<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi Jed,<br><br></div>Thanks. The output of quota reads "unlimited".<br></div>The system memory is 16GB. <br><br></div>Doing "ulimit -m" gives 13938212<br></div>in kilobytes which corresponds to 13GB. I think this means<br>
that I should be able to use most of it. I am the only person<br></div><div>running jobs on this machine right now.<br></div><div><br></div><div>I can run with -memory_info for the smaller problem and try<br>to extrapolate. Is this a good idea? <br>
</div><div><br>-<br></div><div>Garnet Vaz<br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 9, 2013 at 3:12 PM, Jed Brown <span dir="ltr"><<a href="mailto:jedbrown@mcs.anl.gov" target="_blank">jedbrown@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">Garnet Vaz <<a href="mailto:garnet.vaz@gmail.com">garnet.vaz@gmail.com</a>> writes:<br>
<br>
> Dear all,<br>
><br>
> My PETSc code crashes with the output<br>
><br>
> "<br>
> Number of lines in file is 5349000  #<----- Number of points<br>
> Number of lines in file is 10695950  #<----- Number of triangles<br>
> reading cell list successful<br>
> reading vertex list successful<br>
> Mesh distribution successful<br>
><br>
> ===================================================================================<br>
> =   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES<br>
> =   EXIT CODE: 9<br>
> =   CLEANING UP REMAINING PROCESSES<br>
> =   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES<br>
> ===================================================================================<br>
> YOUR APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Killed (signal 9)<br>
<br>
</div>Signal 9 is SIGKILL, which cannot be caught.  This almost always means<br>
that some other process killed your job.  Are there quotas on this<br>
machine?  Maybe the machine ran out of memory?<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
> This typically refers to a problem with your application.<br>
> Please see the FAQ page for debugging suggestions<br>
> "<br>
><br>
> I am using a debug version of PETSc. The same code has been working<br>
> for smaller meshes (upto 3M triangles). I have run the code through valgrind<br>
> and it reports no memory leaks for a smaller mesh.<br>
><br>
> All my functions use PetscFunctionBegin()/End()<br>
> which usually reports me the function causing the problem. In this case,<br>
> the output does not help except for the exit code = 9. What does this mean?<br>
><br>
> --<br>
> Regards,<br>
> Garnet Vaz<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Regards,<div>Garnet</div>
</div>