<p dir="ltr">Call TSView yourself if you don't use TSSolve.</p>
<div class="gmail_quote">On Jul 25, 2013 12:06 PM, "Lesleis Nagy" <<a href="mailto:l.nagy@ed.ac.uk">l.nagy@ed.ac.uk</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Ah, I don't make a call to TSSolve(). I have a loop and then make calls to TSStep until my exit criteria is met.<br>
<br>
On 25 Jul 2013, at 18:02, Satish Balay wrote:<br>
<br>
> Hm - ts_view should be checked in TSSolve() - so somehow thats not hapenning?<br>
><br>
> Satish<br>
><br>
> On Thu, 25 Jul 2013, Lesleis Nagy wrote:<br>
><br>
>> Hi Satish, Matthew,<br>
>><br>
>> Thank you very much for your help. Everything seems to work with the exception that PETSc now doesn't pick up the 'ts_view' option!<br>
>><br>
>> For completeness, when using PETSc / petsc4py / FEniCS I simply called 'ts.setFromOptions()' on my on my petsc4py time stepper object (called 'ts').<br>
>><br>
>> Is the appearance of 'ts_view' in the unused database options list something I should be concerned about? When I call the 'view()' method on my time stepper object it seems to output information that I would expect to see.<br>

>><br>
>> Many thanks<br>
>> Les<br>
>><br>
>> On 25 Jul 2013, at 17:29, Satish Balay wrote:<br>
>><br>
>>> Then as Matt refered to  - TSSetFromOptions() isn't getting called.<br>
>>><br>
>>> Satish<br>
>>><br>
>>> On Thu, 25 Jul 2013, Lesleis Nagy wrote:<br>
>>><br>
>>>> Hi Satish, Matthew,<br>
>>>><br>
>>>> I'm just about to compile a version of PETSc with debugging symbols included, so that I can use gdb. Satish, I've passed the option that you suggest and the output is as follows:<br>
>>>><br>
>>>> #PETSc Option Table entries:<br>
>>>> -options_left<br>
>>>> -options_table<br>
>>>> -ts_sundials_gramschmidt_type modified<br>
>>>> -ts_sundials_monitor_steps<br>
>>>> -ts_sundials_type bdf<br>
>>>> -ts_view<br>
>>>> #End of PETSc Option Table entries<br>
>>>> There are 7 unused database options. They are:<br>
>>>> Option left: name:-ts_sundials_gramschmidt_type value: modified<br>
>>>> Option left: name:-ts_sundials_monitor_steps no value<br>
>>>> Option left: name:-ts_sundials_type value: bdf<br>
>>>> Option left: name:-ts_view no value<br>
>>>><br>
>>>> It appears as though PETSc ignores the 'ts_view' option.<br>
>>>><br>
>>>> Les<br>
>>>><br>
>>>> On 25 Jul 2013, at 17:15, Satish Balay wrote:<br>
>>>><br>
>>>>> On Thu, 25 Jul 2013, Matthew Knepley wrote:<br>
>>>>><br>
>>>>>> On Thu, Jul 25, 2013 at 9:53 AM, Lesleis Nagy <<a href="mailto:l.nagy@ed.ac.uk">l.nagy@ed.ac.uk</a>> wrote:<br>
>>>>>><br>
>>>>>>> Hello,<br>
>>>>>>><br>
>>>>>>> I currently use PETSc (version: 3.3-p7) and petsc4py along with the<br>
>>>>>>> Sundials interface to perform time stepping for some FEM code that I have<br>
>>>>>>> written (for completeness I make use of FEniCS). I would like to pass<br>
>>>>>>> options to PETSc from the command line using the PETSC_OPTIONS environment<br>
>>>>>>> variable. I set it with the following values:<br>
>>>>>>><br>
>>>>>>>      $ export PETSC_OPTIONS="-ts_sundials_type bdf<br>
>>>>>>> -ts_sundials_gramschmidt_type modified -ts_sundials_monitor_steps<br>
>>>>>>> -options_table -options_left"<br>
>>>>>>><br>
>>>>>>> I then run the code using:<br>
>>>>>>><br>
>>>>>>>      $ mpiexec -n 2 python script.py<br>
>>>>>>><br>
>>>>>>> Everything appears to work and my code terminates. However at the end of<br>
>>>>>>> the run, '-options_table' / '-options_left' reports that<br>
>>>>>>><br>
>>>>>>> #PETSc Option Table entries:<br>
>>>>>>> -options_left<br>
>>>>>>> -options_table<br>
>>>>>>> -ts_sundials_gramschmidt_type modified<br>
>>>>>>> -ts_sundials_monitor_steps<br>
>>>>>>> -ts_sundials_type bdf<br>
>>>>>>> #End of PETSc Option Table entries<br>
>>>>>>> There are 3 unused database options. They are:<br>
>>>>>>> Option left: name:-ts_sundials_gramschmidt_type value: modified<br>
>>>>>>> Option left: name:-ts_sundials_monitor_steps no value<br>
>>>>>>> Option left: name:-ts_sundials_type value: bdf<br>
>>>>>>><br>
>>>>>>> Could someone explain to me why PETSc is reading the Sundials options that<br>
>>>>>>> I've supplied but is not using them?<br>
>>>>>>><br>
>>>>>><br>
>>>>>> 1) Your solver might have an options prefix<br>
>>>>>><br>
>>>>>> 2) You might forget to call TSSetFromOptions()<br>
>>>>>><br>
>>>>>> The easiest thing to do is run with -start_in_debugger and set a breakpoint<br>
>>>>>> in TSSetFromOptions()<br>
>>>>><br>
>>>>> Also use -ts_view to check if sundials is actually getting set/used..<br>
>>>>><br>
>>>>> Satish<br>
>>>>><br>
>>>>>><br>
>>>>>> Matt<br>
>>>>>><br>
>>>>>><br>
>>>>>>> Kind regards<br>
>>>>>>> Les<br>
>>>>>>> --<br>
>>>>>>> The University of Edinburgh is a charitable body, registered in<br>
>>>>>>> Scotland, with registration number SC005336.<br>
>>>>>>><br>
>>>>>>><br>
>>>>>><br>
>>>>>><br>
>>>>>><br>
>>>>><br>
>>>>><br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>><br>
>>><br>
>>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
><br>
><br>
<br>
<br>
--<br>
The University of Edinburgh is a charitable body, registered in<br>
Scotland, with registration number SC005336.<br>
<br>
</blockquote></div>