<div dir="ltr">On Wed, Mar 13, 2013 at 4:21 PM, Nachiket Gokhale <span dir="ltr"><<a href="mailto:gokhalen@gmail.com" target="_blank">gokhalen@gmail.com</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I am getting the error at the end of the email only in optimized mode.<br>
Output of -on_error_attach_debugger and "where"  is at the end of this<br>
email.  Running through valgrind in debug mode doesn't show up any<br>
memory misuse on my part.  Does this seem to be something in petsc?<br>
<br>
 -Nachiket<br>
<br>
0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>
[0]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation,<br>
probably memory access out of range<br>
[0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>
[0]PETSC ERROR: or see<br>
<a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind[0]PETSC" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind[0]PETSC</a><br>
ERROR: or try <a href="http://valgrind.org" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to<br>
find memory corruption errors<br>
[0]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run<br></blockquote><div><br></div><div style>Is it says here, reconfigure --with-debugging=yes. The trace is not very useful without line numbers. Also provide steps to reproduce.</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
[0]PETSC ERROR: to get more information on the crash.<br>
[0]PETSC ERROR: User provided function() line 0 in unknown directory<br>
unknown file<br>
[0]PETSC ERROR: PETSC: Attaching gdb to<br>
/home/gokhale/WAIGEN/GDEB-WAIGEN2012/bin/waigen of pid 8458 on display<br>
:47.0 on machine <a href="http://asd1.wai.com" target="_blank">asd1.wai.com</a><br>
<br>
<br>
#0  0x0000003caccaba50 in __nanosleep_nocancel () from /lib64/libc.so.6<br>
#1  0x0000003caccab8e0 in sleep () from /lib64/libc.so.6<br>
#2  0x00007f715f45f67f in PetscSleep ()<br>
   from /opt/petsc/petsc-hg/linux-gcc-gpp-mpich-mumps-complex/lib/libpetsc.so<br>
#3  0x00007f715f4982db in PetscAttachDebugger ()<br>
   from /opt/petsc/petsc-hg/linux-gcc-gpp-mpich-mumps-complex/lib/libpetsc.so<br>
#4  0x00007f715f49834b in PetscAttachDebuggerErrorHandler ()<br>
   from /opt/petsc/petsc-hg/linux-gcc-gpp-mpich-mumps-complex/lib/libpetsc.so<br>
#5  0x00007f715f498df8 in PetscError ()<br>
   from /opt/petsc/petsc-hg/linux-gcc-gpp-mpich-mumps-complex/lib/libpetsc.so<br>
#6  0x00007f715f49d67e in PetscSignalHandlerDefault ()<br>
   from /opt/petsc/petsc-hg/linux-gcc-gpp-mpich-mumps-complex/lib/libpetsc.so<br>
#7  0x00007f715f49d731 in PetscSignalHandler_Private(int) ()<br>
   from /opt/petsc/petsc-hg/linux-gcc-gpp-mpich-mumps-complex/lib/libpetsc.so<br>
#8  <signal handler called><br>
#9  0x00007f715f8bbcdb in MatTranspose_SeqAIJ(_p_Mat*, MatReuse, _p_Mat**) ()<br>
   from /opt/petsc/petsc-hg/linux-gcc-gpp-mpich-mumps-complex/lib/libpetsc.so<br>
#10 0x00007f715f57f05c in MatTranspose ()<br>
   from /opt/petsc/petsc-hg/linux-gcc-gpp-mpich-mumps-complex/lib/libpetsc.so<br>
#11 0x000000000040ce03 in waigensolveepsnull(_p_Mat**, _p_Mat**,<br>
_p_Mat**, _p_Vec**, int*, int*, int*, int*, PetscBool) ()<br>
#12 0x000000000040275f in main ()<br>
</blockquote></div><br></div></div>