<div dir="ltr">This is a likely culprit:<br><div><br>(gdb) bt<br>#0  KSPSetOperators (ksp=0xbf6410, Amat=0xa82e30, Pmat=0xaac190, flag=DIFFERENT_NONZERO_PATTERN) at /home/prbrune/packages/petsc-dev/src/ksp/ksp/interface/itcreate.c:540<br>
#1  0x00007ffff6f554cf in PCSetUp_MG (pc=0xa22bf0) at /home/prbrune/packages/petsc-dev/src/ksp/pc/impls/mg/mg.c:572<br>#2  0x00007ffff6ef2f07 in PCSetUp_GAMG (pc=0xa22bf0) at /home/prbrune/packages/petsc-dev/src/ksp/pc/impls/gamg/gamg.c:974<br>
#3  0x00007ffff6e3936e in PCSetUp (pc=0xa22bf0) at /home/prbrune/packages/petsc-dev/src/ksp/pc/interface/precon.c:838<br>#4  0x00007ffff6f7adb7 in KSPSetUp (ksp=0x9e60f0) at /home/prbrune/packages/petsc-dev/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c:278<br>
#5  0x00007ffff6f7bc7d in KSPSolve (ksp=0x9e60f0, b=0xa6e9a0, x=0xa79030) at /home/prbrune/packages/petsc-dev/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c:388<br>#6  0x00007ffff714b1ea in SNES_KSPSolve (snes=0x870250, ksp=0x9e60f0, b=0xa6e9a0, x=0xa79030) at /home/prbrune/packages/petsc-dev/src/snes/interface/snes.c:4418<br>
#7  0x00007ffff70d8ec5 in SNESSolve_NEWTONLS (snes=0x870250) at /home/prbrune/packages/petsc-dev/src/snes/impls/ls/ls.c:217<br>#8  0x00007ffff7142e9b in SNESSolve (snes=0x870250, b=0x0, x=0xa24840) at /home/prbrune/packages/petsc-dev/src/snes/interface/snes.c:3649<br>
#9  0x0000000000402c83 in main (argc=9, argv=0x7fffffffde08) at ex5.c:157<br>(gdb) up<br>#1  0x00007ffff6f554cf in PCSetUp_MG (pc=0xa22bf0) at /home/prbrune/packages/petsc-dev/src/ksp/pc/impls/mg/mg.c:572<br>572         ierr = KSPSetOperators(mglevels[n-1]->smoothd,pc->mat,pc->pmat,pc->flag);CHKERRQ(ierr);<br>
<br></div><div>The matrix on the smoother gets RESET to the non-preconditioner matrix in the final call to PCSetUp_MG in PCSetUp_GAMG.  You could just reset it after that, like you do with the PC type.<br></div><div><br></div>
<div>- Peter<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 6, 2013 at 4:31 PM, Mark F. Adams <span dir="ltr"><<a href="mailto:mark.adams@columbia.edu" target="_blank">mark.adams@columbia.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">><br>
>  It looks like SNES is not getting set it's "master" Jacobian.  If you run the same code with hypre does it also hit this create?<br>
<br>
<br>
</div>MatCreate_MFFD is called just once with gamg and hypre.  It looks like Cheby is using the outside operator instead of the pre_op.  This could be desirable but I don't want it here.  I'll keep digging.</blockquote>
</div><br></div>