<div dir="ltr">On Thu, Jul 25, 2013 at 9:53 AM, Lesleis Nagy <span dir="ltr"><<a href="mailto:l.nagy@ed.ac.uk" target="_blank">l.nagy@ed.ac.uk</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hello,<br>
<br>
I currently use PETSc (version: 3.3-p7) and petsc4py along with the Sundials interface to perform time stepping for some FEM code that I have written (for completeness I make use of FEniCS). I would like to pass options to PETSc from the command line using the PETSC_OPTIONS environment variable. I set it with the following values:<br>

<br>
        $ export PETSC_OPTIONS="-ts_sundials_type bdf -ts_sundials_gramschmidt_type modified -ts_sundials_monitor_steps -options_table -options_left"<br>
<br>
I then run the code using:<br>
<br>
        $ mpiexec -n 2 python script.py<br>
<br>
Everything appears to work and my code terminates. However at the end of the run, '-options_table' / '-options_left' reports that<br>
<br>
#PETSc Option Table entries:<br>
-options_left<br>
-options_table<br>
-ts_sundials_gramschmidt_type modified<br>
-ts_sundials_monitor_steps<br>
-ts_sundials_type bdf<br>
#End of PETSc Option Table entries<br>
There are 3 unused database options. They are:<br>
Option left: name:-ts_sundials_gramschmidt_type value: modified<br>
Option left: name:-ts_sundials_monitor_steps no value<br>
Option left: name:-ts_sundials_type value: bdf<br>
<br>
Could someone explain to me why PETSc is reading the Sundials options that I've supplied but is not using them?<br></blockquote><div><br></div><div>1) Your solver might have an options prefix</div><div><br></div><div>
2) You might forget to call TSSetFromOptions()</div><div><br></div><div>The easiest thing to do is run with -start_in_debugger and set a breakpoint in TSSetFromOptions()</div><div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Kind regards<br>
Les<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888">--<br>
The University of Edinburgh is a charitable body, registered in<br>
Scotland, with registration number SC005336.<br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener
</div></div>