Sounds like you didn't "hg update" and had a bad mergetool or something. You can use hg revert to discard any local changes. Since you have many stale files around, you may want to use hg clean (this will delete all untracked files!) to get back to a state like if you had a fresh clone.<div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 26, 2012 at 1:25 AM, Zhenglun (Alan) Wei <span dir="ltr"><<a href="mailto:zhenglun.wei@gmail.com" target="_blank">zhenglun.wei@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF"><div class="im">
    <div><br>
    </div>
    <blockquote type="cite">On Mon, Nov 26, 2012 at 12:59 AM, Zhenglun (Alan) Wei
      <span dir="ltr"><<a href="mailto:zhenglun.wei@gmail.com" target="_blank">zhenglun.wei@gmail.com</a>></span>
      wrote:<br>
      <div class="gmail_extra">
        <div class="gmail_quote">
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Sean,<br>
                 Thank you so much for your help. Here I have another
            question.<br>
                 After updating the PETSc, I tried to 'make ex45' in
            /src/ksp/ksp/example/tutorial/. It says that 'petscksp.h'
            can not be found; therefore, I commented this library in
            ex45.c to see what will happen. It, then, shows that the
            'petscdmmg.h' can not be found. Any idea on this? :)<br>
          </blockquote>
          <div><br>
          </div>
          <div>Since DMMG is gone, baby gone, this means your
            environment (PETSC_DIR) is still pointing to an old version
            of PETSc.</div>
        </div>
      </div>
    </blockquote></div>
         Since my PETSc was updated, the PETSC_DIR of the new version of
    the PETSc should be the same as the old version of the PETSc, isn't
    it? <br>
         BTW, it works after I re-configure and make the PETSc. However,
    I found that it as a lot of dummy things in the ex45.c, i.e.:<br>
    <<<<<<<<<<local<br>
    <br>
    ========<br>
    <br>
    >>>>>>>>>other<br>
    <br>
    =========<br>
    <br>
         It seems that the update changes the original program of ex45.c
    by adding fractions of the new code into the old code. It confused
    me a lot. Is there any way that I can just replace the old code by
    the new code?<br>
    <br>
    thanks,<br>
    Alan <br><div class="im">
    <br>
    <blockquote type="cite">
      <div class="gmail_extra">
        <div class="gmail_quote">
          <div> </div>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
            <br>
            thanks,<br>
            Alan
            <div>
              <div><br>
                <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
                  On Sun, Nov 25, 2012 at 4:16 PM, Zhenglun (Alan) Wei<br>
                  <<a href="mailto:zhenglun.wei@gmail.com" target="_blank">zhenglun.wei@gmail.com</a>>
                  wrote:<br>
                  <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
                    Thank you Sean,<br>
                        I changed the<br>
                    <br>
                    <br>
                    $ cd config/buildsystem<br>
                    $ hg showconfig paths.default<br>
                        to<br>
                    <a href="https://bitbucket.org/petsc/buildsystem" target="_blank">https://bitbucket.org/petsc/buildsystem</a><br>
                    <br>
                       It gives me 2 extra changes.<br>
                  </blockquote>
                  Great! Glad to know it's working.<br>
                  <br>
                  <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
                         Although, it always giev me the warning of
                    'certificate not verified',<br>
                    it updated lots of files. Should I just ignore this
                    warning?<br>
                  </blockquote>
                  You could ignore those warnings, yes, but it would
                  probably be better<br>
                  to upgrade your mercurial and see if the host
                  fingerprint option<br>
                  works. Or you could try to use the ssh protocol,
                  assuming your<br>
                  university proxy allows ssh out.<br>
                  <br>
                  <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
                       BTW, the reason I used 'https' instead of 'http'
                    is that 'https' is shown<br>
                    in the website you gave to me. :) It may needs to be
                    changed.<br>
                  </blockquote>
                  Well, as I said previously, bitbucket redirects all
                  http traffic to<br>
                  https, so I don't think changing it to just http would
                  really work.<br>
                </blockquote>
                <br>
              </div>
            </div>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div>

</blockquote></div><br></div>