<div dir="ltr">On Wed, Jul 17, 2013 at 6:15 PM, Zou (Non-US), Ling <span dir="ltr"><<a href="mailto:ling.zou@inl.gov" target="_blank">ling.zou@inl.gov</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">(meant to send to the list)<br>
<div class="im HOEnZb"><br>
Thanks Matt for you reply.<br>
<br>
In my case, 2-d problem with unstructured mesh, what would be a<br>
practical way to move forward?<br>
1, using fully analytical Jacobian, it however will be very difficult<br>
to make everything right eventually<br></div></blockquote><div><br></div><div>This is, of course, preferable is preconditioning is difficult.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class="im HOEnZb">
2, using finite differencing Jacobian, but use keyword<br>
SNESDefaultComputeJacobian, which is very slow<br></div></blockquote><div><br></div><div>This is not really practical for anything but toy problems.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class="im HOEnZb">
3, using matrix free operation to avoid the Jacobian calculation<br></div></blockquote><div><br></div><div>What I was suggesting is that you use MF FD action for the action of the Jacobian,</div><div>which is generally an accurate operation, and then assemble a simplified operator</div>
<div>to use for constructing the preconditioner.</div><div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im HOEnZb">

Any suggestion?<br>
<br>
</div><div class="HOEnZb"><div class="h5">On Wed, Jul 17, 2013 at 5:06 PM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
> On Wed, Jul 17, 2013 at 6:02 PM, Zou (Non-US), Ling <<a href="mailto:ling.zou@inl.gov">ling.zou@inl.gov</a>><br>
> wrote:<br>
>><br>
>> Hi All,<br>
>><br>
>> If I have a 2-d problem with unstructured triangle mesh, I suppose I<br>
>> need handle the coloring manually in case I need the finite<br>
>> differencing Jacobian. Also I guess it is doable as I know the mesh<br>
>> connectivity. I noticed there are several examples handling structured<br>
>> mesh case. Is there any example to setup the matrix coloring for this<br>
>> kind of case?<br>
><br>
><br>
> We have no examples of this, and have not pushed it in our development. I<br>
> would also consider forming a simplified operator for preconditioning while<br>
> using the finite difference approximation for the action.<br>
><br>
>    Matt<br>
><br>
>><br>
>> Best,<br>
>><br>
>> Ling<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> What most experimenters take for granted before they begin their experiments<br>
> is infinitely more interesting than any results to which their experiments<br>
> lead.<br>
> -- Norbert Wiener<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener
</div></div>