<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 5, 2013 at 11:07 AM, Gaetan Kenway <span dir="ltr"><<a href="mailto:gaetank@gmail.com" target="_blank">gaetank@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Peter<div><br></div><div>Thanks for the info. I actually already have a coloring that is done through the discretrization that is near optimal. The issue is that I have a funny interprocessor dependence that is tricky to do my own sequential coloring. So I was looking at doing it in a global, parallel sense. For interest, I tried using the matGetColor() on my assembled matrix just to see how many colors it would take. My discretrization coloring has 35 colors (for a stencil with 33 cells) and the matGetColor() resulted in approximately 78 colors or about twice as many.�</div>
</div></blockquote><div><br></div><div>Jacobian coloring requires a column, or distance-2 coloring of the matrix. �The distance-2 colorings we get from the serial algorithms aren't that bad, so I suspect that you might be doing a 1-coloring from your mesh; I assume that you mean that your residual/Jacobian stencil has 33 entries rather than some distance-2 thing? �How did the problems with your coloring manifest themselves?</div>
<div><br></div><div>- Peter</div><div>�</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">
<div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Gaetan</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 5, 2013 at 11:39 AM, Peter Brune <span dir="ltr"><<a href="mailto:brune@mcs.anl.gov" target="_blank">brune@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote"><div>On Tue, Nov 5, 2013 at 10:29 AM, Gaetan Kenway <span dir="ltr"><<a href="mailto:gaetank@gmail.com" target="_blank">gaetank@gmail.com</a>></span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi�<div><br></div><div>I have a quick question regarding the MatGetColoring() function. According to the documentation,�</div>


<div><br></div><div>�"For parallel matrices currently converts to sequential matrix and uses the sequential coloring on that."</div>

<div><br></div></div></blockquote><div><br></div></div><div>The meaning of this is that it transfers the parallel matrix to a single processor and does the coloring there, not that it only considers on-processor entries. �What comes out is therefore a valid column coloring of the whole matrix. �Parallel matrix coloring is in development but is not quite ready for public consumption. �Anecdotal evidence suggests that the serial coloring does not become a bottleneck on small parallel runs.</div>


<div><br></div><div>A good option is to provide the coloring through your discretization. �This will often be more efficient than the matrix colorings, as you know the structure of your problem.</div><span><font color="#888888"><div>

<br></div><div>- Peter</div></font></span><div>
<div>�</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div></div><div>I am wondering does this give actually give a valid parallel coloring? My application is a cell centered multi-block finite volume code, (with block-based decomposition) �and the communications are done using a two level exchange of halo cells. I would like to use FD (actually forward mode AD to compute the jacbian matrix). So, what I'm wondering is, if a cell with color 0 is perturbed on processor 0, is it guaranteed that a residual on processor 1, that is influenced by the 0-colored cell on proc zero is *only* influenced by the color 0 from proc 0 and not a 0-colored cell on proc 1?</div>



<div><br></div><div>I hope that is clear</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div><br></div><div>Gaetan Kenway</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div>
</blockquote></div></div><br></div></div>
</blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>