<div dir="ltr">On Sat, Aug 3, 2013 at 4:41 AM, Jin, Shuangshuang <span dir="ltr"><<a href="mailto:Shuangshuang.Jin@pnnl.gov" target="_blank">Shuangshuang.Jin@pnnl.gov</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Is there a quick way to turn on the debugging in my build, or I have to do the following again?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Configure options --with-scalar-type=complex --with-clanguage=C++ PETSC_ARCH=arch-complex --with-fortran-kernels=generic --download-superlu_dist --download-mumps --download-scalapack --download-parmetis --download-metis --download-elemental <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">It usually takes over an hour to reconfigure PETSc on my machine…</span></p>
</div></blockquote><div><br></div><div>That is the way. I think its time to upgrade your Commodore 64 :)</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:11pt"> </span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Thanks,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Shuangshuang<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Matthew Knepley [mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>] <br>
<b>Sent:</b> Friday, August 02, 2013 1:33 PM<br><b>To:</b> Jin, Shuangshuang<br><b>Cc:</b> <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><br><b>Subject:</b> Re: [petsc-users] DIVERGED_NONLINEAR_SOLVE error<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">On Sat, Aug 3, 2013 at 4:22 AM, Jin, Shuangshuang <<a href="mailto:Shuangshuang.Jin@pnnl.gov" target="_blank">Shuangshuang.Jin@pnnl.gov</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
<div><div><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in"><div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">Hello, <u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif""> <u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">     My code solves a linear system AX=B using superlu_dist in PETSc, and use some of X’s data to solve a DAE problem. I get a very wild error:<u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif""> <u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">     When I use less than 8 processors to run the code, it runs just fine with correct results. When I use greater than 8 processors, such as 16 or 32 processors, I’ll get an error and a lot of generated core.##### files. <u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal"> <span style="font-family:"Calibri","sans-serif""><u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------------<u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[0]PETSC ERROR:   !<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[0]PETSC ERROR: TSStep has failed due to DIVERGED_NONLINEAR_SOLVE, increase -ts_max_snes_failures or make negative to attempt recovery!<u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<u></u><u></u></span></p></div><div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[0]PETSC ERROR: Petsc Development GIT revision: a0a914e661bf6402b8edabe0f5a2dad46323f69f  GIT Date: 2013-06-05 14:18:39 -0500<u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[0]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal">
<span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[0]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[0]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.<u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<u></u><u></u></span></p></div><div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[0]PETSC ERROR: dynSim on a arch-complex named node0055.local by d3m956 Fri Aug  2 11:56:10 2013<u></u><u></u></span></p></div><div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[0]PETSC ERROR: Libraries linked from /pic/projects/ds/petsc-dev.6.06.13/arch-complex/lib<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal">
<span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[0]PETSC ERROR: Configure run at Fri Jul 26 14:32:37 2013<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[0]PETSC ERROR: Configure options --with-scalar-type=complex --with-clanguage=C++ PETSC_ARCH=arch-complex --with-fortran-kernels=generic --download-superlu_dist --download-mumps --download-scalapack --download-parmetis --download-metis --download-elemental --with-debugging=0<u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<u></u><u></u></span></p></div><div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[0]PETSC ERROR: TSStep() line 2515 in /pic/projects/ds/petsc-dev.6.06.13/src/ts/interface/ts.c<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal">
<span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[0]PETSC ERROR: TSSolve() line 2632 in /pic/projects/ds/petsc-dev.6.06.13/src/ts/interface/ts.c<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal">
<span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[0]PETSC ERROR: simu() line 566 in "unknowndirectory/"simulation.C<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[0]PETSC ERROR: runSimulation() line 99 in "unknowndirectory/"dynSim.h<u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[node0055:32539] *** Process received signal ***<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[node0055:32535] *** Process received signal ***<u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[node0055:32535] Signal: Aborted (6)<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[node0055:32535] Signal code:  (24153104)<u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[node0055:32534] *** Process received signal ***<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[node0055:32534] Signal: Aborted (6)<u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[node0055:32534] Signal code:  (24199552)<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[node0055:32539] Signal: Aborted (6)<u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[node0055:32539] Signal code:  (24157648)<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[node0055:32537] *** Process received signal ***<u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[node0055:32537] Signal: Aborted (6)<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[node0055:32537] Signal code:  (24546704)<u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">[node0055:32538] *** Process received signal ***<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"> <span style="font-family:"Calibri","sans-serif""><u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">The Error Message from PETSc pointed out that “TSStep has failed due to DIVERGED_NONLINEAR_SOLVE, increase -ts_max_snes_failures or make negative to attempt recovery!”, but I think it’s because the superlu_dist computed an all “nan” X as I printed it out. <u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> <span style="font-family:"Calibri","sans-serif""><u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">However, I don’t understand why using 8 or 16 processors should make such a difference.<u></u><u></u></span></p>
</div></div></blockquote><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">It sounds like you are computing a NaN somewhere, possibly your residual evaluation. However, we should<u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal">catch this when we evaluate the norm. Please turn on debugging in your build.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">   Matt<u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in"><div><div><p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">
<span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">Can anyone give me some help for the trouble shooting?<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> <span style="font-family:"Calibri","sans-serif""><u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">Thanks,<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">Shuangshuang<u></u><u></u></span></p>
</div><div><p class="MsoNormal"> <span class="HOEnZb"><font color="#888888"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif""><u></u><u></u></span></font></span></p></div></div></blockquote></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><p class="MsoNormal">
<br><br clear="all"><u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><p class="MsoNormal">-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener <u></u><u></u></p></font></span></div></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener
</div></div>