<div dir="ltr"><div><div><div><div>Satish,<br></div>By building my own zlib library specifying it through LIBS flag to PETSc configure, I was able to compile PETSC-Dev with HDF5 support on Intrepid. However, I ran into errors while building my application and it looks like the XLF Fortran is using case sensitive settings and is failing due to mixed uppercase/lowercase variable names in the code. <br>
<br></div>I have followed the /soft/apps/libraries/petsc/3.3-p6/xl-opt/conf/reconfigure-arch-bgp-ibm-opt.py and am not sure if there's something included or missing in the configuration causing this. I believe default is for XLF to not to be case sensitive, but I am not sure what do I have that's making it otherwise. <br>
<br></div>I would appreciate if you can point me to anything I may be missing in my configuration file. Attached are petsc configuration file and log of my application compilation errors.<br><br></div><div>Thanks,<br></div>
<div>Jitu<br></div><div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 16, 2013 at 12:59 PM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">--download-package might not work on all machines. --download-hdf5=1 does<br>
not work on bg/p<br>
<br>
However there is hdf5 installed on it. You can try using<br>
--with-hdf5-include/--with-hdf5-lib options.<br>
<br>
There could still be an issue with "Compression library [libz.a or<br>
equivalent] not found" but I think the workarround is already in<br>
petsc-dev.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
Satish<br>
<br>
<br>
<br>
On Tue, 16 Jul 2013, Jitendra Kumar wrote:<br>
<br>
> Thanks Satish. I tried using the configuration you pointed me to with the<br>
> addition of --download-hdf5=1 and got error "Compression library [libz.a or<br>
> equivalent] not found<br>
> "<br>
><br>
> Do I need to load some package to get this?<br>
><br>
> Jitu<br>
><br>
><br>
> On Tue, Jul 16, 2013 at 11:59 AM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
><br>
> > As the message indicates you need '--with-batch' option on this machine<br>
> ><br>
> > Check one of the default builds on intrepid for configure options to use..<br>
> ><br>
> > [perhaps<br>
> > /soft/apps/libraries/petsc/3.3-p6/xl-opt/conf/reconfigure-arch-bgp-ibm-opt.py]<br>
> ><br>
> > Satish<br>
> ><br>
> > On Tue, 16 Jul 2013, Jitendra Kumar wrote:<br>
> ><br>
> > > I ran into following errors while trying to build PETSc-dev on Intrepid<br>
> > > @ALCF.  (configure.log attached)<br>
> > ><br>
> > ><br>
> > *******************************************************************************<br>
> > >          UNABLE to CONFIGURE with GIVEN OPTIONS    (see configure.log for<br>
> > > details):<br>
> > ><br>
> > -------------------------------------------------------------------------------<br>
> > > Cannot run executable to determine size of char. If this machine uses a<br>
> > > batch system<br>
> > > to submit jobs you will need to configure using ./configure with the<br>
> > > additional option  --with-batch.<br>
> > >  Otherwise there is problem with the compilers. Can you compile and run<br>
> > > code with your C/C++ (and maybe Fortran) compilers?<br>
> > ><br>
> > *******************************************************************************<br>
> > >   File "/gpfs/home/jkumar/lib/petsc/config/configure.py", line 293, in<br>
> > > petsc_configure<br>
> > >     framework.configure(out = sys.stdout)<br>
> > >   File<br>
> > > "/gpfs/home/jkumar/lib/petsc/config/BuildSystem/config/framework.py",<br>
> > line<br>
> > > 933, in configure<br>
> > >     child.configure()<br>
> > >   File "/gpfs/home/jkumar/lib/petsc/config/BuildSystem/config/types.py",<br>
> > > line 386, in configure<br>
> > >     map(lambda type: self.executeTest(self.checkSizeof, type),<br>
> > > ['char','void *', 'short', 'int', 'long', 'long long', 'float', 'double',<br>
> > > 'size_t'])<br>
> > >   File "/gpfs/home/jkumar/lib/petsc/config/BuildSystem/config/types.py",<br>
> > > line 386, in <lambda><br>
> > >     map(lambda type: self.executeTest(self.checkSizeof, type),<br>
> > > ['char','void *', 'short', 'int', 'long', 'long long', 'float', 'double',<br>
> > > 'size_t'])<br>
> > >   File "/gpfs/home/jkumar/lib/petsc/config/BuildSystem/config/base.py",<br>
> > > line 115, in executeTest<br>
> > >     ret = apply(test, args,kargs)<br>
> > >   File "/gpfs/home/jkumar/lib/petsc/config/BuildSystem/config/types.py",<br>
> > > line 296, in checkSizeof<br>
> > >     raise RuntimeError(msg)<br>
> > ><br>
> > > This is what my configuration looks like (adapted from<br>
> > > config/examples/arch-bgp-ibm-opt.py)<br>
> > > configure_options = [<br>
> > >   '--with-cc=mpixlc',<br>
> > >   '--with-fc=mpixlf90',<br>
> > >   '--with-cxx=mpixlcxx',<br>
> > >   'COPTFLAGS=-O3',<br>
> > >   'FOPTFLAGS=-O3',<br>
> > >   '--with-debugging=0',<br>
> > >   '--with-cmake=/soft/apps/fen/cmake-2.8.3/bin/cmake',<br>
> > > #  '--with-hdf5=/soft/apps/hdf5-1.8.0',<br>
> > >   '--download-parmetis=1',<br>
> > >   '--download-metis=1',<br>
> > >   '--download-plapack=1',<br>
> > >   '--download-hdf5=1'<br>
> > >   ]<br>
> > ><br>
> > > I would appreciate any help building the llbrary there.<br>
> > ><br>
> > > Thanks,<br>
> > > Jitu<br>
> > ><br>
> ><br>
> ><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>