<div dir="ltr"><div>Thank you, it worked.<br><br>--with-hdf5-include='<hdf5 include directory> <szip-2.1 include directory>' and so for --with-hdf5-lib<br><br>made configuration and installation successful.<br>
<br></div>Seungbum<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 10, 2013 at 7:37 PM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I could retrieve it from the one you attempted to send to petsc-users. And see:<br>
<br>
>>>>>><br>
Possible ERROR while running linker: /opt/hdf5-1.8.9/lib/libhdf5.a(H5Z.o): In function `H5Zunregister':<br>
H5Z.c:(.text+0xa9b): undefined reference to `SZ_encoder_enabled'<br>
/opt/hdf5-1.8.9/lib/libhdf5.a(H5Z.o): In function `H5Z_unregister':<br>
H5Z.c:(.text+0x1872): undefined reference to `SZ_encoder_enabled'<br>
/opt/hdf5-1.8.9/lib/libhdf5.a(H5Z.o): In function `H5Zfilter_avail':<br>
H5Z.c:(.text+0x2592): undefined reference to `SZ_encoder_enabled'<br>
<<<<<<<<br>
<br>
You did mention building hdf4 with szip-2.1. So perhaps you sould<br>
specify hdf5 - and all the dependent libraries using<br>
--with-hdf5-include --with-hdf5-lib options [and not --with-hdf5<br>
option]<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Satish<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
On Wed, 10 Apr 2013, Satish Balay wrote:<br>
<br>
> send logs to petsc-maint<br>
><br>
> Satish<br>
><br>
> On Wed, 10 Apr 2013, Seungbum Koo wrote:<br>
><br>
> > Thank you. It fixed the problem. But it stopped with other message, saying<br>
> > that<br>
> ><br>
> > *******************************************************************************<br>
> >          UNABLE to CONFIGURE with GIVEN OPTIONS    (see configure.log for<br>
> > details):<br>
> > -------------------------------------------------------------------------------<br>
> > --with-hdf5-dir=/opt/hdf5-1.8.9 did not work<br>
> > *******************************************************************************<br>
> ><br>
> > I asked up to which version of HDF5 does PETSc support this morning because<br>
> > of this problem, thinking if this is a compatibility reason or some sort<br>
> > similar.<br>
> ><br>
> > I tried to attach the configure.log file but there is 512kb limit to this<br>
> > mailing list.<br>
> ><br>
> > Any suggestion will help.<br>
> ><br>
> > Thanks.<br>
> ><br>
> > Seungbum<br>
> ><br>
> ><br>
> > On Wed, Apr 10, 2013 at 5:21 PM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> ><br>
> > > try using configure option LIBS="-L/opt/zlib-1.2.7/lib -lz'<br>
> > ><br>
> > > Satish<br>
> > ><br>
> > > On Wed, 10 Apr 2013, Seungbum Koo wrote:<br>
> > ><br>
> > > > Hi. I tried to add hdf5 when configuring. HDF5-1.8.9 is currently<br>
> > > installed<br>
> > > > with szip-2.1 and zlib-1.2.7.<br>
> > > ><br>
> > > > It stops with message<br>
> > > ><br>
> > > ><br>
> > > *******************************************************************************<br>
> > > >          UNABLE to CONFIGURE with GIVEN OPTIONS    (see configure.log for<br>
> > > > details):<br>
> > > ><br>
> > > -------------------------------------------------------------------------------<br>
> > > > Compression library [libz.a or equivalent] not found<br>
> > > ><br>
> > > *******************************************************************************<br>
> > > ><br>
> > > > What I don't understand is that 'libz.a' file exists in<br>
> > > > '/opt/zlib-1.2.7/lib'. What should I do?<br>
> > > ><br>
> > > > Seungbum<br>
> > > ><br>
> > ><br>
> > ><br>
> ><br>
><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>