<div dir="ltr"><div><div>Dear all,<br></div><div>I'm trying to solve a stokes flow with constant viscosity but with non-zero divergence prescribed in the rhs.<br><br></div><div>I have a matrix created from DMDA (mDa) of 4 dofs: vx, vy, vz and p respectively.<br>
I have another DMDA (mDaP) of same size but of 1 dof corresponding to only p.<br>I have assigned the null space for constant pressure inside the code. I have assigned two nullspace basis:  One corresponding to vector created from mDa that is assigned to outer ksp. Second corresponding to vector created from mDaP that is assigned to a ksp obtained from the fieldsplit corresponding to the schur complement. <br>
<br>Now when running the code, the solver converges for up to certain size, e.g. 92X110 X 92 (the results for this convegent case with -ksp_view is given at the end of the emal.<br></div><div>But when I double the size of the grid in each dimension, it gives me a run-time error.<br>
<div><br>The options  I've used are of the kind:  <br>-pc_type fieldsplit 
-pc_fieldsplit_type schur -pc_fieldsplit_dm_splits 0 
-pc_fieldsplit_0_fields 0,1,2 -pc_fieldsplit_1_fields 3 
-fieldsplit_0_pc_type hypre -fieldsplit_0_ksp_converged_reason 
-fieldsplit_1_ksp_converged_reason -ksp_converged_reason -ksp_view<br></div><div><br></div>Here are: <br></div><div>1. Error message when using hypre for fieldsplit_0<br></div><div>2. Error message when using gamg for fieldsplit_0<br>
</div><div>3. -ksp_view of the working case using hypre for filedsplit_0<br></div><br><div>I get following error when I use hypre :<br>1. ******************************************************************************************************<br>
[5]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------------<br>[5]PETSC ERROR: Signal received!<br>[5]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[5]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.4.3, Oct, 15, 2013 <br>
[5]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.<br>[5]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.<br>[5]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.<br>[5]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>
[5]PETSC ERROR: /epi/asclepios2/bkhanal/works/AdLemModel/build/src/AdLemMain on a arch-linux2-cxx-debug named nef001 by bkhanal Wed Oct 16 15:08:42 2013<br>[5]PETSC ERROR: Libraries linked from /epi/asclepios2/bkhanal/petscDebug/lib<br>
[5]PETSC ERROR: Configure run at Wed Oct 16 14:18:48 2013<br>[5]PETSC ERROR: Configure options --with-mpi-dir=/opt/openmpi-gcc/current/ --with-shared-libraries --prefix=/epi/asclepios2/bkhanal/petscDebug -download-f-blas-lapack=1 --download-metis --download-parmetis --download-superlu_dist --download-scalapack --download-mumps --download-hypre --with-clanguage=cxx<br>
[5]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[5]PETSC ERROR: User provided function() line 0 in unknown directory unknown file<br>[6]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>
[6]PETSC ERROR: Caught signal number 15 Terminate: Somet process (or the batch system) has told this process to end<br>[6]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>[6]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind[6]PETSC">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind[6]PETSC</a> ERROR: or try <a href="http://valgrind.org">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors<br>
[6]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below<br>[6]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames ------------------------------------<br>[6]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,<br>
[6]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function<br>[6]PETSC ERROR:       is given.<br>[6]PETSC ERROR: [6] HYPRE_SetupXXX line 130 /tmp/petsc-3.4.3/src/ksp/pc/impls/hypre/hypre.c<br>[6]PETSC ERROR: [6] PCSetUp_HYPRE line 94 /tmp/petsc-3.4.3/src/ksp/pc/impls/hypre/hypre.c<br>
[6]PETSC ERROR: [6] PCSetUp line 868 /tmp/petsc-3.4.3/src/ksp/pc/interface/precon.c<br>[6]PETSC ERROR: [6] KSPSetUp line 192 /tmp/petsc-3.4.3/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>[6]PETSC ERROR: [6] KSPSolve line 356 /tmp/petsc-3.4.3/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>
[6]PETSC ERROR: [6] MatMult_SchurComplement line 75 /tmp/petsc-3.4.3/src/ksp/ksp/utils/schurm.c<br>[6]PETSC ERROR: [6] MatNullSpaceTest line 408 /tmp/petsc-3.4.3/src/mat/interface/matnull.c<br>[6]PETSC ERROR: [6] solveModel line 113 "unknowndirectory/"/epi/asclepios2/bkhanal/works/AdLemModel/src/PetscAdLemTaras3D.cxx<br>
</div><div><br><br>2. ****************************************************************************************************<br></div><div>Using gamg instead has errors like following:<br><br>[5]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames ------------------------------------<br>
[5]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,<br>[5]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function<br>[5]PETSC ERROR:       is given.<br>[5]PETSC ERROR: [5] PetscLLCondensedAddSorted line 1202 /tmp/petsc-3.4.3/include/petsc-private/matimpl.h<br>
[5]PETSC ERROR: [5] MatPtAPSymbolic_MPIAIJ_MPIAIJ line 124 /tmp/petsc-3.4.3/src/mat/impls/aij/mpi/mpiptap.c<br>[5]PETSC ERROR: [5] MatPtAP_MPIAIJ_MPIAIJ line 80 /tmp/petsc-3.4.3/src/mat/impls/aij/mpi/mpiptap.c<br>[5]PETSC ERROR: [5] MatPtAP line 8223 /tmp/petsc-3.4.3/src/mat/interface/matrix.c<br>
[5]PETSC ERROR: [5] createLevel line 144 /tmp/petsc-3.4.3/src/ksp/pc/impls/gamg/gamg.c<br>[5]PETSC ERROR: [5] PCSetUp_GAMG line 545 /tmp/petsc-3.4.3/src/ksp/pc/impls/gamg/gamg.c<br>[5]PETSC ERROR: [5] PCSetUp line 868 /tmp/petsc-3.4.3/src/ksp/pc/interface/precon.c<br>
[5]PETSC ERROR: [5] KSPSetUp line 192 /tmp/petsc-3.4.3/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>[5]PETSC ERROR: [5] KSPSolve line 356 /tmp/petsc-3.4.3/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>[5]PETSC ERROR: [5] MatMult_SchurComplement line 75 /tmp/petsc-3.4.3/src/ksp/ksp/utils/schurm.c<br>
[5]PETSC ERROR: [5] MatNullSpaceTest line 408 /tmp/petsc-3.4.3/src/mat/interface/matnull.c<br>[5]PETSC ERROR: [5] solveModel line 113 "unknowndirectory/"/epi/asclepios2/bkhanal/works/AdLemModel/src/PetscAdLemTaras3D.cxx<br>
<br><br>3. ********************************************************************************************************<br></div><div><br></div><div>BUT, It does give me results when I use a domain of size: 91X109 X 91 (half sized in each dimension) The result along with ksp view in this case is as follows:<br>
</div><br>Linear solve converged due to CONVERGED_RTOL iterations 2<br>KSP Object: 64 MPI processes<br>  type: gmres<br>    GMRES: restart=30, using Classical (unmodified) Gram-Schmidt Orthogonalization with no iterative refinement<br>
    GMRES: happy breakdown tolerance 1e-30<br>  maximum iterations=10000, initial guess is zero<br>  tolerances:  relative=1e-05, absolute=1e-50, divergence=10000<br>  left preconditioning<br>  has attached null space<br>
  using PRECONDITIONED norm type for convergence test<br>PC Object: 64 MPI processes<br>  type: fieldsplit<br>    FieldSplit with Schur preconditioner, blocksize = 4, factorization FULL<br>    Preconditioner for the Schur complement formed from user provided matrix<br>
    Split info:<br>    Split number 0 Fields  0, 1, 2<br>    Split number 1 Fields  3<br>    KSP solver for A00 block <br>      KSP Object:      (fieldsplit_0_)       64 MPI processes<br>        type: gmres<br>          GMRES: restart=30, using Classical (unmodified) Gram-Schmidt Orthogonalization with no iterative refinement<br>
          GMRES: happy breakdown tolerance 1e-30<br>        maximum iterations=10000, initial guess is zero<br>        tolerances:  relative=1e-05, absolute=1e-50, divergence=10000<br>        left preconditioning<br>        using PRECONDITIONED norm type for convergence test<br>
      PC Object:      (fieldsplit_0_)       64 MPI processes<br>        type: hypre<br>          HYPRE BoomerAMG preconditioning<br>          HYPRE BoomerAMG: Cycle type V<br>          HYPRE BoomerAMG: Maximum number of levels 25<br>
          HYPRE BoomerAMG: Maximum number of iterations PER hypre call 1<br>          HYPRE BoomerAMG: Convergence tolerance PER hypre call 0<br>          HYPRE BoomerAMG: Threshold for strong coupling 0.25<br>          HYPRE BoomerAMG: Interpolation truncation factor 0<br>
          HYPRE BoomerAMG: Interpolation: max elements per row 0<br>          HYPRE BoomerAMG: Number of levels of aggressive coarsening 0<br>          HYPRE BoomerAMG: Number of paths for aggressive coarsening 1<br>          HYPRE BoomerAMG: Maximum row sums 0.9<br>
          HYPRE BoomerAMG: Sweeps down         1<br>          HYPRE BoomerAMG: Sweeps up           1<br>          HYPRE BoomerAMG: Sweeps on coarse    1<br>          HYPRE BoomerAMG: Relax down          symmetric-SOR/Jacobi<br>
          HYPRE BoomerAMG: Relax up            symmetric-SOR/Jacobi<br>          HYPRE BoomerAMG: Relax on coarse     Gaussian-elimination<br>          HYPRE BoomerAMG: Relax weight  (all)      1<br>          HYPRE BoomerAMG: Outer relax weight (all) 1<br>
          HYPRE BoomerAMG: Using CF-relaxation<br>          HYPRE BoomerAMG: Measure type        local<br>          HYPRE BoomerAMG: Coarsen type        Falgout<br>          HYPRE BoomerAMG: Interpolation type  classical<br>
        linear system matrix = precond matrix:<br>        Matrix Object:         64 MPI processes<br>          type: mpiaij<br>          rows=2793120, cols=2793120<br>          total: nonzeros=221624352, allocated nonzeros=221624352<br>
          total number of mallocs used during MatSetValues calls =0<br>            using I-node (on process 0) routines: found 14812 nodes, limit used is 5<br>    KSP solver for S = A11 - A10 inv(A00) A01 <br>      KSP Object:      (fieldsplit_1_)       64 MPI processes<br>
        type: gmres<br>          GMRES: restart=30, using Classical (unmodified) Gram-Schmidt Orthogonalization with no iterative refinement<br>          GMRES: happy breakdown tolerance 1e-30<br>        maximum iterations=10000, initial guess is zero<br>
        tolerances:  relative=1e-05, absolute=1e-50, divergence=10000<br>        left preconditioning<br>        has attached null space<br>        using PRECONDITIONED norm type for convergence test<br>      PC Object:      (fieldsplit_1_)       64 MPI processes<br>
        type: bjacobi<br>          block Jacobi: number of blocks = 64<br>          Local solve is same for all blocks, in the following KSP and PC objects:<br>        KSP Object:        (fieldsplit_1_sub_)         1 MPI processes<br>
          type: preonly<br>          maximum iterations=10000, initial guess is zero<br>          tolerances:  relative=1e-05, absolute=1e-50, divergence=10000<br>          left preconditioning<br>          using NONE norm type for convergence test<br>
        PC Object:        (fieldsplit_1_sub_)         1 MPI processes<br>          type: ilu<br>            ILU: out-of-place factorization<br>            0 levels of fill<br>            tolerance for zero pivot 2.22045e-14<br>
            using diagonal shift on blocks to prevent zero pivot [INBLOCKS]<br>            matrix ordering: natural<br>            factor fill ratio given 1, needed 1<br>              Factored matrix follows:<br>                Matrix Object:                 1 MPI processes<br>
                  type: seqaij<br>                  rows=14812, cols=14812<br>                  package used to perform factorization: petsc<br>                  total: nonzeros=368098, allocated nonzeros=368098<br>                  total number of mallocs used during MatSetValues calls =0<br>
                    not using I-node routines<br>          linear system matrix = precond matrix:<br>          Matrix Object:           1 MPI processes<br>            type: seqaij<br>            rows=14812, cols=14812<br>
            total: nonzeros=368098, allocated nonzeros=368098<br>            total number of mallocs used during MatSetValues calls =0<br>              not using I-node routines<br><br>        linear system matrix followed by preconditioner matrix:<br>
        Matrix Object:         64 MPI processes<br>          type: schurcomplement<br>          rows=931040, cols=931040<br>            Schur complement A11 - A10 inv(A00) A01<br>            A11<br>              Matrix Object:               64 MPI processes<br>
                type: mpiaij<br>                rows=931040, cols=931040<br>                total: nonzeros=24624928, allocated nonzeros=24624928<br>                total number of mallocs used during MatSetValues calls =0<br>
                  not using I-node (on process 0) routines<br>            A10<br>              Matrix Object:               64 MPI processes<br>                type: mpiaij<br>                rows=931040, cols=2793120<br>
                total: nonzeros=73874784, allocated nonzeros=73874784<br>                total number of mallocs used during MatSetValues calls =0<br>                  not using I-node (on process 0) routines<br>            KSP of A00<br>
              KSP Object:              (fieldsplit_0_)               64 MPI processes<br>                type: gmres<br>                  GMRES: restart=30, using Classical (unmodified) Gram-Schmidt Orthogonalization with no iterative refinement<br>
                  GMRES: happy breakdown tolerance 1e-30<br>                maximum iterations=10000, initial guess is zero<br>                tolerances:  relative=1e-05, absolute=1e-50, divergence=10000<br>                left preconditioning<br>
                using PRECONDITIONED norm type for convergence test<br>              PC Object:              (fieldsplit_0_)               64 MPI processes<br>                type: hypre<br>                  HYPRE BoomerAMG preconditioning<br>
                  HYPRE BoomerAMG: Cycle type V<br>                  HYPRE BoomerAMG: Maximum number of levels 25<br>                  HYPRE BoomerAMG: Maximum number of iterations PER hypre call 1<br>                  HYPRE BoomerAMG: Convergence tolerance PER hypre call 0<br>
                  HYPRE BoomerAMG: Threshold for strong coupling 0.25<br>                  HYPRE BoomerAMG: Interpolation truncation factor 0<br>                  HYPRE BoomerAMG: Interpolation: max elements per row 0<br>
                  HYPRE BoomerAMG: Number of levels of aggressive coarsening 0<br>                  HYPRE BoomerAMG: Number of paths for aggressive coarsening 1<br>                  HYPRE BoomerAMG: Maximum row sums 0.9<br>
                  HYPRE BoomerAMG: Sweeps down         1<br>                  HYPRE BoomerAMG: Sweeps up           1<br>                  HYPRE BoomerAMG: Sweeps on coarse    1<br>                  HYPRE BoomerAMG: Relax down          symmetric-SOR/Jacobi<br>
                  HYPRE BoomerAMG: Relax up            symmetric-SOR/Jacobi<br>                  HYPRE BoomerAMG: Relax on coarse     Gaussian-elimination<br>                  HYPRE BoomerAMG: Relax weight  (all)      1<br>
                  HYPRE BoomerAMG: Outer relax weight (all) 1<br>                  HYPRE BoomerAMG: Using CF-relaxation<br>                  HYPRE BoomerAMG: Measure type        local<br>                  HYPRE BoomerAMG: Coarsen type        Falgout<br>
                  HYPRE BoomerAMG: Interpolation type  classical<br>                linear system matrix = precond matrix:<br>                Matrix Object:                 64 MPI processes<br>                  type: mpiaij<br>
                  rows=2793120, cols=2793120<br>                  total: nonzeros=221624352, allocated nonzeros=221624352<br>                  total number of mallocs used during MatSetValues calls =0<br>                    using I-node (on process 0) routines: found 14812 nodes, limit used is 5<br>
            A01<br>              Matrix Object:               64 MPI processes<br>                type: mpiaij<br>                rows=2793120, cols=931040<br>                total: nonzeros=73874784, allocated nonzeros=73874784<br>
                total number of mallocs used during MatSetValues calls =0<br>                  using I-node (on process 0) routines: found 14812 nodes, limit used is 5<br>        Matrix Object:         64 MPI processes<br>
          type: mpiaij<br>          rows=931040, cols=931040<br>          total: nonzeros=24624928, allocated nonzeros=24624928<br>          total number of mallocs used during MatSetValues calls =0<br>            not using I-node (on process 0) routines<br>
  linear system matrix = precond matrix:<br>  Matrix Object:   64 MPI processes<br>    type: mpiaij<br>    rows=3724160, cols=3724160, bs=4<br>    total: nonzeros=393998848, allocated nonzeros=393998848<br>    total number of mallocs used during MatSetValues calls =0<br>
<br>******************************************************************************************************<br></div>What could be going wrong here ? Is it something related to null-space setting ? But I do not know why it does not arise for smaller domain sizes!<br>
</div>