On Tue, Nov 20, 2012 at 1:08 AM, Fande Kong <span dir="ltr"><<a href="mailto:fd.kong@siat.ac.cn" target="_blank">fd.kong@siat.ac.cn</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
It seems to be a good idea. I have another related question. If all processors read the same file at the same time, would it be very slow for conflicting access?</blockquote><div><br></div><div>Yes, though it's much better if you use MPI-IO collective IO. The worst is if every process reads a different file.</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 19, 2012 at 4:52 PM, Jed Brown <span dir="ltr"><<a href="mailto:jedbrown@mcs.anl.gov" target="_blank">jedbrown@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="gmail_extra">On Tue, Nov 20, 2012 at 12:38 AM, Fande Kong <span dir="ltr"><<a href="mailto:fd.kong@siat.ac.cn" target="_blank">fd.kong@siat.ac.cn</a>></span> wrote:<br>

<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I want to try very 'large' mesh.  I guess it should be bottleneck.</blockquote></div><br></div></div><div class="gmail_extra">It's really worth profiling. Having every process read directly is no more scalable (frequently less, actually) than having rank 1 read incrementally and send to whoever should own it. You can do full parallel IO, but the code depends on the mesh format.</div>


</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div></div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">-- <br><div style="line-height:21px;font-size:14px;font-family:Verdana">Fande Kong</div><div style="line-height:21px;font-size:14px;font-family:Verdana">

ShenZhen Institutes of Advanced Technology</div><div style="line-height:21px;font-size:14px;font-family:Verdana">Chinese Academy of Sciences</div><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>