<div dir="ltr">On Wed, Oct 16, 2013 at 10:10 AM, Markus Berndt <span dir="ltr"><<a href="mailto:berndt@lanl.gov" target="_blank">berndt@lanl.gov</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I am setting MAT_NEW_NONZERO_ALLOCATION_ERR to PETSC_FALSE, the PETSc version is 3.3-p6.<br>
<br>
Thanks for clarifying this. Just to make sure I understand correctly, by providing the correct values in d_nnz and o_nnz I should always be able to avoid any mallocs in matrix assembly?<br></blockquote><div><br></div><div>
Yes.</div><div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I will dig in with a debugger as you suggest<br>
<br>
Thanks<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
- Markus</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
On 10/16/2013 08:57 AM, Jed Brown wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Markus Berndt <<a href="mailto:berndt@lanl.gov" target="_blank">berndt@lanl.gov</a>> writes:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I am trying to minimize the memory footprint of an application by<br>
specifying exactly how many nonzeros are needed per row of the matrix. I<br>
am pretty sure that I am correctly calculating these memory requirements<br>
for the diagonal and off diagonal parts of the parallel matrix (I am<br>
using MatCreateAIJ).<br>
</blockquote>
Either you have called another function later that clears the<br>
preallocation information or the information you provided is incorrect.<br>
<br>
What version of PETSc are you using?  We currently set<br>
MAT_NEW_NONZERO_ALLOCATION_ERR by default so you should get an error<br>
when a new nonzero triggers allocation.  You can catch that in a<br>
debugger and figure out why there are more nonzeros than you allocated<br>
for.<br>
</blockquote>
<br></div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">
-- <br>
Markus Berndt - CCS-2 - LANL - <a href="tel:505-665-4711" value="+15056654711" target="_blank">505-665-4711</a><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener
</div></div>