<div dir="ltr">On Wed, Jul 24, 2013 at 11:27 AM, Stephen Wornom <span dir="ltr"><<a href="mailto:stephen.wornom@inria.fr" target="_blank">stephen.wornom@inria.fr</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><Yes, though it's much better if you use MPI-IO collective IO. The worst is<br>
<if every process reads a different file.<br>
<br>
The unstructured code I use collects the different core solution on processor 0 then writes the global solution file to be used at a restart. When I have a mesh > 2 MillionNodes<br>
I cannot execute as the RAM/core is 3.4Gb which is sufficient to execute but the virtual memory is too large and I get an error.<br>
<br>
Three  questions:<br>
1- If I used mpi-io to write the file, would that reduce the virtual memory needed and permit  me to run larger meshes?<br></blockquote><div><br></div><div>Yes, since you would not be using only the memory on one process</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
2- How would I use the mpi-io routines in the oetsc library to write the files? The mesh is partitioned using metis.<br></blockquote><div><br></div><div>Make a Vec with your information, and use VecView(). I recognize that this only writes doubles. We do not have infrastructure</div>
<div>for MPI/IO with other data types.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
3- Is there a coding example of mpi-io writes that I could use to understand how petsc functions?<br></blockquote><div><br></div><div>Should not be necessary.</div><div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Thanks if advance,<br>
Stephen<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
-- <br>
<a href="mailto:stephen.wornom@inria.fr" target="_blank">stephen.wornom@inria.fr</a><br>
2004 route des lucioles - BP93<br>
Sophia Antipolis<br>
06902 CEDEX<br>
                <br>
Tel: 04 92 38 50 54<br>
Fax: 04 97 15 53 51<br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener
</div></div>