with Euler or TSSSP.  1. should i look into the<br>
> TSRK error or is it something with the new version of Petsc?  2. i<br>
> read somewhere (but cant find the source again) that TSSSP is not<br>
> recommended for stiff equations (even with the rk solvers set as the<br>
> type).<br>
<br>
</div>Yes, TSSSP is for non-stiff problems that require "strong stability"<br>
(like controlling total variation or positivity in transport-dominated<br>
applications).<br>
<div class="im"><br>
> Is that correct? if so, what would be most optimized to solve stiff<br>
> odes explicitly.<br>
<br>
</div>Stiff ODEs should be solved *implicitly*.<br>
<div class="im"><br>
> 3. If it is not correct and TSSSP is useful for stiff equations, how<br>
> can i run it with variable time steps, since with TSStep it is taking<br>
> equal time steps which is the time step that i am specifying as an<br>
> initial time step TSSetInitialTimeStep.<br>
<br>
</div>TSSSP does not have an adaptive controller.  A user can set a post-check<br>
function that adapts the time step based on a custom stability function<br>
(e.g., CFL criteria).<br>
<br>
TSROSW and TSARKIMEX are IMEX methods that can handle stiff problems.<br>
They have adaptive error estimators and the like.<br>
</blockquote></div><br></div>