<div dir="ltr">On Thu, Sep 26, 2013 at 6:04 AM, Olivier Bonnefon <span dir="ltr"><<a href="mailto:olivier.bonnefon@avignon.inra.fr" target="_blank">olivier.bonnefon@avignon.inra.fr</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_extra">
<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Hello,<br>
<br>
I have implemented my own system from ex12.c. It works with Dirichlet BC, but failed with Neumann one.<br>
<br>
So, I'm came back to the example /src/snes/example/tutorial/<u></u>ex12.c, and I tried with Neumann BC:<br>
<br>
./ex12 -bc_type NEUMANN<br></blockquote><div><br></div><div>Here is the full list of tests I run (just checked that it passes in 'next'):</div><div><br></div><div>  <a href="https://bitbucket.org/petsc/petsc/src/f34a81fe8510aa025c9247a5b14f0fe30e3c0bed/config/builder.py?at=master#cl-175">https://bitbucket.org/petsc/petsc/src/f34a81fe8510aa025c9247a5b14f0fe30e3c0bed/config/builder.py?at=master#cl-175</a></div>
<div><br></div><div>Make sure you use an interpolated mesh with Neumann conditions since you need faces.</div><div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">

This leads to the following crach:<br>
<br>
[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------<u></u>------<br>
[0]PETSC ERROR: No support for this operation for this object type!<br>
[0]PETSC ERROR: Unsupported number of vertices 0 in cell 8 for element geometry computation!<br>
[0]PETSC ERROR: ------------------------------<u></u>------------------------------<u></u>------------<br>
[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.4.2, Jul, 02, 2013<br>
[0]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.<br>
[0]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.<br>
[0]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.<br>
[0]PETSC ERROR: ------------------------------<u></u>------------------------------<u></u>------------<br>
[0]PETSC ERROR: ./ex12 on a arch-linux2-c-debug named pcbiom38 by olivierb Thu Sep 26 14:53:32 2013<br>
[0]PETSC ERROR: Libraries linked from /home/olivierb/SOFT/petsc-3.4.<u></u>2/arch-linux2-c-debug/lib<br>
[0]PETSC ERROR: Configure run at Thu Sep 26 14:44:42 2013<br>
[0]PETSC ERROR: Configure options --with-debugging=1 --download-fiat --download-scientificpython --download-generator --download-triangle --download-ctetgen --download-chaco --download-netcdf --download-hdf5<br>
[0]PETSC ERROR: ------------------------------<u></u>------------------------------<u></u>------------<br>
[0]PETSC ERROR: DMPlexComputeCellGeometry() line 732 in /home/olivierb/SOFT/petsc-3.4.<u></u>2/src/dm/impls/plex/<u></u>plexgeometry.c<br>
[0]PETSC ERROR: DMPlexComputeResidualFEM() line 558 in /home/olivierb/SOFT/petsc-3.4.<u></u>2/src/dm/impls/plex/plexfem.c<br>
[0]PETSC ERROR: SNESComputeFunction_DMLocal() line 75 in /home/olivierb/SOFT/petsc-3.4.<u></u>2/src/snes/utils/dmlocalsnes.c<br>
[0]PETSC ERROR: SNESComputeFunction() line 1988 in /home/olivierb/SOFT/petsc-3.4.<u></u>2/src/snes/interface/snes.c<br>
[0]PETSC ERROR: SNESSolve_NEWTONLS() line 162 in /home/olivierb/SOFT/petsc-3.4.<u></u>2/src/snes/impls/ls/ls.c<br>
[0]PETSC ERROR: SNESSolve() line 3636 in /home/olivierb/SOFT/petsc-3.4.<u></u>2/src/snes/interface/snes.c<br>
[0]PETSC ERROR: main() line 582 in "unknowndirectory/"/home/<u></u>olivierb/solvers/trunk/<u></u>SandBox/PETSC/LANDSCAPE/REF/<u></u>ex12.c<br>
------------------------------<u></u>------------------------------<u></u>--------------<br>
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD<br>
with errorcode 56.<br>
<br>
NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.<br>
You may or may not see output from other processes, depending on<br>
exactly when Open MPI kills them.<br>
------------------------------<u></u>------------------------------<u></u>--------------<br>
<br>
With Gbd, I saw that DMPlexGetConeSize is 0 for the last point.<br>
<br>
Do I have forget a step to use Neumann BC ?<br>
<br>
Thanks<span class=""><font color="#888888"><br>
Olivier Bonnefon<br>
<br>
-- <br>
Olivier Bonnefon<br>
INRA PACA-Avignon, Unité BioSP<br>
Tel: <a href="tel:%2B33%20%280%294%2032%2072%2021%2058" value="+33432722158" target="_blank">+33 (0)4 32 72 21 58</a><br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener
</div></div>