<div dir="ltr">On Wed, Dec 26, 2012 at 1:00 AM, amlan barua <span dir="ltr"><<a href="mailto:abarua@iit.edu" target="_blank">abarua@iit.edu</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi,<br></div><div>Greetings to the team! I am currently using PETSc for my research. Here is a brief description of my problem and my query <br></div>a) I have a set a points distributed on a 3 dimensional lattice. <br>

b) Corresponding to each point in this set, 7 odes are defined. <br>c) Of these 7 odes, 6 are uncoupled but one is coupled to nearest neighbors. <br></div></div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div style>I suggest not optimizing for "missing" coupling to start with. We can do the optimization in the solver, perhaps by splitting the DMDA into the local and coupled parts.</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div>d) To integrate the odes I am using PETSc's DMDA and TS. But my application needs implicit as well as locally high order solver. I am looking for an implicit RK4 type method. Does PETSc have an IRK4 support or equivalent?<br>
</div></div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div style>If you are happy with a diagonally implicit method, you can use TSARKIMEX (these integrators can be IMEX, but can also do any diagonally implicit method).</div>
<div style><br></div><div style>If you want a fully implicit RK (like Gauss, Radau IIA, etc) then all stages are coupled together. Those methods are not currently implemented in PETSc, though you could implement it either as a new TS implementation (good for code reuse; you can do this outside of PETSc, but the code you write is like library code) or manually using SNES (not reusable).</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div>
</div>e) Suppose I want to build my own implicit time stepper. Should I imitate ex2.c of SNES solver?<br></div><div></div>Thanks<br></div>Amlan<br></div>IISER Pune, India<br></div>
</blockquote></div><br></div></div>