<div dir="ltr">On Tue, Aug 20, 2013 at 10:16 AM, Olivier Bonnefon <span dir="ltr"><<a href="mailto:olivier.bonnefon@avignon.inra.fr" target="_blank">olivier.bonnefon@avignon.inra.fr</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_extra">
<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div>Hello,<br>
      <br>
      Thank-you, I'm using DMPlexCreateFromCellList(), and it works
      except for the boundary conditions. <br>
      I'm using Dirichlet boundary conditions, and the corresponding
      degree of freedom are not substituted (like when I use
      DMPlexCreateBoxMesh). <br>
      So, I do have missing a step to define the boundary ?<br></div></div></blockquote><div><br></div><div>Yes. For the other formats, it translates boundary markers to DMLabels. With the CellList you will have to label your boundary.</div>
<div>If you want it to work exactly as in the example, for every point p on your boundary,</div><div><br></div><div>  DMPlexSetLabelValue(dm, "marker", p, 1);</div><div><br></div><div>You can avoid the string lookup by using</div>
<div><br></div><div>  DMPlexCreateLabel(dm, "marker");</div><div>  DMPlexGetLabel(dm, "marker", &label);</div><div>  DMLabelSetValue(label, p, 1);</div><div><br></div><div>Obviously, if you have multiple BC, you can use a label for each condition.</div>
<div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
<div>
      Olivier B<br>
      <br>
      <br>
      On 08/20/2013 03:08 PM, Matthew Knepley wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      <div dir="ltr">On Tue, Aug 20, 2013 at 7:50 AM, Olivier Bonnefon <span dir="ltr"><<a href="mailto:olivier.bonnefon@avignon.inra.fr" target="_blank">olivier.bonnefon@avignon.inra.fr</a>></span>
        wrote:<br>
        <div class="gmail_extra">
          <div class="gmail_quote">
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello,<br>
              <br>
              I have modify the ex12.c example for a like diffusive
              problem (FEM+unstructured mesh+SNES).<br>
              The next step, is to replace the square mesh by my own
              mesh.<br>
              I want import my mesh from a simple file, and after
              distributed it with DMPlexDistribute.<br>
              Is it the good way ?<br>
              Is it possible to import a mesh in petsc ? I didn't find
              the answer in the documentation. Is there an example ?<br>
            </blockquote>
            <div><br>
            </div>
            <div>There are a few formats supported:</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>  1) Cell-vertex: DMPlexCreateFromCellList()</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>  2) Exodus: DMPlexCreateExodus()</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>  3) CGNS: DMPlexCreateCGNS()</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>  Thanks,</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>     Matt</div>
            <div> </div>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              Thanks<span><font color="#888888"><br>
                  Olivier Bonnefon<br>
                  <br>
                  -- <br>
                  Olivier Bonnefon<br>
                  INRA PACA-Avignon, Unité BioSP<br>
                  Tel: <a href="tel:%2B33%20%280%294%2032%2072%2021%2058" value="+33432722158" target="_blank">+33 (0)4 32 72
                    21 58</a><br>
                  <br>
                </font></span></blockquote>
          </div>
          <br>
          <br clear="all"><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
          <div><br>
          </div>
          -- <br>
          What most experimenters take for granted before they begin
          their experiments is infinitely more interesting than any
          results to which their experiments lead.<br>
          -- Norbert Wiener
        </font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
      </font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
    </font></span></blockquote><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
    <br>
    <br>
    <pre cols="72">-- 
Olivier Bonnefon
INRA PACA-Avignon, Unité BioSP
Tel: <a href="tel:%2B33%20%280%294%2032%2072%2021%2058" value="+33432722158" target="_blank">+33 (0)4 32 72 21 58</a></pre>
  </font></span></div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener
</div></div>