<div dir="ltr"><br><br><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">Mohamad M. Nasr-Azadani</b> <span dir="ltr"><<a href="mailto:mmnasr@gmail.com">mmnasr@gmail.com</a>></span><br>

Date: Wed, Jul 3, 2013 at 11:24 AM<br>Subject: Re: [petsc-users] Performance RH5 vs RH6<br>To: Tabrez Ali <<a href="mailto:stali@geology.wisc.edu">stali@geology.wisc.edu</a>><br><br><br><div dir="ltr"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">@ Matt. </span><div class="im">

<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Nope. The right thing to do is look at -log_summary output.</span><br></div>
<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Thanks. I will try this later. </span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>


</span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">@Boyce. </span></div><div class="im"><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">FWIW, I recently upgraded an OpenMPI installation from 1.4.x to 1.6.x and observed very significant slow-downs.  You might want to try reverting your MPI library.</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>


</span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">That sounds a potential reason as I used to use openmpi 1.4 and now had to recompile PETSc with 1.6. I will definitely give it a try to see if I see any difference. </span></div>


<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Thank you! </span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">@Tabrez</span></div>

<div class="im">
<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Did you by chance turn debugging on while configuring PETSc?</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>


</span></div></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">No.</span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Thanks, </span></div>

<span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Mohamad</span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>


</span></div></font></span></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 3, 2013 at 11:17 AM, Tabrez Ali <span dir="ltr"><<a href="mailto:stali@geology.wisc.edu" target="_blank">stali@geology.wisc.edu</a>></span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Did you by chance turn debugging on while configuring PETSc?<span><font color="#888888"><br>
<br>
Tabrez</font></span><div><div><br>
<br>
On 07/03/2013 12:16 PM, Mohamad M. Nasr-Azadani wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi guys,<br>
<br>
Recently, a supercomputer I had been using for the past year, upgraded their OS from RH5 to RH6. After recompiling PETSc along with Hypre with various compilers (gcc and intel) and mpi packages (openmpi and mvapich2), the performance I observe on RH6 is significantly worse, e.g. my code is close to 30-40% slower.<br>



<br>
My code is a finite-difference Navier-Stokes solver and uses BoomerAMG to precondition the pressure Poisson equation.<br>
I have not done a thorough profiling yet, but I was wondering if you have encountered a similar experience before.<br>
<br>
Thanks,<br>
Mohamad<br>
<br>
</blockquote>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div></div><br></div>