<div dir="ltr">On Wed, Jan 2, 2013 at 8:09 AM, Hoang Giang Bui <span dir="ltr"><<a href="mailto:hgbk2008@gmail.com" target="_blank">hgbk2008@gmail.com</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><br>
Hi<br>
<br>
When I ran the standard example of petsc4py, I got the error below<br>
<br>
[0]PETSC ERROR: ------------------------------<u></u>------------------------------<u></u>------------<br>
[0]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range<br>
[0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>
[0]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind[0]PETSC" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/<u></u>documentation/faq.html#<u></u>valgrind[0]PETSC</a> ERROR: or try <a href="http://valgrind.org" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors<br>

[0]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run<br>
[0]PETSC ERROR: to get more information on the crash.<br></blockquote><div><br></div><div style>If you followed these directions, you'd have gotten this error message:<br><br><div>Traceback (most recent call last):</div>
<div>  File "/home/jed/dl/ex1.py", line 27, in <module></div><div>    Istart, Iend = A.getOwnershipRange()</div><div>  File "Mat.pyx", line 453, in petsc4py.PETSc.Mat.getOwnershipRange (src/petsc4py.PETSc.c:83937)</div>
<div>petsc4py.PETSc.Error: error code 73</div><div>[0] MatGetOwnershipRange() line 6025 in /home/jed/petsc/src/mat/interface/matrix.c</div><div>[0] Object is in wrong state</div><div>[0] Must call MatXXXSetPreallocation() or MatSetUp() on argument 1 "mat" before MatGetOwnershipRange()<br>
<br>If you add A.setUp() or use a preallocation routine, you'll get the picture you wanted.</div></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">

------------------------------<u></u>------------------------------<u></u>--------------<br>
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD<br>
with errorcode 59.<br>
<br>
NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.<br>
You may or may not see output from other processes, depending on<br>
exactly when Open MPI kills them.<br>
<br>
Moreover, printing out the value of Istart and Iend returns 0 (at A.getOwnershipRange())<br>
<br>
Please advise the root cause of this problem. I compiled petsc4py-dev against petsc-3.3-p5 in debug mode.<br>
<br>
BR<span class=""><font color="#888888"><br>
Giang Bui<br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br></div></div>