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.gov</a>> wrote:<o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>Hello, I’m trying to set my Jacobian matrix to MATELEMENTAL type.<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal> <span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>According to an Elemental matrix example code: /src/mat/examples/tests/ex38.c, I wrote my piece of code as following:<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal> <span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  ierr = MatCreate(PETSC_COMM_WORLD, &J); CHKERRQ(ierr); // J: Jacobian matrix<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  ierr = MatSetSizes(J, 12, 12, PETSC_DECIDE, PETSC_DECIDE); CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  ierr = MatSetType(J, MATELEMENTAL); CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  ierr = MatSetFromOptions(J); CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  ierr = MatSetUp(J); CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal> <span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  PetscInt       nrows,ncols;<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  const PetscInt *rows,*cols;<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  IS             isrows,iscols;<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  PetscScalar    *v;<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  ierr = MatGetOwnershipIS(J, &isrows, &iscols); CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'> <o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  // Set local matrix entries<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  ierr = ISGetLocalSize(isrows, &nrows); CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  ierr = ISGetIndices(isrows, &rows); CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  ierr = ISGetLocalSize(iscols, &ncols); CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  ierr = ISGetIndices(iscols, &cols); CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  ierr = PetscMalloc(nrows*ncols*sizeof(*v), &v); CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  printf("nrows=%d, ncols=%d\n",nrows,ncols);<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  for (i = 0; i < nrows; i++) {<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>    for (j = 0; j < ncols; j++) {<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>      v[i*ncols+j] = jacVal[i][j]; // jacVal stores the value of the 12*12 Jacobian matrix<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>    }<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  }<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  ierr = MatSetValues(J, nrows, rows, ncols, cols, v, INSERT_VALUES); CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  ierr = ISRestoreIndices(isrows, &rows); CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  ierr = ISRestoreIndices(iscols, &cols); CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  ierr = MatAssemblyBegin(J, MAT_FINAL_ASSEMBLY); CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  ierr = MatAssemblyEnd(J, MAT_FINAL_ASSEMBLY); CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  ierr = ISDestroy(&isrows); CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>  ierr = ISDestroy(&iscols); CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal> <span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>This works for one processor. When it goes to multiple processor, it will fail. <o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'> <o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>I notice that when the # of processor equals to 1, the nrows and ncols will be 12 each, which are the dimension of the Jacobian matrix.<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>However, when the # of processor goes up, for example, to 2, nrows=24, ncols=12, then it will fail because the index of my jac[i][j] are withn [0, 11].<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'> <o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>My question is, to use MATELEMENTAL, what is the rule to fit the values of my 12x12 matrix into a 24X12 arrays by the two level for loops?<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal> <span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>And I don’t understand what the set means here:<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[d3m956@olympus tests]$ mpiexec -n 1 ex38 -Cexp_view_ownership 1 -m 12 -n 12<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>Ownership of explicit C:<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>Row index set:<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>Number of indices in set 12<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>0 0<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>1 1<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>2 2<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>3 3<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>4 4<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>5 5<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>6 6<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>7 7<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>8 8<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>9 9<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>10 10<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>11 11<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>Column index set:<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>Number of indices in set 12<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>0 0<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>1 1<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>2 2<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>3 3<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>4 4<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>5 5<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>6 6<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>7 7<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>8 8<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>9 9<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>10 10<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>11 11<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>nrows=12, ncols=12<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal> <span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[d3m956@olympus tests]$ mpiexec -n 2 ex38 -Cexp_view_ownership 1 -m 12 -n 12<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>Ownership of explicit C:<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>Row index set:<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] Number of indices in set 24<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 0 0<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 1 12<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 2 1<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 3 13<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 4 2<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 5 14<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 6 3<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 7 15<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 8 4<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 9 16<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 10 5<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 11 17<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 12 6<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 13 18<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 14 7<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 15 19<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 16 8<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 17 20<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 18 9<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 19 21<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 20 10<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 21 22<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 22 11<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 23 23<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>nrows=24, ncols=12<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] Number of indices in set 24<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 0 0<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 1 12<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 2 1<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 3 13<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 4 2<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 5 14<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 6 3<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 7 15<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 8 4<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 9 16<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 10 5<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 11 17<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 12 6<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 13 18<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 14 7<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 15 19<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 16 8<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 17 20<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 18 9<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 19 21<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 20 10<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 21 22<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 22 11<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 23 23<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>Column index set:<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] Number of indices in set 12<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 0 0<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 1 1<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 2 2<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 3 3<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 4 4<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 5 5<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 6 6<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 7 7<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 8 8<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 9 9<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 10 10<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[0] 11 11<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] Number of indices in set 12<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 0 12<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 1 13<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 2 14<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 3 15<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 4 16<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 5 17<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 6 18<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 7 19<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 8 20<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 9 21<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 10 22<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>[1] 11 23<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>nrows=24, ncols=12<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal> <span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>Thanks,<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>Shuangshuang<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal> <span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal> <span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal> <span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal> <span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal> <span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal> <span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></div></body></html>