<div dir="ltr">On Fri, May 24, 2013 at 4:35 PM, Michele Rosso <span dir="ltr"><<a href="mailto:mrosso@uci.edu" target="_blank">mrosso@uci.edu</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <font face="Ubuntu">I tried <br>
    </font><br>
    <font face="Ubuntu"><font face="Ubuntu">-pc_type gamg
        -pc_mg_cycle_type v -pc_gamg_agg_nsmooths 1  </font><font face="Ubuntu">-mg_coarse_sub_pc_factor_shift_nonzero<br>
        <br>
        but I still get <br>
        <br>
        [0]PETSC ERROR: Detected zero pivot in LU factorization:<br>
        see
        <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#ZeroPivot" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#ZeroPivot</a>!<br>
        [0]PETSC ERROR: Zero pivot row 280 value 6.58999e-17 tolerance
        2.22045e-14!<br>
        [0]PETSC ERROR:
        ------------------------------------------------------------------------<br>
        [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.3.0, Patch 3, Wed Aug 29
        11:26:24 CDT 2012<br>
        [0]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.<br>
        [0]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble
        shooting.<br>
        [0]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.<br>
        [0]PETSC ERROR:
        ------------------------------------------------------------------------<br>
        [0]PETSC ERROR: ./hit on a  named nid21818 by Unknown Fri May 24
        16:08:33 2013<br>
        [0]PETSC ERROR: Libraries linked from<br>
        [0]PETSC ERROR: Configure run at<br>
        [0]PETSC ERROR: Configure options<br>
        [0]PETSC ERROR:
        ------------------------------------------------------------------------<br>
        [0]PETSC ERROR: MatPivotCheck_none() line 583 in
src/mat/impls/aij/seq//ptmp/skelly/petsc/3.3.03/cray_interlagos_build/real/src/include/petsc-private/matimpl.h<br>
        [0]PETSC ERROR: MatPivotCheck() line 602 in
src/mat/impls/aij/seq//ptmp/skelly/petsc/3.3.03/cray_interlagos_build/real/src/include/petsc-private/matimpl.h<br>
        [0]PETSC ERROR: MatLUFactorNumeric_SeqAIJ() line 585 in
        src/mat/impls/aij/seq/aijfact.c<br>
        [0]PETSC ERROR: MatLUFactorNumeric() line 2803 in
        src/mat/interface/matrix.c<br>
        [0]PETSC ERROR: PCSetUp_LU() line 160 in
        src/ksp/pc/impls/factor/lu/lu.c<br>
        [0]PETSC ERROR: PCSetUp() line 832 in
        src/ksp/pc/interface/precon.c<br>
        [0]PETSC ERROR: KSPSetUp() line 278 in
        src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>
        [0]PETSC ERROR: PCSetUpOnBlocks_BJacobi_Singleblock() line 715
        in src/ksp/pc/impls/bjacobi/bjacobi.c<br>
        [0]PETSC ERROR: PCSetUpOnBlocks() line 865 in
        src/ksp/pc/interface/precon.c<br>
        [0]PETSC ERROR: KSPSetUpOnBlocks() line 154 in
        src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>
        [0]PETSC ERROR: KSPSolve() line 403 in
        src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>
        [0]PETSC ERROR: PCMGMCycle_Private() line 20 in
        src/ksp/pc/impls/mg/mg.c<br>
        [0]PETSC ERROR: PCMGMCycle_Private() line 49 in
        src/ksp/pc/impls/mg/mg.c<br>
        [0]PETSC ERROR: PCMGMCycle_Private() line 49 in
        src/ksp/pc/impls/mg/mg.c<br>
        [0]PETSC ERROR: PCMGMCycle_Private() line 49 in
        src/ksp/pc/impls/mg/mg.c<br>
        [0]PETSC ERROR: PCApply_MG() line 326 in
        src/ksp/pc/impls/mg/mg.c<br>
        [0]PETSC ERROR: PCApply() line 384 in
        src/ksp/pc/interface/precon.c<br>
        [0]PETSC ERROR: KSPSolve_CG() line 139 in
        src/ksp/ksp/impls/cg/cg.c<br>
        [0]PETSC ERROR: KSPSolve() line 446 in
        src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>
        <br>
        <br>
        If instead I use <br>
        <br>
      </font>-pc_type gamg -pc_mg_cycle_type v -pc_gamg_agg_nsmooths 1
      -mg_coarse_pc_type svd <br>
      <br>
      as Matthew suggested, I am told that there is an invalid argument.<br></font></div></blockquote><div><br></div><div style>1) When you send these in, we need to see -ksp_view, so we know what is begin used</div><div style>
<br></div><div style>2) This is not enough information above. I use this all the time, or I would not have suggested it</div><div style><br></div><div style>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF"><font face="Ubuntu">
      Michele<br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
    </font><font face="Ubuntu"><br>
      <br>
    </font>
    <div>On 05/24/2013 01:04 PM, Matthew Knepley
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      <div dir="ltr">On Fri, May 24, 2013 at 2:55 PM, Jed Brown <span dir="ltr"><<a href="mailto:jedbrown@mcs.anl.gov" target="_blank">jedbrown@mcs.anl.gov</a>></span>
        wrote:<br>
        <div class="gmail_extra">
          <div class="gmail_quote">
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              <div>Michele Rosso <<a href="mailto:mrosso@uci.edu" target="_blank">mrosso@uci.edu</a>>
                writes:<br>
                <br>
                > Hi Jed,<br>
                ><br>
                > I followed your suggestion by using:<br>
                ><br>
                > -pc_type gamg  -pc_mg_cycle_type v
                 -pc_gamg_agg_nsmooths 1<br>
                ><br>
                > This works perfectly if I have a non-singular
                matrix. When instead I use<br>
                > periodic conditions for my system ( I set  the
                nullspace removal<br>
                > correctly ),<br>
                > I receive an error saying a zero pivot is detected
                in the LU<br>
                > factorization. So, after some research, I found in
                the mailinglist a fix :<br>
                ><br>
                > -pc_type gamg -pc_mg_cycle_type v
                -pc_gamg_agg_nsmooths 1<br>
                > -mg_coarse_pc_factor_shift_nonzero<br>
                <br>
              </div>
              It'll need to be -mg_coarse_sub_pc_factor_shift_nonzero<br>
              <br>
              With petsc-3.4 (which you should upgrade to), use<br>
              -mg_coarse_sub_pc_factor_shift_type NONZERO<br>
              <br>
              The reason you need this "sub" prefix is that the code
              always restricts<br>
              using block Jacobi (usually localized so that all the
              entries are in one<br>
              block), before applying the direct coarse solver.</blockquote>
            <div><br>
            </div>
            <div>I think this is less elegant than</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>  -mg_coarse_pc_type svd</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>
                  Matt</div>
            <div> </div>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              <div>
                <div>
                  > Still I am receiving the following error<br>
                  ><br>
                  ><br>
                  > [0]PETSC ERROR: --------------------- Error
                  Message<br>
                  > ------------------------------------<br>
                  > [0]PETSC ERROR: Detected zero pivot in LU
                  factorization:<br>
                  > see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#ZeroPivot" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#ZeroPivot</a>!<br>
                  > [0]PETSC ERROR: Zero pivot row 280 value
                  6.5908e-17 tolerance 2.22045e-14!<br>
                  > [0]PETSC ERROR:<br>
                  >
                  ------------------------------------------------------------------------<br>
                  > [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.3.0,
                  Patch 3, Wed Aug 29<br>
                  > 11:26:24 CDT 2012<br>
                  > [0]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for
                  recent updates.<br>
                  > [0]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about
                  trouble shooting.<br>
                  > [0]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual
                  pages.<br>
                  > [0]PETSC ERROR:<br>
                  >
                  ------------------------------------------------------------------------<br>
                  > [0]PETSC ERROR: ./hit on a  named nid09458 by
                  Unknown Fri May 24<br>
                  > 14:40:48 2013<br>
                  > [0]PETSC ERROR: Libraries linked from<br>
                  > [0]PETSC ERROR: Configure run at<br>
                  > [0]PETSC ERROR: Configure options<br>
                  > [0]PETSC ERROR:<br>
                  >
                  ------------------------------------------------------------------------<br>
                  > [0]PETSC ERROR: MatPivotCheck_none() line 583 in<br>
                  >
src/mat/impls/aij/seq//ptmp/skelly/petsc/3.3.03/cray_interlagos_build/real/src/include/petsc-private/matimpl.h<br>
                  > [0]PETSC ERROR: MatPivotCheck() line 602 in<br>
                  >
src/mat/impls/aij/seq//ptmp/skelly/petsc/3.3.03/cray_interlagos_build/real/src/include/petsc-private/matimpl.h<br>
                  > [0]PETSC ERROR: MatLUFactorNumeric_SeqAIJ() line
                  585 in<br>
                  > src/mat/impls/aij/seq/aijfact.c<br>
                  > [0]PETSC ERROR: MatLUFactorNumeric() line 2803 in
                  src/mat/interface/matrix.c<br>
                  > [0]PETSC ERROR: PCSetUp_LU() line 160 in
                  src/ksp/pc/impls/factor/lu/lu.c<br>
                  > [0]PETSC ERROR: PCSetUp() line 832 in
                  src/ksp/pc/interface/precon.c<br>
                  > [0]PETSC ERROR: KSPSetUp() line 278 in
                  src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>
                  > [0]PETSC ERROR:
                  PCSetUpOnBlocks_BJacobi_Singleblock() line 715 in<br>
                  > src/ksp/pc/impls/bjacobi/bjacobi.c<br>
                  > [0]PETSC ERROR: PCSetUpOnBlocks() line 865 in
                  src/ksp/pc/interface/precon.c<br>
                  > [0]PETSC ERROR: KSPSetUpOnBlocks() line 154 in<br>
                  > src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>
                  > [0]PETSC ERROR: KSPSolve() line 403 in
                  src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>
                  > [0]PETSC ERROR: PCMGMCycle_Private() line 20 in
                  src/ksp/pc/impls/mg/mg.c<br>
                  > [0]PETSC ERROR: PCMGMCycle_Private() line 49 in
                  src/ksp/pc/impls/mg/mg.c<br>
                  > [0]PETSC ERROR: PCMGMCycle_Private() line 49 in
                  src/ksp/pc/impls/mg/mg.c<br>
                  > [0]PETSC ERROR: PCMGMCycle_Private() line 49 in
                  src/ksp/pc/impls/mg/mg.c<br>
                  > [0]PETSC ERROR: PCApply_MG() line 326 in
                  src/ksp/pc/impls/mg/mg.c<br>
                  > [0]PETSC ERROR: PCApply() line 384 in
                  src/ksp/pc/interface/precon.c<br>
                  > [0]PETSC ERROR: KSPSolve_CG() line 139 in
                  src/ksp/ksp/impls/cg/cg.c<br>
                  > [0]PETSC ERROR: KSPSolve() line 446 in
                  src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>
                  ><br>
                  > What could the reason be?<br>
                  > Thank you,<br>
                  ><br>
                  > Michele<br>
                  ><br>
                  ><br>
                  ><br>
                  > On 05/17/2013 07:35 PM, Michele Rosso wrote:<br>
                  >> Thank you very much. I will try and let you
                  know.<br>
                  >><br>
                  >> Michele<br>
                  >><br>
                  >> On 05/17/2013 07:01 PM, Jed Brown wrote:<br>
                  >>> Michele Rosso<<a href="mailto:mrosso@uci.edu" target="_blank">mrosso@uci.edu</a>>
                   writes:<br>
                  >>><br>
                  >>>> I noticed that the problem appears
                  even if I use CG with the default<br>
                  >>>> preconditioner: commenting KSPSetDM()
                  solves the problem.<br>
                  >>> Okay, this issue can't show up if you use
                  SNES, but it's a consequence<br>
                  >>> of making geometric multigrid work with a
                  pure KSP interface.  You can<br>
                  >>> either use KSPSetComputeOperators() to
                  put your assembly in a function<br>
                  >>> (which will also be called on coarse
                  levels if you use -pc_type mg<br>
                  >>> without Galerkin coarse operators) or you
                  can can provide the Jacobian<br>
                  >>> using KSPSetOperators() as usual, but
                  also call KSPSetDMActive() so that<br>
                  >>> the DM is not used for computing/updating
                  the Jacobian.<br>
                  >>><br>
                  >>> The logic is cleaner in petsc-3.4 and I
                  think it just does the right<br>
                  >>> thing in your case.<br>
                  >>><br>
                  >>>> So basically without a proper grid
                  (it seems no grid with an even<br>
                  >>>> numbers of nodes qualifies) and with
                  my own system matrix, I cannot use<br>
                  >>>> any type of multigrid<br>
                  >>>> pre-conditioner?<br>
                  >>> You can use all the AMG methods without
                  setting a DM.<br>
                  >>><br>
                  >><br>
                </div>
              </div>
            </blockquote>
          </div>
          <br>
          <br clear="all"><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
          <div><br>
          </div>
          -- <br>
          What most experimenters take for granted before they begin
          their experiments is infinitely more interesting than any
          results to which their experiments lead.<br>
          -- Norbert Wiener
        </font></span></div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener
</div></div>